ヒトメガサテライトDNAのゲノム構造と超可変性

人类巨卫星 DNA 的基因组结构和高变异性

基本信息

批准号：
11149225
负责人：
権藤洋一
金额：
$ 1.34万
依托单位：
The Institute of Physical and Chemical Research
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
财政年份：
1999
资助国家：
日本
起止时间：
1999 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

98年度にヒトゲノムにおけるRS447メガサテライトDNAという新しい概念を公に認められ(Gondo et al.,Genomics 1998)、詳細な解析を進めたところ、タンデムコピー数が親子間で10%の高頻度で変動し(Okada et al.,in preparation)、また、junk DNAなどと異なりその反復単位のなかに活性をもつ脱ユビキチン化酵素をコードし、5'上流にプロモーター活性もあった(Saitoh et al.,Molec.Cell Biol.submitted)。この全く新しい機能をもちながら超可変性を示すヒトゲノム構造機能を実験的に解析できるよう、モデル動物系の探索も行った。調べた哺乳動物すべてにRS447メガサテライト相同配列が存在し、チャイニーズハムスター、ラットから相同クローンを得た。タンデム構造、コピー数、脱ユビキチン化酵素をコードすることなど全て確認できた。このRS447配列群と最も高い相同性を示す配列として、すでにマウス脱ユビキチン化酵素であるDUB-1、DUB-2がわかっていた。しかし、マウスゲノムにはこれらの遺伝子はタンデム構造をしておらず、他にもタンデム反復した相同配列はない。そのかわりに多数の散在する相同配列は存在する。ヒトをはじめタンデム構造のRS447メガサテライト配列は種内ではほぼ100%相同(>99.3%)であり、協調進化によって変化しないような機構があることが考えられるが、マウスにはその機構がないわけであり、ヒトRS447導入トランスジェニックマウスの利用によって検討している。現在12系統得られ3系統について詳細な解析を行っている。また、類似の不安定なタンデムリピートとして、ヒトNAIP遺伝子のcDNAクローン(Yamamoto et al.,BBRC 1999)およびミニブタハンチントン病遺伝子cDNAクローン(Matsuyama et al.,in preparation)も得て解析している。

在1998年，人类基因组中的447卢比DNA的新概念被公开认可（Gondo等，Genomics 1998），并进行了详细的分析。串联拷贝数在父母和子女之间（Okada等，准备中）在10％上波动，并且与垃圾DNA不同，它编码了一种在重复单位中具有活性的去泛素酶，并且在5'上游的启动子活性（Saitoh et al。，Molec。CellBiol.suptits）。还搜索了模型动物系统，以允许对人类基因组结构功能进行实验分析，尽管这种全新的功能，这些功能表现出过度变化。所有检查的哺乳动物均具有RS447兆阳性的同源序列，并从中国仓鼠和大鼠那里获得同源克隆。所有这些都已确认，包括串联结构，拷贝数和编码去泛素酶。小鼠去泛素酶DUB-1和DUB-2已经被称为序列，与该RS447序列组表现出最高的同源性。但是，这些基因在小鼠基因组中没有串联结构，并且没有其他串联重复的同源序列。相反，有许多散射的同源序列。带有串联结构（包括人类）的rs447兆田层序列在物种内几乎是同源的（> 99.3％），并且人们认为存在一种机制不会因配位进化而变化，但是小鼠没有这种机制，并且通过使用人类RS447777777-RS447-RS447-RS4477-Indrodenten-Indrodententententententencient trypernodcoring trymodentencient trypeneric Mitece进行了研究。目前，获得了12个系统，并对三个系统进行了详细的分析。类似的不稳定串联重复包括人NAIP基因的cDNA克隆（Yamamoto等人，BBRC 1999）和迷你Poo Huntington疾病疾病基因基因（Matsuyama等人，在准备中）的cDNA克隆并进行了分析。