ゲノム上の核マトリックス結合部位の網羅的解析とそのダイナミクス

基因组核基质结合位点及其动态的综合分析

• 批准号: 16011226
• 负责人: 奥村 克純
• 金额: $ 2.69万
• 依托单位: Mie University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16011226/
• 关键词: 核マトリックス; ゲノムチップ; クロマチン; HSP70; 分子コーミング; セントロメア; ES細胞; エピジェネティック

個別領域の詳細解析と高次クロマチンダイナミクス統合モデル:種々のストレスによって転写が誘導される熱ショックタンパク質HSP70遺伝子領域について、クロマチンダイナミクスを解析した。HSPAlA, AlB, AlLの三種のコード領域から転写誘導されるHSP70について、ゲノム配列情報から、MAR-wizによりMARポテンシャルを算出し、ポテンシャルの高低に応じたプロープ、プライマーを設計し、RNA/DNA-FISH、マトリックスPCR、抗RNApolymeraseIIo(リン酸化型)抗体等によるChIP解析とリアルタイムPCRによる定量などにより、このゲノム領域について高次クロマチンの構造変換を詳細に検討して、転写のオン・オフと核マトリックス、転写・複製ファクトリー、クロマチンループドメインのダイナミクスについてのモデルを提示した。クロマチンループの基点となる部位の網羅的解析:G0とG1期の細胞から核マトリックス画分を調製し、この画分に残されるゲノムDNAをヒト21,22番染色体高密度ゲノムchipにかけて、ゲノム上の核マトリックス結合部位を網羅的に同定する準備を進め、現在核マトリックスの安定な調製法を確立し、ゲノムチップ解析のための条件検討を行い今後の指標とした。分子コーミング技術の確立:ゲノム解析に有用な分子コーミング技術を確立し、比較ゲノム解析や、複製起点解析に応用する基盤を築いた。マウスセントロメア領域ヘテロクロマチンドメインの複製制御:マウスセントロメア領域のヘテロクロマチン構造、修飾、複製タイミング、複製フォーク進行速度等について解析し、エピジェネティックな制御下にこれらが密接に関係することを示した。また、ES細胞でも複製フォークの進行や複製起点を解析できるシステムを構築した。

对高阶染色质动力学的单个区域和综合模型的详细分析：对热休克蛋白HSP70基因区域进行了分析，其中通过各种应力诱导转录。对于HSP70，它是从三个编码区HSPALA，ALB和ALL的转录诱导的，使用MAR-WIZ根据基因组序列信息的MAR-WIZ计算，根据基因组序列信息，探针和引物是根据高和低潜能设计的，并通过芯片分析使用RNA/DNA-FISH，MATRIX PCR，抗rnapolies and量化量和量化量的量，抗rnapolase IIO（实时）and antiiio and antimase Iio（anti-nirime）（实时）（plopcrorys）（plopcrorys）;详细检查了检查，并提出了用于开启和关闭的转录，以及核基质，转录/复制厂和染色质环域的动力学。对形成染色质循环基础的位点的全面分析：从G0和G1阶段中的细胞制备核基质级分，并且将此部分中保留的基因组DNA应用于21和22的人类染色体，以全面的鉴定，以便在基因组上进行了准备，并准备了稳定的核矩阵，并准备了稳定的核矩阵，并准备了稳定的方法。芯片分析用作将来的指标。分子梳理技术的建立：已建立的分子梳理技术有用，可用于基因组分析，并为比较基因组分析和复制分析起源奠定了基础。小鼠中心异染色质结构域的复制控制：我们分析了小鼠中心层面区域的异染色质结构，修饰，复制时间，复制叉进程率等，并表明这些结构在表观遗传对照下与这些相关。我们还建立了一个系统，可以分析ES细胞中复制叉的进展和复制的起源。

项目成果

A 210-kb segment of tandem repeats and Retroelements located between imprinted subdomains of mouse distal chromosome 7

• DOI: 10.1093/dnares/11.5.325
• 发表时间: 2004-10-31
• 期刊: DNA RESEARCH
• 影响因子: 4.1
• 作者: Shirohzu, H;Yokomine, T;Sasaki, H
• 通讯作者: Sasaki, H

Structure and evolution of the mouse pregnancy-specific glycoprotein (Psg) gene locus

小鼠妊娠特异性糖蛋白（Psg）基因座的结构和进化

• 发表时间: 2005
• 期刊: BMC Genomics 6巻4号(印刷中)
• 作者: Matsumoto R.;Ito Y.;Shin-ichiro Takebayashi;Andrew S McLellan
• 通讯作者: Andrew S McLellan

Zinc transporters, ZnT5 and ZnT7, are required for the activation of alkaline phosphatases, zinc-requiring enzymes that are GPI-anchored to cytoplasmic membrane

锌转运蛋白 ZnT5 和 ZnT7 是激活碱性磷酸酶（GPI 锚定在细胞质膜上的需锌酶）所必需的

• 发表时间: 2005
• 期刊: Journal of Biological Chemistry 280巻1号
• 作者: Tomoyuki Suzuki

クロマチン・染色体実験プロトコール

染色质/染色体实验方案

• 发表时间: 2004
• 作者: M.-T.Gao et al.;押村光雄ら編
• 通讯作者: 押村光雄ら編

Regulation of Replication Fork Progression at the R/G Chromosomal Band Boundary and Pericentromeric Heterochromatin in Mammalian Cells

哺乳动物细胞中 R/G 染色体带边界和着丝粒周围异染色质复制叉进展的调节

• 发表时间: 2005
• 期刊: Experimental.Cell Research 304巻1号
• 作者: Matsumoto R.;Ito Y.;Shin-ichiro Takebayashi
• 通讯作者: Shin-ichiro Takebayashi