RNAiスクリーニング法を用いた肝細胞癌における新規癌関連遺伝子の同定

利用RNAi筛选方法鉴定肝细胞癌中新的癌症相关基因

• 批准号: 15H06332
• 负责人: 高井 淳
• 金额: $ 1万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
• 财政年份: 2015
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2015-08-28 至 2016-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-15H06332/
• 关键词: 肝細胞癌

本研究では、global RNAiスクリーニング法を用いて、EpCAM陽性肝癌細胞の維持に重要な役割を果たす遺伝子を網羅的に検索し、候補遺伝子群を同定した。EpCAM陽性細胞と陰性細胞が混在する肝癌細胞株であるHuH1細胞及びHuH7細胞をMagnetic-activated cell sorting systemを用いてEpCAM陽性群・陰性群に分離し、47,000種類の遺伝子を標的とした200,000種類のレンチウイルスshRNAベクターライブラリーを各々の群に感染多重度=1で感染導入した。3日間または5日間培養した後、全RNAを抽出し、各種shRNAに組み込まれた19塩基より成る固有の配列をPCRによって増幅させ、PCR産物を各種shRNA特異的なプローブとハイブリダイズさせ、マイクロアレイによって網羅的な定量解析を行った。得られたデータについて、同じ細胞(HuH1またはHuH7)由来の同じ期間だけ培養した(3日間または5日間)EpCAM陽性群と陰性群のshRNAプロファイルについてclass comparison analysisを行い、抽出されたshRNA群のうち、複数のshRNAの標的となっている遺伝子のみに絞り込み、さらにHuH1及びHuH7における3日間培養群及び5日間培養群で全ての比較解析で重複する遺伝子をEpCAM陽性群及び陰性群の維持にかかわる候補として選出した。その結果、EpCAM陽性細胞の維持にかかわる26種類の候補遺伝子、陰性細胞の維持にかかわる50種類の候補遺伝子を選出した。上記の76種類の遺伝子を用いて、247例の肝癌組織由来のマイクロアレイデータに対して階層型クラスタリング解析を行うと、症例群は2つのcluster分類された。このグループ分類は、免疫染色を用いたEpCAM陽性・陰性の分類結果とほぼ一致しており、選出された遺伝子群とEpCAM発現との関連性を強く示唆するものと考えられた。

在这项研究中，使用全球RNAi筛选方法全面搜索在维持EPCAM阳性肝癌细胞中起重要作用的基因，并鉴定了候选基因组。 Huh1和Huh7细胞是肝癌细胞系，含有EPCAM阳性和阴性细胞，使用磁性细胞分选系统分离成Epcam阳性和负基团，并将200,000个慢病毒shRNA载体文库分离为靶向47,000个基因的慢病毒SHRNA载体文库，并将其引入每个序列中，并将其引入了一组序列，以培养了一个唯一的Intoritial Intorial Intorial Intorial Indortion = 1。由PCR放大的19个碱基组成的19个碱基，与各种SHRNA特异性探针杂交，并通过微阵列进行了全面的定量分析。获得的数据是对EPCAM阳性和负基团的SHRNA谱进行的，这些基因在同一周期（3或5天）从同一细胞（3或5天）培养同一时期（HUH1或HUH7）在同一时期（3或5天）（3或5天），在提取的SHRNA组中，在划分的基因中，由多个基因靶向的基因，这些基因均被范围缩小，并且分析了多个基因，并且分析了多个基因，并且是分析的，并且是分析的。在所有比较分析中，被选为参与EPCAM阳性和负面组维持的候选者。结果，选择了涉及EPCAM阳性细胞维持的26个候选基因和参与阴性细胞维持的50个候选基因。使用上述76个基因，对源自247个肝癌组织的微阵列数据进行了分层聚类分析，并将病例组分为两个簇。该组分类几乎与使用免疫染色的EPCAM阳性和阴性的分类结果一致，并被认为强烈暗示所选基因组与EPCAM表达之间存在关系。

项目成果

Identification of novel cancer driver genes in hepatocellular carcinoma cells by RNAi screening method

RNAi筛选法鉴定肝细胞癌细胞中新的癌症驱动基因

• 发表时间: 2015
• 作者: Atsushi Takai