Comprehensive and rapid diagnosis of non-tuberculous mycobacterial pulmonary disease by using multi-locus sequence typing

利用多位点序列分型全面快速诊断非结核分枝杆菌肺病

基本信息

批准号：
21K08194
负责人：
木田博
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Osaka Toneyama Medical Center
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

肺非結核性抗酸菌(NTM)症の診療において、喀痰より分離培養したNTM菌の菌種同定（近年は亜種レベルの同定が必要とされる）、薬剤感受性検査は必須であるが、現状では、手間、時間、お金がかかる検査となっている。本研究で、私たちはNTM菌の菌種同定、薬剤感受性検査の精緻化・簡略化を同時実現することを目的として、MGIT-seq法の開発を行っている。MGIT-seq法では、喀痰より分離培養した抗酸菌からDNAを抽出し、超小型次世代シーケンサーにアプライするだけで、解読情報はインターネットを介して送られ、コアゲノムMLST法による亜種レベルの菌種同定とマクロライドとアミカシンに対する薬剤感受性予測を自動解析し、結果をリアルタイムで返す新たな検査システムである。我々はMGIT-seqを臨床現場における有用性を実証する前向き研究を開始し、2021年から約1年間で138名の肺NTM症、肺NTM疑いの患者さんを前向きに登録し、喀痰培養(MGIT法)陰性となった22名を除いた116名について、従来法とMGIT-seq法を比較した。MGIT-seq法では106例中ほぼ全例で菌種同定が可能であり、さらに90%の症例で従来法では得ることが出来なかった亜種レベルの情報を得ることが可能であった。MGIT-seq法では、クラリス耐性予測はrrl遺伝子、erm遺伝子の配列から、アミカシンはrrs遺伝子の配列から予測しているが、クラリスでは感度95%、特異度98%、アミカシンでは、感度50%、特異度100%であった。アミカシンについては耐性の頻度が本研究コホートでは2例のみであり今後、nを増やした検討が必要と考えられた。以上の結果は、Journal of Clinical Microbiology 2023; 61:e0162622、に掲載された。

在肺非结核抗酸细菌（NTM）的医学治疗中，鉴定已与痰分离的NTM细菌（近年来需要鉴定亚种），而药物敏感的测试是必不可少的现在，这是一个耗时的时间，耗时的检查。在这项研究中，我们正在开发MGIT-SEQ方法，目的是同时实现NTM细菌的鉴定和简化以及药物敏感性测试的一致性和简化。在MGIT-seq方法中，只需从痰液中提取DNA，并适用于超小的下一代序列，然后通过Internet发送解码信息，以及核心品种的品种的品种Genom MLST方法是一种新的测试系统，可以自动分析物种的物种和对大环内酯类和氨甲蛋白酶的药物敏感性，并实时返回结果。我们已经开始了一项积极的研究，以证明MGIT-SEQ在临床部位的有用性，并已通过138个肺NTM综合征和肺NTM疑似患者在2021年以来大约一年。比较了常规方法和MGIT-seq方法。在几乎所有106例病例中，几乎可以识别MGIT-seq方法，并且有可能在90％的情况下获得常规方法无法获得的亚种级信息。根据MGIT-SEQ方法，从RRL基因的阵列，ERM基因的阵列预测了Claris抗性预测，并从RRS基因的阵列中预测了氨甲蛋白酶。对于氨甲环素，在这项研究队列中，抵抗的频率仅为两个病例，并且认为将来有必要考虑增加N。上述结果发表在临床微生物学杂志上2023； 61：e0162622。