転座型白血病のDNAチップを用いた分子機構の解析

DNA芯片分析易位白血病的分子机制

基本信息

批准号：
13214022
负责人：
林泰秀
金额：
$ 2.37万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
财政年份：
2001
资助国家：
日本
起止时间：
2001 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13214022/
关键词：
遺伝子ゲノムバイオテクノロジーマイクロアレイ癌

项目摘要

11q23転座型白血病の細胞株と新鮮検体を用いて、転座の相手による発現の相違をDNA Chipを用いて検索し、下流の標的遺伝子を探索した。t(4;11)-とt(11,19)-白血病の細胞株各5株と新鮮検体各8例からRNAを抽出し、cDNAを合成し、Affymetrix社のDNA Chip(12,000個)により発現プロファイルの解析を行った。t(4;11)とt(11,19)の発現プロファイリングは非常に類似していたが、両方を比較すると、t(4;11)のみ発現している遺伝子が10種、t(11;19)のみに発現している遺伝子が12種みられ、両方に共通して発現がみられる遺伝子がHOXA9,HOXA10等15種にみられた。これらの遺伝子の発現をreverse transcriptase(RT)-polymerare chain reaction (PCR)でチェックしたところ、ほぼアレイの発現と一致していた。MLL再構成例の共通の標的遺伝子および転座相手の相違によるMLLのキメラ遺伝子の下流の標的遺伝子の相違を探索するため、これらの遺伝子を詳細に検討している。さらに新鮮白血病各5例を集めて共通する下流遺伝子をしぼる作業を進めている。今年度はさらに乳児急性骨髄性白血病のt(X;11)(q22;q23)のXq22領域よりcDNA panhandle PCR法を用いて新規遺伝子のSEPTIN6をクローニングした。この遺伝子はこれまでのMLLの相手遺伝子CDCREL1,AF17q925と相同性がみられ、SEPTIN familyと思われた。SEPTIN6とAF17q25は、成人組織では脳を除いたほとんどの組織で強く発現していたが、胎児組織では、SEPTIN6の発現は心臓、肺、脳、肝臓では発現していたが、AF17q25は肺、脳、肝臓での発現が強かったのに対して心臓ではほとんど発現していなかった。このMLL-SEPTIN6キメラ遺伝子をもつ乳児AMLは、3例ともFAB分類M1とM2であり、従来のMLL再構成のあるM4,M5とは異なっていた。現在、SEPTIN6遺伝子をES細胞に導入し、ノックアウトマウスの作成を行っている。

使用11q23易位白血病细胞系和新鲜标本，我们使用DNA芯片来寻找依赖于易位伙伴的表达差异，并寻找下游靶基因。从t(4;11)-和t(11,19)-白血病细胞系各5个和各8个新鲜样品中提取RNA，合成cDNA，并使用Affymetrix的DNA芯片(12,000个)进行表达分析。。 t(4;11)和t(11,19)的表达谱非常相似，但是当比较两者时，10个基因仅在t(4;11)和t(11;19)中表达，15个基因，包括 HOXA9 和 HOXA10，被发现在两者中都有表达。当使用逆转录酶（RT）-聚合酶链式反应（PCR）检查这些基因的表达时，表达几乎与芯片的表达相匹配。为了探索MLL重排病例中的共同靶基因以及由于易位伙伴的差异而导致MLL嵌合基因下游靶基因的差异，我们正在详细检查这些基因。此外，我们正在收集每种类型的新鲜白血病的五个病例，并正在努力识别常见的下游基因。今年，我们还利用 cDNA panhandle PCR 从婴儿急性髓系白血病 t(X;11)(q22;q23) 的 Xq22 区域克隆了一个新基因 SEPTIN6。该基因与之前的 MLL 伴侣基因 CDCREL1 和 AF17q925 同源，并且似乎是 SEPTIN 家族的一部分。 SEPTIN6和AF17q25在除脑外的大多数成人组织中强表达，而在胎儿组织中，SEPTIN6在心脏、肺、脑和肝脏中表达强，在肝脏中表达强，而在心脏中几乎不表达。。携带该MLL-SEPTIN6嵌合基因的三例婴儿AML均被分类为FAB分类M1和M2，这与传统MLL重排的M4和M5病例不同。目前，我们正在通过将SEPTIN6基因导入ES细胞来创建基因敲除小鼠。