PDB MANAGEMENT BY THE RESEARCH COLLABORATORY FOR STRUCTURAL BIOINFORMATICS

结构生物信息学研究合作实验室的 PDB 管理

基本信息

批准号：
10702253
负责人：
STEPHEN K BURLEY
金额：
$ 80万
依托单位：
RUTGERS, THE STATE UNIV OF N.J.
依托单位国家：
美国
项目类别：
财政年份：
2019
资助国家：
美国
起止时间：
2019-08-01 至 2024-07-31
项目状态：
已结题

项目摘要

Administrative Supplement Request in Response to PA-20-272 Parent Award Identifier: 1R01GM133198 Parent Award Title: PDB Management by the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Parent Award Principal Investigator: Stephen K. Burley, M.D., D.Phil. Supplement Request: Scaling of RCSB PDB Backend and Frontend Services for RCSB.org Project Summary/Abstract: In its role as a core NIH data repository, the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bank (RCSB PDB) is committed to the best practices articulated by the FAIR and TRUST principles. Established in 1971 as the first open-access digital data repository in biology, the PDB has been a leading exemplar of FAIR and a pioneer in the open access movement. RCSB PDB was an early adopter in securing CoreTrustSeal certification and advocating publicly for the TRUST principles. In this supplement application, funds are requested to support scaling of RCSB PDB research-focused RCSB.org web portal Backend and Frontend Services by two orders of magnitude for delivery of ~200 million Computed Structure Models (CSMs) from AlphaFoldDB and the ModelArchive alongside all of the experimentally-determined structures stored in the PDB. Parallel delivery of CSMs with PDB data will enable many millions of RCSB.org users worldwide to analyze, visualize, and explore predicted 3D structural models for nearly every protein represented within UniProt (fully integrated with ~200,000 PDB structures).

响应PA-20-272的行政补充请求父级奖标识符：1R01GM133198 父母奖：结构生物信息学研究合作社的PDB管理家长奖首席调查员：斯蒂芬·K·伯利（Stephen K. Burley），医学博士，D.PHIL。补充请求：RCSB PDB后端的缩放和RCSB.org的前端服务项目摘要/摘要：在其作为NIH数据存储库的角色中，结构生物信息学蛋白数据的研究合作银行（RCSB PDB）致力于公平和信任原则所阐明的最佳实践。已确立的 1971年，PDB是生物学的第一个开放式数字数据存储库，一直是公平的领先典范以及开放访问运动的先驱。 RCSB PDB是确保Coretrustseal的早期采用者认证并公开倡导信托原则。在此补充申请中，资金是要求支持RCSB PDB研究以研究为中心的RCSB.org Web Portal后端和前端服务通过两个数量级，用于交付约2亿个计算结构模型（CSM）来自AlphafoldDB和模型结构以及所有实验确定的结构存储在PDB中。与PDB数据的CSM并行交付将使数百万rcsb.org用户能够在全球范围内分析，可视化和探索几乎每种蛋白质的预测的3D结构模型代表Uniprot（与约200,000 PDB结构完全集成）。

项目成果

期刊论文数量（42）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

How Structural Biologists and the Protein Data Bank Contributed to Recent FDA New Drug Approvals

DOI：
10.1016/j.str.2018.11.007
发表时间：
2019-02-05
期刊：
STRUCTURE
影响因子：
5.7
作者：
Westbrook, John D.;Burley, Stephen K.
通讯作者：
Burley, Stephen K.

Assessing PDB macromolecular crystal structure confidence at the individual amino acid residue level.

DOI：
10.1016/j.str.2022.08.004
发表时间：
2022-10-06
期刊：
STRUCTURE
影响因子：
5.7
作者：
Shao, Chenghua;Bittrich, Sebastian;Wang, Sijian;Burley, Stephen K.
通讯作者：
Burley, Stephen K.

Changing Aesthetics in Biomolecular Graphics.

改变生物分子图形的美学。

DOI：
10.1109/mcg.2023.3250680
发表时间：
2023
期刊：
IEEE computer graphics and applications
影响因子：
1.8
作者：
Garrison,LauraA;Goodsell,DavidS;Bruckner,Stefan;Campbell,Bruce;Samsel,Francesca
通讯作者：
Samsel,Francesca

JAK inhibition reduces SARS-CoV-2 liver infectivity and modulates inflammatory responses to reduce morbidity and mortality.

DOI：
10.1126/sciadv.abe4724
发表时间：
2021-01
期刊：
Science advances
影响因子：
13.6
作者：
Stebbing J;Sánchez Nievas G;Falcone M;Youhanna S;Richardson P;Ottaviani S;Shen JX;Sommerauer C;Tiseo G;Ghiadoni L;Virdis A;Monzani F;Rizos LR;Forfori F;Avendaño Céspedes A;De Marco S;Carrozzi L;Lena F;Sánchez-Jurado PM;Lacerenza LG;Cesira N;Caldevilla Bernardo D;Perrella A;Niccoli L;Méndez LS;Matarrese D;Goletti D;Tan YJ;Monteil V;Dranitsaris G;Cantini F;Farcomeni A;Dutta S;Burley SK;Zhang H;Pistello M;Li W;Romero MM;Andrés Pretel F;Simón-Talero RS;García-Molina R;Kutter C;Felce JH;Nizami ZF;Miklosi AG;Penninger JM;Menichetti F;Mirazimi A;Abizanda P;Lauschke VM
通讯作者：
Lauschke VM

wwPDB biocuration: on the front line of structural biology

wwPDB 生物管理：处于结构生物学的前沿