SINE挿入を指標とした翼手目ヒナコウモリ科内部の系統解析

使用 SINE 插入作为指标对翼手目、翼手科进行系统发育分析

基本信息

批准号：
05F05182
负责人：
岡田典弘
金额：
$ 1.54万
依托单位：
Tokyo Institute of Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2005
资助国家：
日本
起止时间：
2005 至 2006
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-05F05182/
关键词：
分子系統解析ヒナコウモリ科 SINE法レトロポゾン

项目摘要

本研究の目的は、「SINE法」を指標として、多岐にわたるヒナコウモリ科内部の系統関係を明らかにすることである。ヒナコウモリ属の中でも特にMiniopterus属は生態的・形態的に非常に多様な属であり、世界的に多くの種が分布している。しかしながらその種間の系統関係および単系統性に関しては完全には解明されていないため、世界的に注目されている分類群である。そのため本研究でもMiniopterus属周辺の系統関係の解明を目指して解析をおこなっている。特に昨年度沖縄県にて入手したMiniopterus fuscusのサンプルは非常に貴重であり、その詳細な解析を現在おこなっている。SINEとはゲノム中に散在する短い反復配列であり、その有無を様々な種の相同遺伝子座間で比較することにより、信頼性の非常に高い系統樹の再構築が可能であるととが知られている。ヒナコウモリ上科のゲノム中には、VES-SINEが特異的に分布することがすでに知られており、本研究においては、このVES-SINEの挿入パターンを指標の一つとして用いる。ヒナコウモリ科に関する系統解析をおこなうにあたって、VES-SINE配列群からサブグループを検出し、これらの中から適切な増幅活性時期を持つグループを解析に用いる必要があるため、Miniopterus fuscusのゲノムライブラリを作成し、ここからVES-SINE配列を多数単離して、これらの解析をおこなっている。VES-SINEはヒナコウモリ科にも存在するが、それ以外のSINEもそれらのゲノム中に存在するかもしれないたあ、今年度はその探索をおこなった。これまでゲノムライブラリのランダムシークエンスを進めてきたものの、現在のところ新規SINEは発見されていない。この探索は今後も引き続きおこなう予定である。

这项研究的目的是使用“正弦方法”作为指数来阐明各种谱系内部。在小鸡属中，小翅目属是一种非常多样化的属和格式，许多物种在全球范围内分布。但是，由于物种与单个结构之间的系统关系尚未完全阐明，因此它吸引了全球关注。因此，这项研究还进行分析，目的是阐明围绕迷你翅目周围的系统关系。特别是，去年在冲绳县获得的迷你翅目fuscus样品非常有价值，我们目前正在进行详细的分析。正弦是散布在基因组中的短阵列，众所周知，可以通过比较相基因的相位来重建非常可靠的系统树。众所周知，VES-Sine在Chinakomori Joshina的基因组中特定分布，在这项研究中，该VES-Sine的插入模式被用作指标之一。进行与鸡有关的系统分析时，有必要从VES-SINE序列组中检测一个子组，并使用具有适当的放大活动时间进行分析的组，因此从这里创建一个基因组库。许多VES-Sine序列被隔离以执行这些分析。 VES-Sine也存在于Hinakomori家族中，但今年这些基因组中可能存在其他罪恶。尽管基因组文库的随机序列，但目前尚未发现新的正弦。将来将继续进行此搜索。