レトロポゾンの増幅機構に関する研究

逆转录子扩增机制研究

基本信息

批准号：
03680135
负责人：
岡田典弘
金额：
$ 1.02万
依托单位：
University of Tsukuba
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for General Scientific Research (C)
财政年份：
1991
资助国家：
日本
起止时间：
1991 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-03680135/
关键词：
レトロポゾンサケ科魚類 SINE 反復配列転移RNA 系統関係分子生物学塩基配列

项目摘要

我々は、サケ科魚類に存在する三種のレトロポゾンを単離し、そのそれぞれが、進化の異なる段階で増幅を行なっていることを明らかにした。すなわち、SmaIファミリ-はシロサケ、カラフトマスのみに存在するところから、この二種の共通祖先で増幅を行なったと考えられる。又、FokIファミリ-は、イナワ属のみに存在するところから、イワナ属が他のサケ科の魚類から分岐した後に、イワナ属の共通祖先で増幅を行なったと考えられる。第三のファミリ-であるHpaIファミリ-は、サケ科魚類のすべてに存在するので、サケ科魚類の共通祖先で増幅を行なったと考えられる。更に、私は、サケ科のすべての魚類のゲノムに存在するHpaIファミリ-が、サケ科の共通祖先ばかりではなく、進化の様々な段階で増幅を行なったサブファミリ-の検出を試みた。HpaIファミリ-のメンバ-をヒメマス、サクラマス、シロサケ、スチ-ルヘッドから単離し、塩基配列を決定し、ユニットをはさむように3'と5'側でプライマ-を合成し、サケ科各種のゲノムを鋳型としてPCRを行なったところ、全部で5種の進化の異なる段階で増幅を行なったようなHpaIファミリ-のサブファミリ-の検出に成功した。この結果サクラマスを除く6種のサケ属の系統関係が明らかになった。更に、SmaIファミリ-の起源と増幅のメカニズムを明らかにする目的で、SmaIファミリ-と相同性をもつ配列をサケ科魚類ゲノムで検索したところ、サケ科の魚類のうちで最も古い属と考えられるコルゴヌス属で、SmaIファミリ-と非常によく似たファミリ-が、増巾していることが明らかとなった。以上の事実により、サケ科の共通祖先でSmaIファミリ-及びコルゴヌス属で増幅しているファミリ-の原配列というべきものが存在し、それぞれの時期に少し配列が変化したファミリ-が増幅してきたものと想定される。

我们分离了鲑鱼中存在的三种类型的反座子，并揭示了每种反座子在不同的进化阶段都会经历扩增。换句话说，由于SmaI家族仅存在于大马哈鱼和粉红鲑鱼中，因此人们认为它在这两个物种的共同祖先中得到了扩增。此外，由于FokI家族仅存在于Char属中，因此人们认为，在Char属与其他鲑鱼分化后，FokI家族在Char属的共同祖先中得到扩增。第三个家族，即 HpaI 家族，存在于所有鲑鱼中，因此人们认为它在鲑鱼的共同祖先中得到了扩增。此外，我试图检测 HpaI 家族，该家族存在于所有鲑鱼的基因组中，不仅存在于鲑鱼的共同祖先中，而且存在于在不同进化阶段扩增的亚科中。从红鲑鱼、樱桃鲑鱼、大马哈鱼和硬头鱼中分离出HpaI家族成员，测定其核苷酸序列，并在该单元的3'和5'侧合成引物，并对各种鲑科鱼类的基因组进行了分析。当使用模板进行 PCR 时，我们成功检测到了 HpaI 家族的总共 5 个亚家族，这些亚家族似乎在不同的进化阶段被扩增。结果，澄清了除樱桃鲑鱼之外的六种鲑鱼属的系统发育关系。此外，为了阐明SmaI家族的起源和扩增机制，我们在鲑鱼基因组中寻找与SmaI家族同源的序列，发现这被认为是最古老的鲑鱼属。与 SmaI 家族非常相似的家族已在 Colgonus 属中扩展。基于上述事实，存在着可以称为鲑科共同祖先的SmaI家族的原始序列，以及在Colgonus属中被扩增的家族，以及序列稍有改变的家族。假设每次都被放大。