A STRATEGY TO QUANTIFY PROTEIN STABILITY

量化蛋白质稳定性的策略

基本信息

  • 批准号:
    8365801
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 2.18万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
  • 财政年份:
    2011
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    2011-09-01 至 2012-06-30
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

This subproject is one of many research subprojects utilizing the resources provided by a Center grant funded by NIH/NCRR. Primary support for the subproject and the subproject's principal investigator may have been provided by other sources, including other NIH sources. The Total Cost listed for the subproject likely represents the estimated amount of Center infrastructure utilized by the subproject, not direct funding provided by the NCRR grant to the subproject or subproject staff. The ubiquitin proteasome system (UPS) governs most of the regulated proteolysis in eukaryotes. Substrates destined for proteasomal degradation are often modified with ubiquitin. The ubiquitin is attached to these proteins by a series of enzymes called E1, E2, and E3. A degron is a primary degradation signal of UPS substrates that is recognized by E3 enzymes or chaperones. We have designed a high-resolution strategy to map the sequence-function relationship of known degrons and to discover degrons in a systematic and high throughput manner. We will combine simple genetic tools with high-throughput sequencing to characterize the degradation signal. Our system is based on the fact that yeast cells that express Ura3 die in the presence of 5-FOA because Ura3 converts 5-FOA into a toxic product. We can alter the stability of Ura3 by fusing it to degrons, which can affect the sensitivity of yeast to 5-FOA. We are currently optimizing this system using the well-characterized degradation signal Deg1 from Matα2 fused to Ura3. This fusion protein is under the control of galactose-regulatable promoter. After the expression of the Ura3-degron fusion is shut off by addition of glucose to the media, the stability of the Ura3-degron fusion in the cells is determined by testing how sensitive the cells are to 5-FOA. We plan to generate a library of mutant Deg1 degrons fused to Ura3 to determine the effect of mutations in the degron for their ability to destabilize Ura3. Cells that harbor functional Ura3-degron fusions will degrade the Ura3 and grow in media containing 5-FOA, and cells that express non-functional degrons will be lost. By comparing the sequences of degrons in the selected yeast to the input culture we will gain insight into how mutations affect the stability of Ura3.
该副本是利用资源的众多研究子项目之一 由NIH/NCRR资助的中心赠款提供。对该子弹的主要支持 而且,副投影的主要研究员可能是其他来源提供的 包括其他NIH来源。 列出的总费用可能 代表subproject使用的中心基础架构的估计量, NCRR赠款不直接向子弹或副本人员提供的直接资金。 泛素蛋白酶体系统(UPS)控制着真核生物中的大多数调节蛋白水解。原定用于蛋白酶体降解的底物通常用泛素修饰。 泛素通过一系列称为E1,E2和E3的酶连接到这些蛋白质上。 DEGRON是UPS底物的主要降解信号,由E3酶或伴侣蛋白识别。我们设计了一种高分辨率策略,以绘制已知Degrons的序列功能关系,并以系统和高通量的方式发现DEGRON。 我们将将简单的遗传工具与高通量测序结合在一起,以表征降解信号。我们的系统基于这样一个事实,即表达URA3在5-FOA存在下死亡的酵母细胞,因为URA3将5-FOA转化为有毒产品。我们可以通过将其融合到降解中来改变URA3的稳定性,从而影响酵母对5-FOA的敏感性。 目前,我们正在使用从MATα2融合到URA3的特征良好的降解信号DEG1来优化该系统。 该融合蛋白在半乳糖调节启动子的控制之下。 通过向培养基中添加葡萄糖,将URA3-DEGRON融合的表达关闭后,通过测试细胞对5-FOA的敏感性如何确定细胞中URA3-DEGRON融合的稳定性。我们计划生成与URA3融合的突变deg1 degrons库,以确定DeGron中突变的影响,以使其破坏URA3的能力。 具有功能性URA3-DEGRON融合的细胞将降解URA3并在含有5-FOA的培养基中生长,并且表达非功能性降解的细胞将丢失。通过将选定酵母中的Degrons的序列与输入培养物进行比较,我们将深入了解突变如何影响URA3的稳定性。

项目成果

期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

STANLEY FIELDS其他文献

STANLEY FIELDS的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

{{ truncateString('STANLEY FIELDS', 18)}}的其他基金

Modeling gene expression in yeast using large degenerate libraries
使用大型简并文库模拟酵母中的基因表达
  • 批准号:
    10172925
  • 财政年份:
    2018
  • 资助金额:
    $ 2.18万
  • 项目类别:
INTERROGATION OF E3 UBIQUITIN LIGASE CATALYSIS BY DEEP MUTATIONAL SCANNING
通过深度突变扫描研究 E3 泛素连接酶催化作用
  • 批准号:
    8365800
  • 财政年份:
    2011
  • 资助金额:
    $ 2.18万
  • 项目类别:
CHARACTERIZATION OF SMALL MOLECULE METABOLITES
小分子代谢物的表征
  • 批准号:
    8365852
  • 财政年份:
    2011
  • 资助金额:
    $ 2.18万
  • 项目类别:
GENOME-WIDE ANALYSIS OF NASCENT TRANSCRIPTION IN SACCHAROMYCES CEREVISIAE
酿酒酵母新生转录的全基因组分析
  • 批准号:
    8365819
  • 财政年份:
    2011
  • 资助金额:
    $ 2.18万
  • 项目类别:
MASSIVELY PARALLEL MEASUREMENT OF SRC KINASE ACTIVITY AND DRUG RESISTANCE IN VIV
VIV 中 SRC 激酶活性和耐药性的大规模并行测量
  • 批准号:
    8365921
  • 财政年份:
    2011
  • 资助金额:
    $ 2.18万
  • 项目类别:
UNDERSTANDING THE MOLECULAR BASIS OF SELECTIVITY IN AKAP
了解 AKAP 选择性的分子基础
  • 批准号:
    8365785
  • 财政年份:
    2011
  • 资助金额:
    $ 2.18万
  • 项目类别:
HIGH-RESOLUTION MAPPING OF PROTEIN SEQUENCE-FUNCTION RELATIONSHIPS
蛋白质序列-功能关系的高分辨率绘图
  • 批准号:
    8365920
  • 财政年份:
    2011
  • 资助金额:
    $ 2.18万
  • 项目类别:
LARGE SCALE MEASUREMENT OF EPISTASIS TO IDENTIFY MUTATIONS THAT STABILIZE PROTEI
大规模测量上位性以鉴定稳定蛋白质的突变
  • 批准号:
    8365793
  • 财政年份:
    2011
  • 资助金额:
    $ 2.18万
  • 项目类别:
WIDE VARIATION IN ANTIBIOTIC RESISTANCE PROTEINS IDENTIFIED BY FUNCTIONAL METAGE
通过功能计量鉴定的抗生素抗性蛋白的广泛变异
  • 批准号:
    8365808
  • 财政年份:
    2011
  • 资助金额:
    $ 2.18万
  • 项目类别:
SEMINARS GIVEN BY STANLEY FIELDS
斯坦利·菲尔兹举办的研讨会
  • 批准号:
    8365853
  • 财政年份:
    2011
  • 资助金额:
    $ 2.18万
  • 项目类别:

相似国自然基金

动脉粥样硬化斑块中脂质相变的力学机理及其对血管细胞的力学生物学影响
  • 批准号:
    32371375
  • 批准年份:
    2023
  • 资助金额:
    50.00 万元
  • 项目类别:
    面上项目
基于空间组学探讨IL-1β调控NF-κB影响CD4+T细胞生物学特性在HIV相关DLBCL中的作用及机制
  • 批准号:
    82360036
  • 批准年份:
    2023
  • 资助金额:
    32 万元
  • 项目类别:
    地区科学基金项目
基质刚度介导核纤层蛋白B1增强DNA损伤修复影响癌细胞耐药行为的力学生物学机制研究
  • 批准号:
    12102334
  • 批准年份:
    2021
  • 资助金额:
    24.00 万元
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
KRT14/KRT6B影响食管鳞癌细胞胞浆透明化的生物学作用及其临床意义研究
  • 批准号:
    82102689
  • 批准年份:
    2021
  • 资助金额:
    24.00 万元
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
特发性黄斑裂孔内界膜剥除再复位术通过影响Müller细胞的生物学活性来提高视网膜功能的分子机制
  • 批准号:
    82171069
  • 批准年份:
    2021
  • 资助金额:
    80 万元
  • 项目类别:
    面上项目

相似海外基金

The Epigenetic Regulator Prdm16 Controls Smooth Muscle Phenotypic Modulation and Atherosclerosis Risk
表观遗传调节因子 Prdm16 控制平滑肌表型调节和动脉粥样硬化风险
  • 批准号:
    10537602
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 2.18万
  • 项目类别:
Bioorthogonal probe development for highly parallel in vivo imaging
用于高度并行体内成像的生物正交探针开发
  • 批准号:
    10596786
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 2.18万
  • 项目类别:
Sustained eIF5A hypusination at the core of brain metabolic dysfunction in TDP-43 proteinopathies
持续的 eIF5A 抑制是 TDP-43 蛋白病脑代谢功能障碍的核心
  • 批准号:
    10557547
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 2.18万
  • 项目类别:
MAIT cells in lupus skin disease and photosensitivity
MAIT 细胞在狼疮皮肤病和光敏性中的作用
  • 批准号:
    10556664
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 2.18万
  • 项目类别:
Microscopy and Image Analysis Core
显微镜和图像分析核心
  • 批准号:
    10557025
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 2.18万
  • 项目类别:
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了