Evaluation of credibility among epidemiological analysis methods for Staphylococcus aureus by whole-genome gene analysis

全基因组基因分析评价金黄色葡萄球菌流行病学分析方法的可信度

• 批准号: 22K10371
• 负责人: 永沢 善三
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: International University of Health and Welfare
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K10371/
• 关键词: MRSA; MLST; POT; PFGE; IR Biotyper; Coagulase typing; Whole genome analysis; 菌株相同性

薬剤耐性菌の出現と蔓延は世界的な問題であり、AMRの報告では、2050年には世界での悪性新生物による死亡数を超えて薬剤耐性菌による死亡数が上回ることが予測されている。薬剤耐性菌の蔓延を防止するには、散発的な感染か同一菌株による感染かを鑑別することが重要と言える。現在、細菌を対象とした疫学解析には、遺伝子学的手法であるMLST解析法、PFGE解析法、POT解析法が実施され、その解析結果を基準に院内感染の有無が評価されている。しかし、菌株によっては同一菌株であっても疫学解析手法の違いにより成績の乖離が認める。現在、疫学解析手法の信憑性を解析した世界的な検証データは認められない。本課題研究を実践するためには、多くの疫学解析が実施されている黄色ブドウ球菌を対象に世界的に実施されている１）MLST解析法、２）PPFGE解析法、および日本で頻用されている３）POT解析法、更に斬新的な４）MALDI-TOF MS解析法、５）赤外吸収分析 (IR Biotyper) 解析法を実施し、各疫学解析手法で得られた菌株間の相同性を比較検証し、各疫学解析手法での信憑性を評価する。この疫学解析手法の信憑性解析が確立すれば、多くの医療機関において院内感染の蔓延を適切かつ未然に防止することに繋がる。本研究では、国際医療福祉大学および自治医科大学医学部感染・免疫学講座細菌学部門の協力を得ながら黄色ブドウ球菌150菌株を収集し、菌株の再同定は質量分析計のMALDI BiotyperにてScore Valueが2.000以上を示した100菌株を対象に、CLSI法に準じた微量液体希釈法（ドライプレート栄研）を実施し、オキサシリンあるいはセフォキシチンのMIC値よりMSSAとMRSAの表現系による分類を行った。なお、薬剤感受性試験を実施した20薬剤について感性・耐性パターンによる分類も同時に実施した。

耐药菌的出现和传播是一个全球性问题，AMR报告预测，到2050年，全球由耐药菌造成的死亡人数将超过恶性肿瘤造成的死亡人数。为了防止耐药细菌的传播，区分散发性感染和同一菌株引起的感染非常重要。目前，针对细菌的流行病学分析采用MLST分析、PFGE分析、POT分析等遗传学方法，根据分析结果评价有无院内感染。但根据毒株的不同，即使是同一毒株，由于流行病学分析方法的差异，结果也可能存在差异。目前，全球范围内尚无公认的验证数据来分析流行病学分析方法的可靠性。为了将这项研究付诸实践，我们需要使用1）MLST分析方法，该方法在全球范围内用于金黄色葡萄球菌，2）PPFGE分析方法，该方法在日本经常使用，并且经过了多次流行病学分析3）POT分析方法，更具创新性4）MALDI-TOF MS分析方法，5）红外吸收分析（IR Biotyper）我们将实施分析方法，比较和验证每种流行病学分析方法获得的毒株之间的同源性，评估每种流行病学分析方法的可信度。如果建立这种流行病学分析方法的可靠性分析，将导致许多医疗机构适当预防医院感染的传播。本研究中，我们与国际健康福利大学和自治医科大学医学院细菌学系、感染与免疫学系合作，收集了150株金黄色葡萄球菌。对100个值为2.000以上的菌株进行根据CLSI方法的微生物稀释法（干板Eiken），并根据苯唑西林或苯唑西林的MIC值进行基于MSSA和MRSA表型系统的分类头孢西丁。同时，对进行药敏试验的20种药物根据药敏和耐药模式进行分类。

项目成果

質量分析計を用いた黄色ブドウ球菌の 同定と結果解析

使用质谱法鉴定金黄色葡萄球菌并分析结果

• 发表时间: 2023
• 作者: 横尾篤美;中島久恵;梅村創;船島由美子;渡邊真弥;崔 龍洙;永沢善三
• 通讯作者: 永沢善三

Correlation of Strain Classification with IR Biotyper and Molecular Epidemiological Method of Pseudomonas aeruginosa

铜绿假单胞菌菌株分类与IR生物分型及分子流行病学方法的相关性

• 发表时间: 2021
• 期刊: Rinsho Biseibutshu Jinsoku Shindan Kenkyukai Shi
• 作者: Oho M;Nagasawa Z;Funashima Y;Ueda O;Watamabe S;Cui L;Miyamoto H;Sueoka E
• 通讯作者: Sueoka E

Detection of carbapenem-resistant bacteria in Gram-negative bacilli using RAISUS S4

使用 RAISUS S4 检测革兰氏阴性杆菌中的碳青霉烯类耐药菌

• 发表时间: 2022
• 作者: Yumiko Funashima;Rin Hamabe;Kei Tominaga;Zenzo Nagasawa
• 通讯作者: Zenzo Nagasawa