レトロポゾンの増幅機構に関する研究

逆转录子扩增机制研究

基本信息

批准号：
03680135
负责人：
岡田典弘
金额：
$ 1.02万
依托单位：
University of Tsukuba
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for General Scientific Research (C)
财政年份：
1991
资助国家：
日本
起止时间：
1991 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-03680135/
关键词：
レトロポゾンサケ科魚類 SINE 反復配列転移RNA 系統関係分子生物学塩基配列

项目摘要

我々は、サケ科魚類に存在する三種のレトロポゾンを単離し、そのそれぞれが、進化の異なる段階で増幅を行なっていることを明らかにした。すなわち、SmaIファミリ-はシロサケ、カラフトマスのみに存在するところから、この二種の共通祖先で増幅を行なったと考えられる。又、FokIファミリ-は、イナワ属のみに存在するところから、イワナ属が他のサケ科の魚類から分岐した後に、イワナ属の共通祖先で増幅を行なったと考えられる。第三のファミリ-であるHpaIファミリ-は、サケ科魚類のすべてに存在するので、サケ科魚類の共通祖先で増幅を行なったと考えられる。更に、私は、サケ科のすべての魚類のゲノムに存在するHpaIファミリ-が、サケ科の共通祖先ばかりではなく、進化の様々な段階で増幅を行なったサブファミリ-の検出を試みた。HpaIファミリ-のメンバ-をヒメマス、サクラマス、シロサケ、スチ-ルヘッドから単離し、塩基配列を決定し、ユニットをはさむように3'と5'側でプライマ-を合成し、サケ科各種のゲノムを鋳型としてPCRを行なったところ、全部で5種の進化の異なる段階で増幅を行なったようなHpaIファミリ-のサブファミリ-の検出に成功した。この結果サクラマスを除く6種のサケ属の系統関係が明らかになった。更に、SmaIファミリ-の起源と増幅のメカニズムを明らかにする目的で、SmaIファミリ-と相同性をもつ配列をサケ科魚類ゲノムで検索したところ、サケ科の魚類のうちで最も古い属と考えられるコルゴヌス属で、SmaIファミリ-と非常によく似たファミリ-が、増巾していることが明らかとなった。以上の事実により、サケ科の共通祖先でSmaIファミリ-及びコルゴヌス属で増幅しているファミリ-の原配列というべきものが存在し、それぞれの時期に少し配列が変化したファミリ-が増幅してきたものと想定される。

我们分离了三种在鲑鱼类鱼类中存在的腹膜，每种尾骨在不同的进化阶段都被放大。换句话说，由于Smai家族仅存在于白鲑鱼和彩色鲑鱼中，因此人们认为这两个共同的祖先被放大了。此外，由于Foki家族仅存在于Rossia属中，因此人们认为，在属属与其他鲑鱼鱼属分歧后，它被该属属的共同祖先放大。第三个家庭，即HPAI家族，存在于所有Salmonidae Fish中，被认为是由Salmonidae Fish的共同祖先放大的。此外，我试图检测所有Salmonidae Fish基因组中存在的亚家族，而不仅仅是Salmonidae的共同祖先，而且在进化的各个阶段都被放大。 HPAI家族的成员是从鳟鱼，樱桃三文鱼，白鲑鱼和静止头部分离出来的，确定了基本序列，在3'和5'方面合成了底漆，以包含单位的方式合成，并使用鲑鱼家族的各种基因组作为模板进行了salmonaceae家族的基因组进行了pcr，并以5差异的差异而被判断。这揭示了除樱桃鲑鱼以外的六种鲑鱼属的系统发育关系。此外，为了阐明Smai家族扩增的起源和机制，我们搜索了Smai家族的基因组，以与Smai家族具有同源性的序列，并发现Corgonus属（被认为是Smai家族中最古老的属）。基于上述事实，假定有一些Smai家族的祖先和家族被Corgonus属放大，并且在每个阶段都会放大序列略有变化的家庭。