放線菌の線状ゲノムの末端タンパクの解析

放线菌线性基因组末端蛋白分析

基本信息

  • 批准号:
    02J09613
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 1.66万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
  • 财政年份:
    2002
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2002 至 2004
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

放線菌は線状ゲノムをもち、そのDNA5'末端にタンパクが結合している。この末端タンパクは線状ゲノムの維持や末端DNAの複製・修復に重要であると考えられている。そこで本研究では、放線菌の末端タンパクを同定及び解析し、線状ゲノムの維持や末端DNAの複製・修復機構などの理解を目指した。放線菌において末端タンパクは単離・精製が非常に困難である。現在までにde novo protein sequencingによって解析された例は、唯一、最近になってStreptomyces rocheiのもつプラスミドpSLA2-Sのみである。S.coelicolor A3(2)のもつプラスミドSCP1は356kbあるが、その大きさ故大量回収が困難である。そこで、両末端にSCP1DNA末端断片をもつ7.9kbの線状プラスミドを人為的に作成した。このプラスミドはS.coelicolor A3(2)内で線状で存在するが、中央に位置する複製開始点が環状プラスミド由来だったため非常に不安定であり、細胞内で多コピーで存在しにくかったり、すぐに環状化してしまった。そのため、この人為的なプラスミドから末端タンパクを回収することはできなかった。そこでパルスフィールド電気泳動によってインタクトのSCP1を末端DNAと末端タンパクが結合したままの状態で大量に回収した。このDNA-protein complexからBenzonasesによってDNAを除き、SDS-PAGEによって末端タンパクと予想されるタンパクを回収し、TOF-Massで解析を試みたが、サンプル量の問題から同定には至らなかった。
接线细菌具有线性基因组,蛋白质与DNA5'端结合。该末端蛋白对于维持线性基因组以及末端DNA的复制和恢复很重要。因此,在这项研究中,鉴定并分析了电线细菌的末端蛋白质,我们旨在维持线性基因组并了解末端DNA的重复和修复机制。对于末端蛋白而言,末端蛋白很难分离和纯化。迄今为止,从头蛋白测序分析的唯一示例是最近唯一的质粒PSLA2-S,即最近的链霉菌。带有S.coelicolor A3(2)的质粒SCP1具有356KB,但由于其尺寸,很难收集大量。因此,人为创建了一个7.9kb线性质粒,其末端切开了SCP1DNA末端。该质粒存在于S. coelicolor A3(2)中,但是它非常不稳定,因为位于中心的重复起点是从环质粒得出的,并且很难在多个副本中存在。戒指。因此,不可能从这种人造质粒中收集末端蛋白。因此,脉冲场电泳大量与末端DNA和末端蛋白大量收集。除了DNA蛋白复合物中的DNA外,收集了预计将是SDS-PAGE的末端蛋白质的蛋白质,并试图用TOF-MAS进行分析,但由于样本问题而未能鉴定出来。

项目成果

期刊论文数量(5)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Kohei Goshi: "Coloning and analysis of the telomere and terminal inverted repeat of linear chromosome of Streptomyces griseus"Journal of bacteriology. 184. 3411-3415 (2002)
Kohei Goshi:“灰色链霉菌线性染色体端粒和末端倒转重复序列的克隆和分析”细菌学杂志。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Masayuki Yamasaki: "Limited regions of homology between linear and circular plasmids encoding Methylenomycin biosynthesis in two independently isolated streptomycetes"microbiology. 149(in press). (2003)
Masayuki Yamasaki:“在两种独立分离的链霉菌中编码甲霉素生物合成的线性和环状质粒之间的同源性有限区域”微生物学。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Masayuki Yamasaki: "Limited regions of homology between linear and circular plasmids encoding methylenomycin biosynthesis in two independently isolated streptomyces."Microbiology. 149・5. 1351-1356 (2003)
Masayuki Yamasaki:“在两种独立分离的链霉菌中编码亚甲霉素生物合成的线性和环状质粒之间的同源性有限。”微生物学149·5(2003)。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Kohei Goshi: "Cloning and Analysis of the Telomere and Terminal Inverted Repeat o f the Linear Chromosome of Streptomyces griseus."Journal of Bacteriology. 184・12. 3411-3415 (2002)
Kohei Goshi:“灰色链霉菌线性染色体端粒和末端倒转重复的克隆和分析”。细菌学杂志 184・12 3411-3415(2002)。
  • DOI:
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    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
S.D.Bentley: "SCP1, a 356,023 base pair linear plasmid adapted to the ecology and developmental biology of its host, Streptomyces coelicolor A3(2)."Molecular Microbiology. (発表予定).
S.D. Bentley:“SCP1,一种 356,023 个碱基对的线性质粒,适应其宿主天蓝色链霉菌 A3(2) 的生态学和发育生物学。”分子微生物学(待出版)。
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  • DOI:
  • 发表时间:
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  • 作者:
    塩飽 邦憲;春木 宥子;間瀬田 あい子;山崎 雅之;岩本 麻実子;嘉数 直樹;吉川 徹;中島 雪夫;町泉寿郎
  • 通讯作者:
    町泉寿郎

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