距離関数の特異性とその蛋白質立体構造解析への応用

距离函数的特异性及其在蛋白质三维结构分析中的应用

• 批准号: 15654025
• 负责人: 中村 玄
• 金额: $ 1.86万
• 依托单位: Hokkaido University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 2003
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2003 至 2004
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-15654025/
• 关键词: Ten Aホモログ; 数値微分; 蛋白質立体構造解析; 等位面法; ハミルトン・ヤコビ方程式

本研究課題の研究目的である生データからタンパク質の3次元初期モデルを自動生成することは当初のアイデアでは、なかなか難しいことが分かった。それは部分的にはアイデアは有効であっても、その有効性の度合いがあまり顕著とはいえないこと、そしてそれを全体の中にどう組み込むかについてのソフトウエア作成技術上の問題のためである。そこで今年度は、関連する研究を行い具体的な成果をあげることにつとめた。具体的な研究成果は、次の二つである。(1)Pyrococcus horikoshii由来のTenAホモログの構造解析を行った.分子表面には負の電荷を持った部位が存在しており,その部分に未知のリガンドが結合していた.このことからTenAはこれまで考えられていたような転写因子ではなく,おそらくは酵素として働いているものと考えられる.(2)当該研究課題の関連研究として画像データの認識手段に有効な数値微分法を考案し、その数値実験を行った。数値実験結果は極めて良く、かつ誤差に対してもrobustな方法であることが分かった。この方法は、当該研究に関連する蛋白質の結晶生成過程に必要な溶液中の結晶成長の有無等を、写真撮影画像データから自動判別するのに有効な可能性が高い。またこのような応用ばかりでなく、MRE検査で得られるデータから初期乳がんの発見をするのにも有効と思われる。

事实证明，很难从原始数据中自动生成蛋白质的3D初始模型，这是该研究主题的研究目的。它是有效的，但是有效性不是那么明显，这是由于如何将其纳入整体的软件创建技术。因此，今年，我们决定进行相关研究并取得具体的结果。有两个具体的研究结果。 （1）衍生自horikoshii的Tena同源性的结构分析。可能是一种酶。发现数值实验结果对于误差非常好且健壮。该方法可能有效地在自动确定与摄影图像数据相关的蛋白质晶体生成过程所需的溶液中存在晶体生长。除了这样的应用外，它似乎有效地从MRE测试获得的数据中发现了初始的乳腺癌。

项目成果

Structure analysis of PH1161 protein, a transcriptional activator TenA homologue from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii

PH1161 蛋白的结构分析，PH1161 蛋白是来自超嗜热古细菌堀越火球菌的转录激活剂 TenA 同源物

• 发表时间: 2004
• 期刊: Acta Cryst. D60
• 作者: H.Itoh