転座型白血病のDNAチップを用いた分子機構の解析

DNA芯片分析易位白血病的分子机制

基本信息

批准号：
14026010
负责人：
林泰秀
金额：
$ 2.18万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2002
资助国家：
日本
起止时间：
2002 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-14026010/
关键词：
遺伝子ゲノムバイオテクノロジーマイクロアレイ癌

项目摘要

転座型白血病細胞の新規転座関連遺伝子を単離して、その遺伝子の発生と分化における役割およびキメラ遺伝子の標的遺伝子を検索した。我々はこれまで11q23転座型白血病のMLL遺伝子の相手遺伝子をCBP, p300, ABI1, AF5q31など8種単離した。転座型白血病に関連する遺伝子を次々と単離しつつ、これらの遺伝子をin vitroとマウスの系を用いて正常での役割を検討する。転座型急性リンパ性白血病(ALL)の新鮮検体を用いて、転座の相手による発現の相違をDNA Chipを用いて検索し、下流の標的遺伝子を探索した。t(4;11)15検体、t(11,19)6検体、t(5;11)2検体、および対照としてt(12;21)6検体、t(1;19)3検体からRNAを抽出し、Affymetrix社のDNA Chip(12,000個)により発現プロファイルの解析を行った。t(4;11)のみ発現している遺伝子が10種、t(11;19)のみに発現している遺伝子が12種みられ、両方に共通して発現がみられる遺伝子が、FLT3, HOXA9, HOXA10等15種にみられた。興味あることに、MLL再構成のある21検体中予後による発現パターンの相違がみられ(p=0.01)、転写因子のRUNX2が予後良好群で、CDP遺伝子が予後不良群で高発現を示した。また21例で共通して発現が高かったFLT3遺伝子の変異を調べたところ、4例(18%)で変異がみられた。これらの遺伝子の発現を定量reverse transcriptase(RT)-PCRでチェックしたところ、ほぼアレイの発現と一致していた。MLL再構成例の共通の標的遺伝子および転座相手の相違によるMLLのキメラ遺伝子の下流の標的遺伝子の相違を探索するため、これらの遺伝子を詳細に検討し、共通する下流遺伝子をしぼる作業を進めている。

我们在易位型白血病细胞中分离出一种新的易位相关基因，并寻找其在发育和分化中的作用，以及嵌合基因的靶基因。迄今为止，我们已分离出11q23易位白血病中MLL基因的8个伙伴基因，包括CBP、p300、ABI1和AF5q31。在相继分离与易位白血病相关的基因的同时，我们将使用体外和小鼠系统检查这些基因在正常条件下的作用。使用易位急性淋巴细胞白血病 (ALL) 的新鲜标本，我们使用 DNA 芯片寻找易位伙伴的表达差异，并寻找下游靶基因。从 15 t(4;11) 样品、6 t(11,19) 样品、2 t(5;11) 样品、6 t(12;21) 样品和 3 t(1;19) 样品中获得 RNA，如下所示提取对照并使用 Affymetrix 的 DNA 芯片（12,000 个）分析表达谱。有 10 个基因仅在 t(4;11) 上表达，12 个基因仅在 t(11;19) 上表达，两者中普遍表达的基因是 FLT3、HOXA9，在包括 HOXA10 在内的 15 个物种中发现。有趣的是，在MLL重排的21个样本中，不同预后的表达模式存在差异（p=0.01），转录因子RUNX2在预后良好组中呈高表达，而CDP基因在预后不良组中呈高表达。 .此外，当我们调查FLT3基因（该基因在21例中通常高表达）的突变时，在4例（18%）中发现了突变。当通过定量逆转录酶（RT）-PCR检查这些基因的表达时，表达几乎与芯片的表达相匹配。为了探索MLL重排案例中的共同靶基因以及由于易位伙伴的差异而导致的MLL嵌合基因下游靶基因的差异，我们将详细检查这些基因并缩小共同下游基因的范围。