放線菌の線状ゲノムのダイナミックな構造変化の解析

放线菌线性基因组动态结构变化分析

基本信息

批准号：
13206055
负责人：
木梨陽康
金额：
$ 4.16万
依托单位：
Hiroshima University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
财政年份：
2001
资助国家：
日本
起止时间：
2001 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13206055/
关键词：
放線菌線状染色体線状プラスミドゲノム構造ゲノム再編成

项目摘要

(1)Streptomyces griseusの線状染色体のダイナミックな構造変化の解析染色体欠失後も線状構造を維持していると思われた301-22株は、異なる欠失サイズをもつ変異株の混合物であることが分かった。単離した変異株の一つでは、両欠失末端を結んで大きなパリンドローム構造が形成され、染色体が環状化していることが明らかになった。このような構造は左右の末端逆位配列がその途中で組み換えを起こして形成されたと思われる。402-2株の線状染色体上に生じた約2Mbの逆位の接合部と親株の対応する領域をクローン化し塩基配列を決定した。塩基配列の比較から、単純に逆位が起こったのではなく、逆位に隣接してDNAの欠失をともなっていることが分かった。(2)Streptomyces coelicolor A3(2)の線状染色体とSCP1の相互作用の解析2106株では8700kbの線状染色体と360kbのSCP1の一点交差によって2つのキメラ染色体が生じたと思われた。2つのキメラ染色体の接合部の塩基配列を決定し、対応するS.coelicolor染色体及びSCP1の配列と比較して一点交差を確認した。これは線状染色体の複数化のモデルとしてたいへん興味深い。これまで解析された放線菌の線状ゲノムは全て末端逆位配列をもつ。一方、SCP1と染色体の末端配列は全く異なるので、2つのキメラDNAは末端逆位配列をもたないように思われた。1984株は、SCP1の中に染色体断片が挿入されたプラスミドSCP1'-cysB(600kb)をもつ。解析の結果、これはSCP1の左側260kbと染色体断片40kbが、後者を中心にして左右対称に折り返して形成されたプラスミドであることが明らかになった。

（1）发现分析链霉菌菌株301-22的线性染色体的动态结构变化，似乎在染色体上缺失后保持线性结构，发现它们是具有不同缺失大小的突变体的混合物。克隆菌株402-2的线性染色体上发生的大约2 MB倒置连接，并确定碱序列的相应区域。基本序列的比较表明，逆的不仅发生，而是逆伴随着与反向相邻的DNA的缺失。（2）分析菌株2106中链霉菌A3（2）的线性染色体之间的相互作用，似乎已经通过8700 kb的线性染色体和SCP1在360 kb处的单点相交产生了两个嵌合染色体。确定了两个嵌合染色体的连接体的核类序列，并与相应的腔鞘层染色体和SCP1序列相比，确认了单点交叉。作为线性染色体的多元化模型，这非常有趣。到目前为止，分析的放线菌的所有线性基因组均具有末端倒序列。另一方面，SCP1和染色体的末端序列是完全不同的，因此两个嵌合DNA似乎没有末端反向序列。 1984年菌株具有质粒SCP1'-CYSB（600KB），其中将染色体片段插入SCP1中。分析表明，这是一种质粒，是通过对称围绕后者折叠而形成的，SCP1的左侧为260 kb和40 kb的染色体片段。