放線菌の線状ゲノムのダイナミックな構造変化の解析

放线菌线性基因组动态结构变化分析

基本信息

批准号：
15013242
负责人：
木梨陽康
金额：
$ 2.75万
依托单位：
Hiroshima University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2003
资助国家：
日本
起止时间：
2003 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

(1)Streptomyces griseusの線状染色体のダイナミックな構造変化の解析今年はこれまでの成果の多くを報文としてまとめることができた。すなわちMM9株においては、線状染色体の左右のアーム置換によって異常に長い末端逆位配列(terminal inverted repeats, TIRs)が形成されたことをJ.Bacteriol.に発表した。また301-22株においては、こうしてできたlong TIRsが更に欠失し、欠失末端同士がTIR内で結合して巨大パリンドローム構造(closed racket frame structure)が形成されたことを同じくJ.Bacteriol.(印刷中)に発表した。しかし、パリンドロームの先端部のクローン化が困難であることから、その塩基配列はまだ決定できていない。402-2株の染色体逆位については、2つの逆位部位及びそれに対応する親株DNAの詳細な比較によって、逆位に比較的大きなトランスポゾン様配列(約7kb)が関与していることが明らかになった。親株ではこの配列が1コピーあるのに対して、402-2株では2コピーある。それゆえ、402-2株では2コピー目のトランスポゾンが染色体に逆向きに挿入され、初めのコピーと相同組み換えを起こして2Mbにも及ぶ染色体逆位が起こったことが推定された。(2)S.coelicolor A3(2)の線状染色体とSCP1の相互作用の解析2106株においては、線状染色体と線状プラスミドSCP1が一点交差して2つのキメラ染色体が形成されたことを報文にまとめた(投稿中)。S.coelicolor A3(2)染色体と線状プラスミドSCP1の全塩基配列が明らかになったので、それを利用してJCM4979株のSCP1プラスミドラダーの構造をほぼ推定することができた。これをhybridizationとsdquencingによって更に確認する予定である。SCP1の末端蛋白ついては、その単離とTOF-MSによる解析を試みたが、まだ同定するには至っていない。

（1）分析今年Griseus链霉菌中线性染色体的动态结构变化，我们能够总结到迄今为止报告中的许多结果。换句话说，它是在J. Bacteriol中宣布的。在MM9菌株中，异常长末端倒重复序（TIR）是通过线性染色体左侧和右侧的手臂取代形成的。此外，在301-22菌株中，它也在J. Bacteriol中宣布。（在印刷中）将如此长的TIR进一步删除，并将缺失末端组合在TIR中，形成巨大的回文结构。但是，由于很难克隆腔液的尖端，因此尚未确定其基本序列。对于菌株402-2的染色体反转，对两个反转位点及其相应的亲本DNA进行了详细比较，表明反转中涉及相对较大的类似盆地样序列（约7 kb）。在父菌株中，有一个序列的副本，而在402-2菌株中，有两个副本。因此，据推测，在402-2菌株中，转座子的第二个副本是反相插入染色体中的，从而导致与第一个副本的同源重组，从而导致染色体反演，跨越了2MB。（2）分析在2106菌株中，线性A3（2）中线性染色体和SCP1之间的相互作用，线性染色体和线性质粒SCP1越过一个点，形成了两个嵌合染色体（在POSTING中）。已经揭示了Coelicolor A3（2）染色体和线性质粒SCP1的整个核苷酸序列，并且可以在JCM4979菌株中使用它来大致推断出SCP1质粒的结构。这将通过杂交和sdquing进一步证实。 SCP1的末端蛋白是通过TOF-MS分离并分析的，但尚未鉴定出来。