高通量DNA测序片段的拼接

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    30871393
  • 项目类别：
    面上项目
  • 资助金额：
    35.0万
  • 负责人：
    陆祖宏
  • 依托单位：
    东南大学
  • 学科分类：
    C0608.生物数据资源与分析方法
  • 结题年份：
    2011
  • 批准年份：
    2008
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2009-01-01 至2011-12-31

项目摘要

伴随新一代高通量低成本测序技术的发展，其生成的超大通量短测序片段拼接技术成为目前测序生物信息学研究的最前沿热点问题。在本申请书中，我们首次提出了基于色域空间（color space）编码技术的超大通量短序列拼接技术思路和技术平台建设。在传统的序列拼接算法基础上，提出了基于高覆盖率测序结果的质量优先无错拼接的算法构想，并完成了初步的准备工作。针对新一代测序平台提供的mate pair信息，我们首次提出了利用mate pair信息校正和提高拼接质量的算法构想。同时，考虑到多种测序技术的联合应用问题，研发一套统一格式的测序数据联合分析系统，以解决不同测序技术平台产生数据格式相互无法移植交流的问题。为解决传统拼接比对算法对高性能计算硬件的依赖，我们提出了基于FPGA定制算法硬件加速模块的构想，可以在节约硬件投资的前提下提高计算效率数百倍。

结项摘要

项目成果

期刊论文数量（24）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
Global Egr1-miRNAs Binding Analysis in PMA-Induced K562 Cells Using ChIP-Seq
使用 ChIP-Seq 对 PMA 诱导的 K562 细胞中的全局 Egr1-miRNA 结合进行分析
  • DOI：
    10.1155/2010/867517
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    Journal of Biomedicine and Biotechnology
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    Wang; Wei;Tu; Jing;Shi; Xiaolong;Lu; Zuhong;Tang; Chao;Ge; Qinyu;Xie; Xueying;Zhou; Dequang
  • 通讯作者：
    Dequang
Global analysis of in vivo EGR1-binding sites in erythroleukemia cell using chromatin immunoprecipitation and massively parallel sequencing
使用染色质免疫沉淀和大规模并行测序对红白血病细胞体内 EGR1 结合位点进行整体分析
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    Electrophoresis
  • 影响因子：
    2.9
  • 作者：
    Xie; Xueying;Lu; Zuhong;Xiao; Peng Feng;Zhou; Dequan;Ge; Qinyu;Tu; Jing;Tang; Chao;Shi; Xiaolong;Sun; Xiao;Wang; Wei
  • 通讯作者：
    Wei
Massively parallel display of genomic DNA fragments by rolling-circle amplification and strand displacement amplification on chip
通过芯片上的滚环扩增和链置换扩增大规模并行显示基因组 DNA 片段
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    Talanta
  • 影响因子：
    6.1
  • 作者：
    Zhao; Hong;Luo; Junfeng;Zhou; Dongrui;Gao; Li;Lu; Zuhong
  • 通讯作者：
    Zuhong
High-Throughput Sequencing of MicroRNAs in Adenovirus Type 3 Infected Human Laryngeal Epithelial Cells
3 型腺病毒感染的人喉上皮细胞中 MicroRNA 的高通量测序
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    Journal of Biomedicine and Biotechnology
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    Lu; Zuhong;Guo; Xiling;Cui; Lunbiao;Shi; Zhiyang;Wang; Hua;Shan; Jun;Shi; Wenting;Qi; Yuhua;Tu; Jing;Ge; Yiyue;Li; Shuchun;Shan; Yunfeng
  • 通讯作者：
    Yunfeng
Genotyping of multiple single nucleotide polymorphisms with hyperbranched rolling circle amplification and microarray
使用超支化滚环扩增和微阵列对多个单核苷酸多态性进行基因分型
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    Clinica Chimica Acta
  • 影响因子：
    5
  • 作者：
    Xiao; Pengfeng;Tang; Chao;Luo; Junfeng;Shi; Xiaolong;Li; Xiujie;Lu; Zuhong
  • 通讯作者：
    Zuhong

数据更新时间：{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI：
    {{ item.doi || "--"}}
  • 发表时间：
    {{ item.publish_year || "--" }}
  • 期刊：
    {{ item.journal_name }}
  • 影响因子：
    {{ item.factor || "--"}}
  • 作者：
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者：
    {{ item.author }}

数据更新时间：{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}

数据更新时间：{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}

数据更新时间：{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}

数据更新时间：{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}

数据更新时间：{{ patent.updateTime }}

其他文献

诊断与治疗延误对结核病传播作用
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    系统科学与数学
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    贾忠伟;陆祖宏
  • 通讯作者：
    陆祖宏
MAOA基因多态性与考试焦虑的关系研究
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2013
  • 期刊：
    TWIN RESEARCH AND HUMAN GENETICS
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    刘阳阳;陆祖宏
  • 通讯作者：
    陆祖宏
快速低成本全基因组DNA测序技术
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    中国生物医学工程学报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    陆祖宏;肖鹏峰;白云飞;吕华
  • 通讯作者：
    吕华
多重种特异性探针对石斛近缘品种的准确鉴定
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    J. Biochem. Biophys. Methods
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    李同祥;王进科;陆祖宏
  • 通讯作者：
    陆祖宏
快速低成本全基因组DNA测序技术
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    中国生物医学工程学报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    陆祖宏;白云飞;肖鹏峰;吕华
  • 通讯作者：
    吕华

其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI：
    {{ item.doi || "--" }}
  • 发表时间：
    {{ item.publish_year || "--"}}
  • 期刊：
    {{ item.journal_name }}
  • 影响因子：
    {{ item.factor || "--" }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者：
    {{ item.author }}
empty
内容获取失败，请点击重试
重试联系客服
title开始分析
查看分析示例
此项目为已结题，我已根据课题信息分析并撰写以下内容，帮您拓宽课题思路：

AI项目思路

AI技术路线图

陆祖宏的其他基金

DNA与蛋白质作用的全基因组分析
  • 批准号：
    30973375
  • 批准年份：
    2009
  • 资助金额：
    33.0 万元
  • 项目类别：
    面上项目
孤独障碍的脑白质结构及其相关遗传标志的高通量筛选
  • 批准号：
    30570655
  • 批准年份：
    2005
  • 资助金额：
    26.0 万元
  • 项目类别：
    面上项目
空气病毒快速富集和在线高灵敏度检测仪
  • 批准号：
    20345001
  • 批准年份：
    2003
  • 资助金额：
    30.0 万元
  • 项目类别：
    专项基金项目
肿瘤相关基因甲基化的高通量和定量化检测
  • 批准号：
    30371606
  • 批准年份：
    2003
  • 资助金额：
    24.0 万元
  • 项目类别：
    面上项目
生物信息的获得、分析和应用
  • 批准号：
    60223002
  • 批准年份：
    2002
  • 资助金额：
    100.0 万元
  • 项目类别：
    专项基金项目
纳米颗粒二维阵列的组装技术研究
  • 批准号：
    69371032
  • 批准年份：
    1993
  • 资助金额：
    7.0 万元
  • 项目类别：
    面上项目

相似国自然基金

{{ item.name }}
  • 批准号：
    {{ item.ratify_no }}
  • 批准年份：
    {{ item.approval_year }}
  • 资助金额：
    {{ item.support_num }}
  • 项目类别：
    {{ item.project_type }}

相似海外基金

{{ item.name }}
{{ item.translate_name }}
  • 批准号：
    {{ item.ratify_no }}
  • 财政年份：
    {{ item.approval_year }}
  • 资助金额：
    {{ item.support_num }}
  • 项目类别：
    {{ item.project_type }}
{{ showInfoDetail.title }}

作者：{{ showInfoDetail.author }}

知道了

AI项目解读示例

课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
关闭
close
客服二维码