RNAエディティングによるゲノム情報の変換システム - 葉緑体ゲノムでの網羅的解析

利用RNA编辑的基因组信息转换系统——叶绿体基因组的综合分析

基本信息

批准号：
16011251
负责人：
杉浦昌弘
金额：
$ 4.16万
依托单位：
Nagoya City University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16011251/
关键词：
葉緑体 RNAエディティング in vitro系進化システムタバコエンドウ

项目摘要

1)RNAエディティングのシス配列の同定昨年度、開発に成功した蛍光標識ダイデオキシヌクレオチドとプライマー伸長法を組み合わせた新しい非RIアッセイ系である「in vitro RNAエディティング系」を用いて、光化学系のNADH脱水酵素サブユニットのmRNA上の19ヶ所のエディティング部位の効率を測定した。その結果35%の効率から活性が検出できないものまで部位によりエディティング効率が著しく異なることを明らかにした。次いで、効率の高いndhB-2とndhFのmRNAのエディティング部位についてシス配列の同定を行った。ndhB-2ではエディティング部位の上流から10から6ヌクレオチドの1ヶ所、次いでndhFでは上流40から36ヌクレオチドおよび上流15から下流6ヌクレオチドの2ヶ所がシス配列であることを決定した。これを基にエディティングの新しいモデルを考え出した。2)RNAエディティングのトランス因子の同定・単離UVクロスリンク法を用いて、ndhFとrpoBのmRNAのエディティング部位のトランス因子を82kDaと60kDaを同定した。psbE mRNAエディティングに対する56kDaのトランス因子を単離しMS/MS法でタンパク質の一次構造の決定を進め、いくつかのペプチド配列を得た。まだ充分ではないのでこれらの単離方法および一次構造決定に関する条件についてさらに検討・改良を試みた。3)RNAエディティングの進化メカニズムの考察栽培タバコ(Nicotiana tabacum)のエディティング部位をさらに同定し、ndhG mRNAで新しい部位2ヶ所を見出した。そのうちの1ヶ所は進化的に保有されないアミノ酸置換であった。更に双子葉植物のエンドウで葉緑体エディティング部位の体系的同定を進め、27ヶ所の部位を同定した。これらをタバコと比較しエディティング部位出現の進化的傾向を考察した。

1）RNA编辑顺式序列的鉴定我们测量了NADH脱水酶亚基mRNA上19个编辑位点的效率。结果显示，编辑效率因位点的不同而存在显着差异，效率从 35% 到检测不到活性不等。接下来，我们鉴定了高效 ndhB-2 和 ndhF mRNA 编辑位点的顺式序列。在ndhB-2中，我们确定在编辑位点上游10至6个核苷酸的一个位点处存在顺式序列，而在ndhF中，在上游40至36个核苷酸和下游15至下游6个核苷酸处存在两个位点。在此基础上，我们设计了一种新的编辑模型。 2）用于RNA编辑的反式因子的鉴定和分离使用UV交联方法，我们在ndhF和rpoB mRNA的编辑位点鉴定了82kDa和60kDa反式因子。我们分离了用于 psbE mRNA 编辑的 56kDa 反式因子，使用 MS/MS 确定了蛋白质的一级结构，并获得了几个肽序列。由于这些结果仍然不够，我们试图进一步研究和改进这些分离方法和一级结构测定的条件。 3）RNA编辑进化机制的思考我们进一步鉴定了栽培烟草（Nicotiana tabacum）中的编辑位点，并在ndhG mRNA中发现了两个新位点。其中之一是进化上不保守的氨基酸取代。此外，我们对双子叶豌豆植物中的叶绿体编辑位点进行了系统鉴定，并鉴定了27个位点。我们将它们与烟草进行了比较，并考虑了编辑站点外观的进化趋势。

项目成果

期刊论文数量（14）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

A site-specific factor interacts directly with its cognate RNA editing site in chloroplast transcripts

DOI：
10.1073/pnas.0307163101
发表时间：
2004-01-06
期刊：
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA
影响因子：
11.1
作者：
Miyamoto, T;Obokata, J;Sugiura, M
通讯作者：
Sugiura, M

Multiple elements required for translation of plastid atpB mRNA lacking the Shine-Dalgarno sequence