DNA上での蛋白質間相互作用を促進するHMGによるDNA変形の構造解析

HMG 促进 DNA 上蛋白质-蛋白质相互作用的 DNA 变形结构分析

基本信息

批准号：
11160215
负责人：
楯真一
金额：
$ 1.22万
依托单位：
Japan Advanced Institute of Science and Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
财政年份：
1999
资助国家：
日本
起止时间：
1999 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-11160215/
关键词：
HMG蛋白質 NMR 安定同位体標識 DNA構造

项目摘要

1.HMG2蛋白質C末端DNA結合ドメイン(B-ドメイン)の精密立体構造解析:NOEと2面角情報に基づく立体構造解析に加えて、磁場配向により誘導された残余双極子効果とバイセルにより誘導された残余双極子効果を取り入れることにより、精密な立体構造を得た。構造解析の結果、HMG2Bドメインを構成する第2、第3ヘリックスの形成する角度がHMG1の対応するドメインと有意に異なり、この違いが両蛋白質のDNAに対する親和性の違いおよび機能上の役割の違いを説明しえるものと示唆された。2.エンハンスソーム形成因子HMG-Iの高次構造解析を目的としたサンプル調製: HMG-Iのもつ3つのDNA結合ドメインのうちN末端の2つのDNA結合ドメインとC末端側2つの結合ドメインは、それぞれ異なるエンハンサーDNA領域に結合する。本年度は、それぞれ2つのDNA結合ドメインを持つHMG-Iフラグメントの大腸菌による大量発現系の構築と、その精製法の確立を行った。いずれのDNA結合フラグメントも1literの最小培地から約10mg程度のサンプルを高純度に得ることができる。3.HMG-I結合配列を含むDNAフラグメントの作成: HMG-IのそれぞれのDNA結合フラグメントは、異なる23bp程度のDNA領域に結合する。これまでに、23bpのエンハンサーDNA領域に相当するPRDII-NRDIの合成を行い、^<15>N標識したHMG-IのC末端側DNA結合フラグメントとの相互作用をNMRにより確認した。

1. HMG2蛋白C端DNA结合域（B域）的精确三维结构分析：除了基于NOE和二面角信息的三维结构分析外，我们还研究了诱导的残余偶极子效应通过磁场定向和 bicelle 诱导效应，通过结合残余偶极子效应，我们获得了精确的三维结构。结构分析结果显示，组成HMG2B结构域的第二和第三螺旋所形成的角度与HMG1相应结构域的角度存在显着差异，这种差异可能是由于两种蛋白对亲和力的差异所致。 DNA 及其功能作用的差异有人认为这可以解释这一现象。 2. 增强体形成因子 HMG-I 的高阶结构分析的样品制备： HMG-I 的三个 DNA 结合域中，N 端的两个 DNA 结合域和 C 端的两个结合域-末端是，每个都结合不同的增强子 DNA 区域。今年，我们利用大肠杆菌构建了HMG-I片段的大规模表达系统，每个片段都有两个DNA结合域，并建立了纯化方法。从 1 升基本培养基中可以高纯度获得大约 10 mg 的每个 DNA 结合片段。 3.产生含有HMG-I结合序列的DNA片段：HMG-I的每个DNA结合片段结合约23bp的不同DNA区域。到目前为止，我们已经合成了对应于23bp增强子DNA区域的PRDII-NRDI，并通过NMR证实了其与15 N标记的HMG-I的C端DNA结合片段的相互作用。

项目成果

期刊论文数量（3）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

K. Ogura: "Solution structure of human acidic fibroblast growth factor and interaction with heparin-derived hexasaccharide"J. Bimol. NMR. 13. 11-24 (1999)

K. Ogura：“人酸性成纤维细胞生长因子的溶液结构及其与肝素衍生六糖的相互作用”J。

DOI：
发表时间：
期刊：
影响因子：
0
作者：
通讯作者：

S. Mine: "Analysis of the relationship between enzyme and its internal motion using nuclear magnetic resonance"J. Mol. Biol.. 286. 1547-1565 (1999)

S. Mine：“利用核磁共振分析酶及其内部运动之间的关系”J。

DOI：
发表时间：
期刊：
影响因子：
0
作者：
通讯作者：

K. Hiraga: "Mutational analysis of the reactive site loop of Streptomyces metalloproteinases inhibitor, SMPI"J. Biochem. (Tokyo). 125. 202-209 (1999)

K. Hiraga：“链霉菌金属蛋白酶抑制剂 SMPI 反应位点环的突变分析”J。

DOI：
发表时间：
期刊：
影响因子：
0
作者：
通讯作者：

DOI：
{{ item.doi }}
发表时间：
{{ item.publish_year }}
期刊：
{{ item.journal_name }}
影响因子：
{{ item.factor }}
作者：
{{ item.authors }}
通讯作者：
{{ item.author }}

数据更新时间：{{ journalArticles.updateTime }}

作者：
{{ item.author }}

数据更新时间：{{ monograph.updateTime }}

作者：
{{ item.author }}

数据更新时间：{{ sciAawards.updateTime }}

作者：
{{ item.author }}

数据更新时间：{{ conferencePapers.updateTime }}

作者：
{{ item.author }}

数据更新时间：{{ patent.updateTime }}

楯真一其他文献

HeLa細胞へのGFPおよびGFP付加ヌクレオソームシャペロンのフェムトインジェクションと細胞内動態

HeLa 细胞中 GFP 和添加 GFP 的核小体伴侣的 Femto 注射和细胞内动力学

DOI：
发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
0
作者：
高見知秀;上脇隼一;落合博;小山真人;小川佳英;斉藤美佳子;松岡英明;楯真一
通讯作者：
楯真一

クロマチン動態プローブ開発

染色质动力学探针开发

DOI：
发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
0
作者：
栃尾尚哉;川嵜亮祐;青木大将;梅原康平;吉村優一;上脇隼一;Holger Flechsig;冨樫祐一;楯真一
通讯作者：
楯真一

Evolutionary designed soft matter systems - model studies to reveal signatures of biological function in protein machines

进化设计的软物质系统——模型研究揭示蛋白质机器的生物功能特征

DOI：
发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
0
作者：
栃尾尚哉;川嵜亮祐;青木大将;梅原康平;吉村優一;上脇隼一;Holger Flechsig;冨樫祐一;楯真一;冨樫祐一;Holger Flechsig;冨樫祐一;Yuichi Togashi;冨樫祐一;Holger Flechsig
通讯作者：
Holger Flechsig

NMRを用いた新しいタンパク質構造研究のアプローチ

使用 NMR 研究蛋白质结构的新方法

DOI：
发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
0
作者：
Anraku;M.;et al;Tate,S.;國安明彦;Shin-ichi Tate;村木一徳;楯真一;國安明彦;楯真一;國安明彦;楯真一;國安明彦;Tate,S;村木一徳;國安明彦;楯真一;中村優希;楯真一;楯真一;楯　真一;竹内　彩;宮下由里奈;楯　真一;橋本愛美;Tate,S.;玉利　裕;橋本愛美;野坂佳加;楯　真一;楯　真一
通讯作者：
楯　真一