Klebsiella variicola感染症の臨床像と遺伝学的特徴に関する研究

水痘克雷伯菌感染的临床特征及遗传特征研究

• 批准号: 22K08576
• 负责人: 原田 壮平
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K08576/
• 关键词: Klebsiella variicola; 血流感染症; 全ゲノム解析; 病原遺伝子; MLST

本研究課題の遂行において、MALDI-TOFによるKlebsiella variicolaの菌種同定の正確性が高いことが前提となるため、その検証を行った。東京大学医学部附属病院において2019年1月から2021年11月に血液培養から検出され、MALDI-TOF（MALDI Biotyper）でKlebsiella pneumoniaeあるいはK. variicolaと同定された83株を用いて検討したところ、MALDI BiotyperによるK. vaciicola（26株）の同定は、library version 9を用いることにより、遺伝学的な同定法（Multiplex PCRあるいは全ゲノム解析）と同等の精度が得られることを確認した（PMID: 36125293）。また、webツール（MALDI TypeR）の併用により、K. pneumoniaeのその他の類縁種や亜種の同定が可能であることも確認した。続いて、2010年から2018年に東京大学医学部附属病院で血液培養から検出されK. pneumoniaeと同定された452株について、MALDI Biotyper（library version 9）およびMALDI TypeRによる菌種同定を実施し、77株のK. variicola菌株を得た。これらのうち27株についてMiSeq（illumina）を用いた全ゲノム解析を実施し、これらすべての菌株がK. variicola subsp. variicolaであることを確認した。また、multilocus sequence typingによりこれらの菌株の遺伝学的背景は多様であることを確認するとともに、2株がK. pneumoniaeの高病原性と関連するとされる高粘稠性関連遺伝子（rmpA）やシデロフォア関連遺伝子（iro, ybt）を保有していたことを確認した。

在开展本研究项目时，我们验证了MALDI-TOF对水痘克雷伯氏菌细菌种类鉴定的准确性较高。使用 2019 年 1 月至 2021 年 11 月在东京大学医院的血培养中检测到的 83 株菌株进行的一项调查显示，MALDI 鉴定了 K. viciicola（26 株），并使用 MALDI-TOF（MALDI Biotyper）鉴定为肺炎克雷伯菌或水痘克雷伯菌Biotyper 是使用库版本执行的经证实，通过使用9，可以获得与遗传鉴定方法（多重PCR或全基因组分析）相当的精度（PMID：36125293）。我们还证实，通过使用网络工具（MALDI TypeR）可以识别肺炎克雷伯菌的其他相关物种和亚种。接下来，我们使用MALDI Biotyper（文库版本9）和MALDI TypeR对2010年至2018年间在东京大学医院血培养中检测到的452株肺炎克雷伯菌进行了细菌种类鉴定，获得了水痘克雷伯菌菌株。使用 MiSeq (Illumina) 对其中 27 个菌株进行全基因组分析，所有这些菌株均被确认为 K. variicola subsp.。此外，多位点序列分型证实了这些菌株的遗传背景具有多样性，其中两个菌株具有高粘度相关基因（rmpA）和铁载体，这与肺炎克雷伯菌的高毒力有关。携带相关基因（iro、ybt）。