RNAエディティングによるDNAゲノム情報の変換-葉緑体ゲノムでの網羅的解析

RNA编辑转换DNA基因组信息——叶绿体基因组综合分析

• 批准号: 12201002
• 负责人: 杉浦 昌弘
• 金额: --
• 依托单位: Nagoya City University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• 财政年份: 2000
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2000 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12201002/
• 关键词: RNAエディティング; タバコ; 葉緑体; DNAチップ; in vitro系; mRNA; シス配列; トランス因子

葉緑体はその発生プログラムにより原色素体(種子)からエチオプラスト(芽生え)、葉緑体(葉)、クロモプラスト(果実)などへと形態的・機能的に大きく変化する。高等植物の葉緑体ゲノムからの転写産物は、RNAエディティング(C→U)によりDNAの一次情報が一部変換するため、ゲノム情報の正確な解読にはRNAエディティングの網羅的知見が必須である。そこで最も研究の進んでいる、タバコ葉緑体を用いて以下の解析を進めている。1)RNAエディティング部位の網羅的同定組織的なRNAエディティング部位の探索のため、タンパク質コード領域以外の転写領域を調べる必要がある。そのためタバコ葉緑体のDNAチップ(全ゲノムをカバーする220DNA断片、平均700bp/断片)を作製して予備的実験を開始した。2)RNAエディティングのシス配列とトランス因子の同定タバコ単離葉緑体よりin vitro RNAエディティング系を開発した。この系を使って、タバコ葉緑体psbL mRNAとndhB mRNAのシス配列を同定し、psbL mRNAのトランス因子の同定も行った。

叶绿体根据其发育程序经历主要的形态和功能变化，从原生质体（种子）到黄质体（出芽）、叶绿体（叶子）和有色体（果实）。高等植物叶绿体基因组的转录本通过 RNA 编辑（C→U）对原始 DNA 信息进行部分转换，因此全面了解 RNA 编辑对于准确破译基因组信息至关重要。因此，我们正在利用研究最多的烟草叶绿体进行以下分析。 1）RNA编辑位点的全面鉴定为了系统地寻找RNA编辑位点，有必要研究蛋白质编码区以外的转录区域。因此，我们制作了烟草叶绿体DNA芯片（覆盖整个基因组的220个DNA片段，平均700 bp/片段）并开始了初步实验。 2）用于RNA编辑的顺式序列和反式因子的鉴定我们从分离的烟草叶绿体开发了体外RNA编辑系统。利用该系统，我们鉴定了烟草叶绿体psbL mRNA和ndhB mRNA的顺式序列，还鉴定了psbL mRNA的反式因子。

项目成果

Sugiura,M.: "Nucleic Acids. In "Biochemistry & Molecular Biology of Plants""American Society of Plant Physiologists. 50 (2000)

Sugiura,M.：“核酸。在“生物化学”中

Sugiura,M.: "Phytogene sequence : From cyanobacteia to plastids. In "From Symbiosis to Eukaryotism-Endocytobiology VII""Univ Geneva Press. 16 (2000)

Sugiura,M.：“植物基因序列：从蓝藻到质体。在“从共生到真核-内细胞生物学 VII””，日内瓦大学出版社。

Sugita,C.: "A novel nucleic acid-binding protein in the cyanobacterium Synechococcus sp. PCC6301."Mol.Gen.Genet.. 263. 655-663 (2000)

Sugita,C.：“蓝细菌聚球藻 PCC6301 中的一种新型核酸结合蛋白。”Mol.Gen.Genet.. 263. 655-663 (2000)

Nakamura T.: "Chloroplast ribonucleoproteins function as a stabilizing factor of ribosomefree mRNAs in the stroma."J.Biol.Chem.. 276. 147-152 (2001)

Nakamura T.：“叶绿体核糖核蛋白作为基质中无核糖体 mRNA 的稳定因子发挥作用。”J.Biol.Chem.. 276. 147-152 (2001)

Yukawa,Y.: "The TATA motif, the CAA motif and the Poly(T) transcription termination motif are all important for transcription re-initiation on plant tRNA genes."Plant Journal. 22. 439-447 (2000)

Yukawa,Y.：“TATA 基序、CAA 基序和 Poly(T) 转录终止基序对于植物 tRNA 基因的转录重新启动都很重要。”《植物杂志》。