DNA塩基配列の解析による日本人の起源

基于DNA序列分析的日本人起源

• 批准号: 01571246
• 负责人: 宝来 聰
• 金额: $ 1.22万
• 依托单位: National Institute of Genetics
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for General Scientific Research (C)
• 财政年份: 1989
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1989 至 1990
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-01571246/
• 关键词: ミトコンドリアDNA; DNA多型; 塩基配列; 日本人の起源

制限酵素切断多型による分布で、ヒトmtDNAは、顕著な人種特異性を示す事が知られている。我々は、黒人7人、白人18人、アジア人70人のmtDNA相同領域の塩基配列を決定し、比較分析をおこなった。胎盤よりmtDNAを分離精製し、KpnI、SacIの2重消化を行い、nonーcoding領域(Dル-プ)、約500塩基対の塩基配列を決定した。すでにこの領域の配列が決定されている6個体の配列を含めて計101個体の配列を比較したところ、563塩基のうち113の部位で多型性を示した。これら多型部位のうち、塩基置換によるものが106部位であった。そのうち、transition型置換が91%をしめた。また一塩基の欠失・挿入の起きている部位が7カ所で確察された。また、多型部位の分布を調べたところ、nonーcoding領域中においてもかなりの偏りが観察された。すなわち、Dル-プの開始部(SacI側)には変異が少なく、tRNAーPro側に行くにしたがって多型部位が増大する傾向にあり、Dル-プ内においても機能上の制約に差異があることを示唆している。さらに超可変ドメインがあり、わずか14塩基の領域で、塩基置換・欠失・挿入等で17種類の異なる配列が観察された。すなわち、約60%の個体がAAAACCCCCTCCCCという配列であったが、その他の個体ではCストレッチ内の塩基置換、TからCの置換とそれに伴うCストレッチの伸長とAストレッチの減少などの種々の配列が観察された。以上のようにnonーcoding領域の多型性はいちじるしく、制限酵素切断型多型分析によるnucleotide diversityの値(0.4%)の約4倍の値(1.5%)を示し、ヒトの集団内変異を同定するのに極めて有効な領域であると考えられた。

人类mtDNA由于限制酶的裂解多态性而闻名，由于其分布而表现出显着的种族特异性。我们确定了七个黑人，18名白人和70个亚洲人的mtDNA同源区域的核苷酸序列，并进行了比较分析。将mtDNA分离并从胎盘中纯化，并执行KPNI和SACI的双重消化，并确定非编码区域（D环）中约500个碱基对的碱基序列。总共101个个体的比较，包括已经确定序列的六个个体的序列，显示了563个碱基113的多态性。在这些多态性位点中，通过基础取代获得了106个位点。其中，过渡类型替代造成91％。此外，在七个位置确认了单个基础删除和插入的位置。此外，当检查了多态位点的分布时，即使在非编码区域中也观察到相当大的偏见。也就是说，在D循环的开始（SACI侧）的突变很少，并且随着tRNA-PRO侧移动时，多态位点倾向于增加，这表明在D循环中的功能约束也存在差异。 Furthermore, there was a hypervariable domain, with only 14 bases in which 17 different sequences were observed due to base substitutions, deletions, insertions, etc. That is, about 60% of individuals had the sequence called AAAACCCCCCTCC, but in other individuals, various sequences were observed, such as base substitutions within the C stretch, substitutions of T to C, and the resulting extension of the C stretch and reduction of A stretch.如上所述，非编码区域的多态性令人印象深刻，显示出约为核能值（0.4％）的四倍（0.4％）的值，这是通过限制酶截断多态性分析的，被认为是鉴定人类种群突变的极为有效的区域。

项目成果

Y.Yamamoto,S.Horai and Y.Yuasa: "Increased levels of mitochondrial gene expression in polyps of familial polyposis coli patients." Biochem.Biophy.Res.Commun.159(3). 1100-1106 (1989)

Y.Yamamoto、S.Horai 和 Y.Yuasa：“家族性息肉病患者息肉中线粒体基因表达水平升高。”

S.Horai,K.Hayasaka,K.Murayama,N.Wate,H.Koike and N.Nakai: "DNA amplification from ancient human skeletal remains and their sequence analysis." Proc.Japan.Acad.65 Ser B. 229-233 (1989)

S.Horai、K.Hayasaka、K.Murayama、N.Wate、H.Koike 和 N.Nakai：“古代人类骨骼遗骸的 DNA 扩增及其序列分析。”

S.Horai and K.Hayasaka: "Intraspecific nucleotide sequence differences in the major noncoding region of human mitochondrial DNA" Am.J.Hum.Genet.

S.Horai 和 K.Hayasaka：“人类线粒体 DNA 主要非编码区的种内核苷酸序列差异”Am.J.Hum.Genet。

S.Horai,K.Hayakawa,K.Hirayama,S.Takenaka and IーHung Pan: "Mitochondrial DNA Polymorphism in three Japanese Populations." Proceedings of CircumーPacific Prehistory Conference 1989. (1989)

S.Horai、K.Hayakawa、K.Hirayama、S.Takenaka 和 I-Hung Pan：“三个日本人群的线粒体 DNA 多态性”，1989 年环太平洋史前会议记录。(1989)

T.TanakaーYamamoto,M.Tanaka,K.Ohono,W.Sato,S.Horai and T.Ozawa: "Specific amplocation of deleted mitochondrial DNA from a myopathic patient and analysis of deleeted region with S1 nuclease" Biochemica et Biophisica Acta. 1009(2). 151-155 (1989)

T.Tanaka-Yamamoto、M.Tanaka、K.Ohono、W.Sato、S.Horai 和 T.Ozawa：“肌病患者删除的线粒体 DNA 的特异性扩增以及使用 S1 核酸酶分析删除区域” Biochemica et Biophisica Acta 1009（2）。151-155（1989）