开发可迁移的适用于软材料的粗粒化力场

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号:
    21673138
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    66.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    B0302.化学模拟与应用
  • 结题年份:
    2020
  • 批准年份:
    2016
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2017-01-01 至2020-12-31

项目摘要

The coarse-grained force field (CGFF) is a link between the microscopic and macroscopic worlds. With the advances of computer technologies and simulation algorithms, there is an urgent need to develop accurate, transferrable and general CGFF. Based on previous CGFF works and our own experiences in force field development and CGFF applications, we propose a new, transferrable CGFF model, which contains functional forms representing entropy contribution and definition rules of super-atom types. We will optimize the functional forms and the definition rules, and develop a procedure for deriving CGFF parameters from AAFF parameters. Furthermore, we propose to make a software to enable large-scale parameterizations. Using the software, we plan to develop a general, transferrable CGFF covering common soft material molecules. As validation and initial application, we will use the developed force field to predict critical micelle concentration (CMC) of surfactant solutions. The success of this project will impact the field of multi-scale molecular modeling in material sciences and result the first open and general force field made in the nation.
粗粒化力场是联系微观状态和宏观现象的重要桥梁。随着计算机和模拟算法的进步,迫切需要开发准确、可迁移、通用的粗粒化力场。本项目申请书在总结了已有的粗粒化力场理论和方法的基础上,根据前期全原子力场开发和粗粒化力场应用方面的经验,提出建立一个可迁移的粗粒化力场。力场模型包括含熵贡献的势函数形式以及超原子类型的定义规则。拟深入研究如何优化势函数形式和超原子类型定义,以及如何根据全原子力场计算数据和实验数据拟合并验证粗粒化力场参数。开发一个制备粗粒化力场的软件,并应用该软件开发一个可以覆盖常见软材料分子的粗粒化力场。作为验证和初步应用,拟将开发的力场应用于预测表面活性剂的临界胶束浓度。本项目的成功实施将提供分子模拟的基础数据,促进分子模拟技术在材料科学研究中的发展。

结项摘要

项目的目标是为了解决在计算机模拟辅助设计新材料中急需的基础力场的关键问题。我们研究了粗粒化力场的理论基础,建立了一个具有可迁移性的粗粒化力场理论模型,制备了从全原子力场拟合粗粒化力场参数的软件系统。以此为基础开发了一个覆盖聚合物,表面活性剂,液晶和离子液体分子在内的具有高精度、可迁移性的粗粒化力场,并且通过分子动力学模拟预测聚合物、表面活性剂和液晶分子自组装和微相分离现象验证了开发的粗粒化力场的可靠性。获得的力场参数在公开期刊发布,为分子模拟设计新材料提供了基础。

项目成果

期刊论文数量(14)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
All-atom and coarse-grained force fields for polydimethylsiloxane
聚二甲基硅氧烷的全原子和粗粒力场
  • DOI:
    10.1080/08927022.2017.1328597
  • 发表时间:
    2017
  • 期刊:
    Molecular Simulation
  • 影响因子:
    2.1
  • 作者:
    Huang Hao;Cao Fenglei;Wu Liang;Sun Huai
  • 通讯作者:
    Sun Huai
Cholesteric ordering predicted using a coarse-grained polymeric model with helical interactions
使用具有螺旋相互作用的粗粒聚合物模型预测胆甾醇排序
  • DOI:
    10.1039/c7sm02077e
  • 发表时间:
    2018
  • 期刊:
    Soft Matter
  • 影响因子:
    3.4
  • 作者:
    Wu Liang;Sun Huai
  • 通讯作者:
    Sun Huai
A Coarse-Grained Force Field Parameterized for MgCl2 and CaCl2 Aqueous Solutions
MgCl2 和 CaCl2 水溶液的粗粒力场参数化
  • DOI:
    10.1002/prca.201800157
  • 发表时间:
    2017
  • 期刊:
    Journal of Chemical Information and Modeling
  • 影响因子:
    5.6
  • 作者:
    Gong Zheng;Sun Huai
  • 通讯作者:
    Sun Huai
Predicting Thermodynamic Properties of Alkanes by High-Throughput Force Field Simulation and Machine Learning
通过高通量力场模拟和机器学习预测烷烃的热力学性质
  • DOI:
    10.1038/srep05214
  • 发表时间:
    2018
  • 期刊:
    Journal of Chemical Information and Modeling
  • 影响因子:
    5.6
  • 作者:
    Gong Zheng;Wu Yanze;Wu Liang;Sun Huai
  • 通讯作者:
    Sun Huai
Exploring the Synergy of LiBH4/NaBH4 Additives with Mg(BH4)(2) Electrolyte Using Density Functional Theory
利用密度泛函理论探索 LiBH4/NaBH4 添加剂与 Mg(BH4)(2) 电解质的协同作用
  • DOI:
    10.1149/2.0171811jes
  • 发表时间:
    2018
  • 期刊:
    Journal of the Electrochemical Society
  • 影响因子:
    3.9
  • 作者:
    Deetz Joshua D;Cao Fenglei;Sun Huai
  • 通讯作者:
    Sun Huai

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其他文献

微乳胶粒的形成与表面活性剂的作用—粗粒化力场分子动力学模拟研究
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  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    杨静;孙迎新;赵立峰;孙淮
  • 通讯作者:
    孙淮
微乳胶粒的形成与表面活性剂的作用——粗粒化力场分子动力学模拟研究
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2013
  • 期刊:
    中国科学:化学
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    佟思佳;曹风雷;辛亮;孙淮
  • 通讯作者:
    孙淮
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  • DOI:
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  • 发表时间:
    2014
  • 期刊:
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  • 影响因子:
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  • 作者:
    孙迎新;孙淮
  • 通讯作者:
    孙淮
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  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2011
  • 期刊:
    计算机与应用化学
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    陈清;程涛;李丰;孙淮
  • 通讯作者:
    孙淮

其他文献

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孙淮的其他基金

高通量分子模拟驱动机器学习预测分子热力学和输运性质的算法、软件和数据库
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  • 批准年份:
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相似国自然基金

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AI项目解读示例

课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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