免疫精製法を用いた転写ネットワークの解析

使用免疫纯化方法分析转录网络

基本信息

批准号：
13206048
负责人：
高橋直樹
金额：
$ 4.16万
依托单位：
Nara Institute of Science and Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
财政年份：
2001
资助国家：
日本
起止时间：
2001 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

遺伝子の特異的転写は、遺伝子の近傍に存在するシスエレメントに複数の転写因子が結合することによって、実現されていると考えられる。極めて多くの転写因子をコードすると考えられる遺伝子がこれまでに同定されているが、それらの転写因子のほとんどについては、その機能が明らかにされていない。本研究の目的は、酵母をモデルとし、特異的配列の認識によって転写調節に関わっていると考えられる蛋白群について、それらの細胞内での全結合配列をDNAアレイを用いて同定するという研究法を開発し、転写ネットワークの全容を明らかにすることである。今年度は、20の様々なタイプの転写因子について、HAタグを結合した遺伝子を相同組み替えで酵母に導入し、タグを利用して濃縮したDNAを用いたゲノム中の全in vivo結合配列の同定をマイクロアレイでおこなった。その結果は下記の3つのグループに分類された。1.MATα2,MCM1のように十分な濃縮が確認でき、全ゲノム中の標的配列を検出できていると考えられるもの(特にMATα2は、全ての既知標的遺伝子の特定ができた)。2.YDR451,YOX1のように、有意な結果は得られたが、濃縮の程度が十分でないため標的配列を確実に検出できないもの。3.CRZ1のように特異的濃縮が確認できなかったもの。これらの結果から本研究法の有用性が明らかになったとともに、約200と考えられる酵母転写因子について解析を行うことによって転写ネットワークの全容を明らかにできる可能性が示された。

据认为，基因的特异性转录是通过将多个转录因子与存在于基因附近的顺式元件结合来实现的。尽管迄今为止已鉴定出被认为编码大量转录因子的基因，但大多数转录因子的功能尚未阐明。本研究的目的是以酵母为模型，通过识别特定序列，利用 DNA 阵列来识别细胞中被认为参与转录调控的一组蛋白质的所有结合序列。阐明转录网络的完整情况。今年，我们将通过同源重组将与HA标签结合的基因引入酵母中，用于20种不同类型的转录因子，并使用微阵列富集了这些标签的DNA来鉴定基因组中的所有体内结合序列。结果分为以下三组。 1. 对于MATα2和MCM1，已确认足够的富集，并且可以检测到全基因组中的靶序列（特别是对于MATα2，已识别出所有已知的靶基因）。 2.虽然获得了显着的结果，例如YDR451和YOX1，但由于富集程度不够，无法可靠地检测到目标序列。 3.无法确认具体富集的项目，例如CRZ1。这些结果证明了该研究方法的实用性，并证明了通过分析大约 200 个酵母转录因子来阐明整个转录网络的可能性。