基于癌基因组突变谱解析癌相关生物通路间的协同机制

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AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    81071646
  • 项目类别：
    面上项目
  • 资助金额：
    32.0万
  • 负责人：
    郭政
  • 依托单位：
    哈尔滨医科大学
  • 学科分类：
    H1801.肿瘤病因
  • 结题年份：
    2013
  • 批准年份：
    2010
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2011-01-01 至2013-12-31

项目摘要

在本课题中，我们将提出研究基因功能协同的方法，据此分析癌基因组的体细胞突变谱，探索与癌的发生发展过程相关联的功能通路间的协作关系；提出引起这些协同功能通路共失调的几种分子改变模型，论证通路间的基因共突变、多功能基因或通路间的枢纽基因的突变可以在不同的癌细胞中引起协同通路的共失调；发现在癌的发生与发展过程中发挥核心作用的通路。在本课题的扩展研究中，我们将分析癌基因组中基因的共甲基化及拷贝数共扰动关系，并据此验证通过共突变基因识别的一些癌相关协同通路，论证基因的共甲基化和拷贝数变异共发生也是扰动这些协同通路的重要途径。本课题的研究结果可以使我们更清晰地认识癌的遗传异质性（即在癌基因组中被扰动的基因及基因被扰动的方式高度异质），也可以使我们更深入地了解隐藏于这种复杂的基因变异表象后的功能统一性与协同机制，为我们设计与评价更符合癌的复杂生物学特性的疾病诊断与治疗分子标志提供依据。

结项摘要

本项目按计划完成了基因功能协同方法的构造，发现与癌的发生发展过程相关联的功能通路间协作关系；提出引起这些协同功能通路共失调的几种分子改变模型。主要研究成果包括：（1）基于通路突变谱研究癌相关通路之间协作关系。（2）构建一个基于网络分析的方法来寻找恶性胶质瘤中基因体突变和拷贝数改变共同作用的功能模块，这种模块是通过来自蛋白质互作网络中密集互作发生改变的基因构成的。（3）应用分层FDR控制方法寻找共突变基因对并识别候选癌基因。（4）基于不同标准化假设比较，分析癌症基因组的DNA甲基化数据。标准化能增加检测差异甲基化基因的能力，这些差异甲基化基因可以作为候选的诊断标记，同时这些差异甲基化基因在功能水平上有显著地重现性。本项目已发表论文28篇(SCI收录22篇)。本项目的研究成果为我们设计与评价更符合癌的复杂生物学特性的疾病诊断与治疗分子标志提供依据。

项目成果

期刊论文数量（21）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
Distinct functional patterns of gene promoter hypomethylation and hypermethylation in cancer genomes.
癌症基因组中基因启动子低甲基化和高甲基化的独特功能模式
  • DOI：
    10.1371/journal.pone.0044822
  • 发表时间：
    2012
  • 期刊：
    PloS one
  • 影响因子：
    3.7
  • 作者：
    Shen X;He Z;Li H;Yao C;Zhang Y;He L;Li S;Huang J;Guo Z
  • 通讯作者：
    Guo Z
Reproducibility and concordance of differential DNA methylation and gene expression in cancer.
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  • DOI：
    10.1371/journal.pone.0029686
  • 发表时间：
    2012
  • 期刊：
    PloS one
  • 影响因子：
    3.7
  • 作者：
    Yao C;Li H;Shen X;He Z;He L;Guo Z
  • 通讯作者：
    Guo Z
Separate enrichment analysis of pathways for up- and downregulated genes
上调和下调基因通路的单独富集分析
  • DOI：
    10.1098/rsif.2013.0950
  • 发表时间：
    2014-03-06
  • 期刊：
    JOURNAL OF THE ROYAL SOCIETY INTERFACE
  • 影响因子：
    3.9
  • 作者：
    Hong, Guini;Zhang, Wenjing;Guo, Zheng
  • 通讯作者：
    Guo, Zheng
Analyzing the Co-Disruption of Functions Related to Lung Adenocarcinoma Based on Gene Ontology
基于基因本体分析肺腺癌相关功能的共破坏
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2011
  • 期刊：
    生物物理学报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    WANG Jing, ZHOU Xianxiao, ZHU Jing, ZHAO Wenyuan,;WANG Jing, ZHOU Xianxiao, ZHU Jing, ZHAO Wenyuan,
  • 通讯作者：
    WANG Jing, ZHOU Xianxiao, ZHU Jing, ZHAO Wenyuan,
Extensive up-regulation of gene expression in cancer: the normalised use of microarray data
癌症中基因表达的广泛上调：微阵列数据的标准化使用。
  • DOI：
    10.1039/c2mb05466c
  • 发表时间：
    2012-01-01
  • 期刊：
    MOLECULAR BIOSYSTEMS
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    Wang, Dong;Cheng, Lixin;Guo, Zheng
  • 通讯作者：
    Guo, Zheng

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课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
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