Mechanisms of core promoter recognition by general transcription factor TFIID

通用转录因子TFIID识别核心启动子的机制

• 批准号: 23370077
• 负责人: KOKUBO Tetsuro
• 金额: $ 12.73万
• 依托单位: Yokohama City University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011-04-01 至 2014-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23370077/
• 关键词: 転写調節; 転写因子; 基本転写因子; 転写開始; 出芽酵母; TFIID; TAF; TBP; SAGA

TFIID, the largest GTF composed of TBP and 14 TAFs, plays a critical role in transcription from TATA-less promoters. In metazoans, several core promoter elements (CE) other than the TATA element are thought to be recognition sites for TFIID. However, it is unclear whether functionally homologous elements also exist in TATA-less promoters in yeast.Here we develop a novel high-throughput screening system to measure gene expression in yeast by using VTC1 as a reporter gene. This method allows us to isolate several active and novel CE by screening a randomized oligonucleotide pool for the CYC1 promoter. The TAF N-terminal domain (TAND) of the TAF1 protein plays a significant role in transcriptional activation. TAND comprises two subdomains, TAND1 and TAND2, which interact with the concave and convex surfaces of TBP, respectively. In collaboration with other groups, we determine the crystal structure of the TAND-TBP complex that provides a novel insight into transcriptional activation.

TFIID 是由 TBP 和 14 个 TAF 组成的最大 GTF，在无 TATA 启动子的转录中发挥着关键作用。在后生动物中，除 TATA 元件外的几个核心启动子元件 (CE) 被认为是 TFIID 的识别位点。然而，目前尚不清楚酵母中的TATA-less启动子中是否也存在功能同源元件。在此，我们开发了一种新型高通量筛选系统，以VTC1作为报告基因来测量酵母中的基因表达。该方法使我们能够通过筛选 CYC1 启动子的随机寡核苷酸池来分离几种活性和新颖的 CE。 TAF1 蛋白的 TAF N 端结构域 (TAND) 在转录激活中发挥重要作用。 TAND 包含两个子域 TAND1 和 TAND2，分别与 TBP 的凹面和凸面相互作用。我们与其他团队合作，确定了 TAND-TBP 复合物的晶体结构，为转录激活提供了新的见解。

项目成果

TFIID and SAGA regulate the fate of CLN2 mRNA cooperatively with the RAM signaling network

TFIID和SAGA与RAM信号网络协同调节CLN2 mRNA的命运

• 发表时间: 2011
• 作者: 大山良文;和田忠士;古久保哲朗
• 通讯作者: 古久保哲朗

Essay; Mechanisms of Transcriptional Activation and Repression (p1210-1217). Definitions; Activation Domain Shielding (p4-6), ATAC (p49-50), Chromatin Helicase DNA binding (CHD) (p402-404), INO80 (p1033-1035), ISWI (p1058-1060), Mammalian HDAC (p1173-1174

散文;

• 发表时间: 2013
• 作者: Takata;H.;H. Kamikubo;矢部 誠，大山 良文，高井 直樹，古久保 哲朗;前島一博;Ishii S;東野 綺子，雲財 悟，中山 理紗，土屋 奈穂，吉川 博文，古久保 哲朗，笠原 浩司;Nakamura H;Kazuhiro Maeshima;茂呂華奈子;Ishii S;Nakamura H;M. Kataoka;T. Kokubo
• 通讯作者: T. Kokubo

A novel high-throughput screening system to measure gene expression in Saccharomyces cerevisiae

一种测量酿酒酵母基因表达的新型高通量筛选系统

• 发表时间: 2011
• 作者: 渡邉清;古久保哲朗
• 通讯作者: 古久保哲朗

出芽酵母のTFIIDとSAGAは細胞の極成長に関わるRAMシグナル経路と遺伝学的に相互作用する

酿酒酵母中的 TFIID 和 SAGA 与参与极细胞生长的 RAM 信号通路存在遗传相互作用

• 发表时间: 2012
• 作者: 大山良文;和田忠士;古久保哲朗
• 通讯作者: 古久保哲朗

母性mRNAの3’非翻訳領域を標的としたアンチセンスモルフォリノオリゴによるpoly(A)鎖短小化機構の解析

使用针对母体 mRNA 3 非翻译区的反义吗啉寡核苷酸分析 Poly(A) 链缩短机制

• 作者: 渡邉清;矢部誠;古久保哲朗;矢部 誠，大山 良文，高井 直樹，古久保 哲朗;東野 綺子，雲財 悟，中山 理紗，土屋 奈穂，吉川 博文，古久保 哲朗，笠原 浩司;茂呂華奈子
• 通讯作者: 茂呂華奈子