ゲノム上の核マトリックス結合部位の網羅的解析とそのダイナミクス

基因组核基质结合位点及其动态的综合分析

• 批准号: 16011226
• 负责人: 奥村 克純
• 金额: $ 2.69万
• 依托单位: Mie University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16011226/
• 关键词: 核マトリックス; ゲノムチップ; クロマチン; HSP70; 分子コーミング; セントロメア; ES細胞; エピジェネティック

個別領域の詳細解析と高次クロマチンダイナミクス統合モデル:種々のストレスによって転写が誘導される熱ショックタンパク質HSP70遺伝子領域について、クロマチンダイナミクスを解析した。HSPAlA, AlB, AlLの三種のコード領域から転写誘導されるHSP70について、ゲノム配列情報から、MAR-wizによりMARポテンシャルを算出し、ポテンシャルの高低に応じたプロープ、プライマーを設計し、RNA/DNA-FISH、マトリックスPCR、抗RNApolymeraseIIo(リン酸化型)抗体等によるChIP解析とリアルタイムPCRによる定量などにより、このゲノム領域について高次クロマチンの構造変換を詳細に検討して、転写のオン・オフと核マトリックス、転写・複製ファクトリー、クロマチンループドメインのダイナミクスについてのモデルを提示した。クロマチンループの基点となる部位の網羅的解析:G0とG1期の細胞から核マトリックス画分を調製し、この画分に残されるゲノムDNAをヒト21,22番染色体高密度ゲノムchipにかけて、ゲノム上の核マトリックス結合部位を網羅的に同定する準備を進め、現在核マトリックスの安定な調製法を確立し、ゲノムチップ解析のための条件検討を行い今後の指標とした。分子コーミング技術の確立:ゲノム解析に有用な分子コーミング技術を確立し、比較ゲノム解析や、複製起点解析に応用する基盤を築いた。マウスセントロメア領域ヘテロクロマチンドメインの複製制御:マウスセントロメア領域のヘテロクロマチン構造、修飾、複製タイミング、複製フォーク進行速度等について解析し、エピジェネティックな制御下にこれらが密接に関係することを示した。また、ES細胞でも複製フォークの進行や複製起点を解析できるシステムを構築した。

各个区域的详细分析和高阶染色质动力学的集成模型：我们分析了热休克蛋白HSP70基因区域的染色质动力学，该区域的转录受到各种应激的诱导。 HSPA1A、AlB、对于由AllL的三个编码区转录诱导的HSP70，利用MAR-wiz根据基因组序列信息计算MAR电位，根据高低电位设计探针和引物，并进行RNA/DNA-FISH和RNA/DNA-FISH分析。进行基质PCR、抗RNA聚合酶IIo。通过使用（磷酸化型）抗体的 ChIP 分析和实时 PCR 定量，我们详细研究了该基因组区域中高级染色质的结构变化，并分析了转录的开/关、核基质、转录/复制提出了环域动力学模型。染色质环基点综合分析：从G0和G1期细胞中制备核基质组分，并将该组分中留下的基因组DNA应用于人类21号和22号染色体的高密度基因组芯片。全面鉴定核基质结合位点的制剂，建立了稳定的核基质制备方法，并考察了基因组芯片分析的条件，作为未来的指标。分子梳理技术的建立：我们建立了可用于基因组分析的分子梳理技术，为其应用于比较基因组分析和复制起点分析奠定了基础。小鼠着丝粒异染色质域的复制控制：我们分析了小鼠着丝粒区域的异染色质结构、修饰、复制时间、复制叉进展速率等，并表明这些在表观遗传控制下密切相关。我们还构建了一个可以分析 ES 细胞中复制叉进展和复制起点的系统。

项目成果

A 210-kb segment of tandem repeats and Retroelements located between imprinted subdomains of mouse distal chromosome 7

• DOI: 10.1093/dnares/11.5.325
• 发表时间: 2004-10-31
• 期刊: DNA RESEARCH
• 影响因子: 4.1
• 作者: Shirohzu, H;Yokomine, T;Sasaki, H
• 通讯作者: Sasaki, H

Structure and evolution of the mouse pregnancy-specific glycoprotein (Psg) gene locus

小鼠妊娠特异性糖蛋白（Psg）基因座的结构和进化

• 发表时间: 2005
• 期刊: BMC Genomics 6巻4号(印刷中)
• 作者: Matsumoto R.;Ito Y.;Shin-ichiro Takebayashi;Andrew S McLellan
• 通讯作者: Andrew S McLellan

Zinc transporters, ZnT5 and ZnT7, are required for the activation of alkaline phosphatases, zinc-requiring enzymes that are GPI-anchored to cytoplasmic membrane

锌转运蛋白 ZnT5 和 ZnT7 是激活碱性磷酸酶（GPI 锚定在细胞质膜上的需锌酶）所必需的

• 发表时间: 2005
• 期刊: Journal of Biological Chemistry 280巻1号
• 作者: Tomoyuki Suzuki

クロマチン・染色体実験プロトコール

染色质/染色体实验方案

• 发表时间: 2004
• 作者: M.-T.Gao et al.;押村光雄ら編
• 通讯作者: 押村光雄ら編

Regulation of Replication Fork Progression at the R/G Chromosomal Band Boundary and Pericentromeric Heterochromatin in Mammalian Cells

哺乳动物细胞中 R/G 染色体带边界和着丝粒周围异染色质复制叉进展的调节

• 发表时间: 2005
• 期刊: Experimental.Cell Research 304巻1号
• 作者: Matsumoto R.;Ito Y.;Shin-ichiro Takebayashi
• 通讯作者: Shin-ichiro Takebayashi