放線菌の線状ゲノムのダイナミックな構造変化の解析

放线菌线性基因组动态结构变化分析

• 批准号: 16013235
• 负责人: 木梨 陽康
• 金额: $ 4.1万
• 依托单位: Hiroshima University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16013235/
• 关键词: 放線菌; 線状染色体; 線状プラスミド; ゲノム再編成; 染色体逆位; トランスポゾン; compatibility

(1)Streptomyces griseusの線状染色体のダイナミックな構造変化の解析これまでの解析によって、Streptomyces griseus 402-2株の線状染色体の中央部には約2.5Mbにもわたる逆位が起きていることが明らかになっている。この逆位の両末端及び親株2247の対応する染色体領域を比較解析した結果、親株2247は約6kbのトランスポゾンを1コピーもつのに対して、402-2株は2コピーもつことが明らかになった。これらのデータから、親株染色体のトランスポゾンから約2.5Mb離れたところに2番目のコピーが逆向きに転移した仮想中間体が初めに生じた後、2つのトランスポゾン間で相同組み換えが起きて402-2株が生成したことが推定された。これを更に確認しトランスポゾンの性質を明らかにするために、subcloningと塩基配列の決定を行っているところである。(2)線状プラスミドの末端蛋白及び相互作用の解析Streptomyces violaceoruber JCM4979株は大きさが約35kbずつ異なる390-630kbの一連の線状プラスミドをもつ。これらのプラスミドは、線状プラスミドSCP1(356kb)に環状プラスミドSCP2(31.4kb)が異なるコピー数組み込まれて生じたものと初めは推定されたが、プラスミドの大きさの違いがSCP2のサイズと完全に一致していなかった。最近、Chaterや私たちはSCP1の全塩・基配列を決定し、またSCP2の全塩基配列もAltenbuchnerらによって明らかにされた。プラスミドラダー中のSCP1-SCP2接合部の塩基配列とこれらのデータとの比較から、stability regionが欠失したSCP2 DNAとトランスポゾンTn5714を含む染色体領域が隣り合わせで増幅単位となって、これが異なるコピー数SCP1に挿入されて一連のプラスミドが生成したことが推定された。このよう極めて類似し、同じ複製開始点をもつ複数のプラスミドが同一細胞内で安定的に維持されることはたいへん興味深く、その原因を明らかにしようとしているところである。

(1)灰色链霉菌线性染色体的动态结构变化分析 先前的分析表明，灰色链霉菌402-2菌株的线性染色体中心发生了约2.5Mb的倒位。对该倒转两端与亲本菌株2247相应染色体区域的比较分析表明，亲本菌株2247有一个大约6kb转座子的拷贝，而菌株402-2有两个拷贝。这些数据表明，首先生成了假设的中间体，其中第二个拷贝以相反方向转移，距离亲本染色体中的转座子约2.5Mb，然后两个转座子之间发生同源重组，产生402-2It。估计产生了应变。为了进一步证实这一点并阐明转座子的性质，我们目前正在进行亚克隆和核苷酸序列测定。 (2)末端蛋白和线性质粒相互作用的分析紫色链霉菌菌株JCM4979具有一系列大小范围为390至630kb的线性质粒，每个线性质粒的大小相差约35kb。最初假设这些质粒是通过将不同拷贝数的环状质粒SCP2（31.4 kb）整合到线性质粒SCP1（356 kb）中而产生的，但质粒大小的差异与SCP2的大小完全不同。不匹配。最近，Chater等人确定了SCP1的完整碱基序列，而Altenbuchner等人也揭示了SCP2的完整碱基序列。将质粒梯中 SCP1-SCP2 连接处的核苷酸序列与这些数据进行比较，发现删除了稳定区域的 SCP2 DNA 与含有转座子 Tn5714 的染色体区域彼此相邻，并形成一个扩增单元，从而导致推测SCP1的不同拷贝数是通过插入而产生的。非常有趣的是，多个极其相似且具有相同复制起点的质粒稳定地维持在同一细胞内，我们目前正在试图阐明其原因。

项目成果

Cyclization mechanism for the synthesis of macrocyclic antibiotics lankacidin in Streptomyces rochei

罗氏链霉菌合成大环抗生素兰卡西丁的环化机制

• 发表时间: 2005
• 期刊: Chemistry and Biology 12
• 作者: Arakawa;K.;Sugino;F.;Kodama;K.;Ishii;T.;Kinashi;H.
• 通讯作者: H.

Two chimeric chromosomes of Streptomyces coelicolor A3(2) generated by single crossover of the wild-type chromosome and linear plasmid SCP1

• DOI: 10.1128/jb.186.19.6553-6559.2004
• 发表时间: 2004-10-01
• 期刊: JOURNAL OF BACTERIOLOGY
• 影响因子: 3.2
• 作者: Yamasaki, M;Kinashi, H
• 通讯作者: Kinashi, H

遺伝子破壊による抗生物質生産微生物の生産方注およびこれを用いて得られる抗生物質生産微生物、並びに抗生物質代謝中間体の生産方法

通过基因破坏生产抗生素生产微生物的方法、使用该方法获得的抗生素生产微生物以及生产抗生素代谢中间体的方法

• 发表时间: 2005

ミニレビュー,放線菌の潜在機能研究の新展開,はじめに

小综述，放线菌潜在功能研究新进展，引言

• 发表时间: 2004
• 期刊: 日本農芸化学会誌 78
• 作者: Yamasaki;M.;Kinashi;H.;木梨陽康
• 通讯作者: 木梨陽康

ミニレビュー,放線菌の潜在機能研究の新展開,放射菌のゲノム構造と生物機能の多様性

小综述，放线菌潜在功能研究新进展，放线菌基因组结构多样性及生物学功能

• 发表时间: 2004
• 期刊: 日本農芸化学会誌 78
• 作者: Yamasaki;M.;Kinashi;H.;木梨陽康;木梨陽康
• 通讯作者: 木梨陽康