モデル生物のゲノム解析の整理システムの検討

模式生物基因组分析组织系统的思考

基本信息

批准号：
03266209
负责人：
品川日出夫
金额：
$ 1.09万
依托单位：
Osaka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
1991
资助国家：
日本
起止时间：
1991 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

生物学の分野でコンピュ-タ-の知識を殆ど持たない研究者が、ゲノム解析の結果およびデ-タベ-スを日常の研究に利用できるようにするためには、優れたユ-ザ-・インタ-フェ-スを開発することが重要かつ緊急課題である。本研究では、遺伝子解析とゲノムの塩基配列の決定がもっとも進んでいる大腸菌を対象として、(1)すでに塩基配列が決定されている遺伝子とゲノム上の遺伝子地図との対応関係を整理するためのシステムとして、米国Argonne National LaboratoryのDavid G.Azwadaらが開発したGenoGraphicsの操作性について検討した。このソフトは、Sun Microsystems Open Windowsのもとで作動し、基本操作の殆どをキ-ボ-ドに触れることなく、マウスのみで行なえるようになっており、コンピュ-タ-の初心者でも殆どマニュアル無しで使いこなすことができている。内容は、Koharaらが作成した制限酵素地図、B.J.Bachmannが作成した遺伝子地図、塩基配列決定済みの遺伝子、遺伝子間で連絡した塩基配列、その塩基配列に基づいた制限酵素地図などを相互に直接対応させたもので、これまでにこのようなソフトは開発されておらず、非常に優れたものといえる。しかしながら、高性能のワ-クステ-ションを利用しているにも拘わらず、動作速度にスム-ズさを欠くという欠点がある。近い将来には高速のワ-クステ-ションが使えるようになると考えられ、動作速度の問題は数年のうちには完全に解決されるだろう。また、(2)GenBankのデ-タベ-スを処理して、Koharaらが作成した制限酵素地図と直接対応させるプログラムを開発(外注)した。このソフトはパ-ソナルコンピュ-タ-(PC9800)で操作するもので、研究者自身のデ-タ(未登録の)も一緒に処理することができる。将来(1)のようなソフトと組み合わせると、より理想的なものとなると考えられる。

为了使生物学领域的计算机知识很少的研究人员能够使用基因组分析结果和数据库进行日常研究，这对于开发出色的用户界面非常重要。在这项研究中，我们调查了戴维·G·阿兹瓦达（David G.组织已经确定的基因与基因组上的基因图之间的对应关系。该软件在Sun Microsystems打开窗口下运行，使大多数基本操作仅使用鼠标执行而无需触摸键盘，甚至可以在没有任何手动的情况下使用它。这些内容直接对应于由Kohara等人创建的限制酶图，B.J. Bachmann创建的基因图，已测序的基因，基因之间传达的核苷酸序列，以及基于核苷酸序列的限制酶图。迄今为止，尚未开发此类软件，因此可以说是非常出色的软件。但是，尽管使用了高性能的工作站，但仍缺乏平稳性的工作速度。预计高速工作站将在不久的将来提供，并且工作速度问题将在几年内完全解决。（2）我们还开发了（外包）一个处理GenBank数据库的程序，直接与Kohara等人创建的限制酶图相对应。该软件是在计算机（PC9800）上操作的，并且还可以处理研究人员的数据（未注册）。据认为，将来，与（1）这样的软件结合使用，它将更加理想。