RNA-ペプチド複合体を介した配列情報の伝達

通过 RNA-肽复合物传输序列信息

基本信息

批准号：
12029209
负责人：
原田和雄
金额：
$ 1.41万
依托单位：
Tokyo Gakugei University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
财政年份：
2000
资助国家：
日本
起止时间：
2000 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究では、RNA-ペプチド間の形の相補性に基づいた配列情報の伝達が可能ではないかと考え、ペプチド鋳型上での特定のRNA配列の会合・縮合反応を試みた。モデル反応構築の枠組みとして、ヒト免疫不全症ウイルス(HIV)RevタンパクのRNA結合ドメインに相当する短いペプチド(Revペプチド)、および、Revの結合相手であるRev-responsive element(RRE)との複合体を用いた。また、Revペプチドよりも強くRREと結合する人工ペプチド(RSG-1.2)について検討した。まず、RREをいくつかの特定の位置で切断した形のRNA断片を調製し、ゲル・シフト法によりこれらのRNA断片のRevおよびRSG-1.2との複合体形成を調べたところ、RSG-1.2の場合のみその形成が確認できた。そこで、RSG-1.2ペプチド存在下でのRNA断片の縮合反応を化学縮合剤EDACを用いて行ったところ、期待されたペプチドによる縮合反応の促進は見られなかった。次に、二つのRNA断片を繋ぎ止めているステム領域の相補性を無くすことにより、ペプチドが存在しない時の反応の効率が著しく低下し、その結果、反応の特異性(ペプチドの有無における反応の効率の割合)が向上した。現在、より大きなペプチドによる縮合反応の促進効果が見られるよう、基質のデザインの改良を行っている。具体的には、ダンベル型RREをステム領域を残した形で、2ケ所で切断した基質の縮合反応について検討している。また、牛免疫不全症ウイルス(BIV)TARRNAとBIV Tatペプチドとの複合体をモデルとした反応についても検討している。さらに、RNA上のどの位置でのカップリングが可能であるか明らかにするため、circular permutation analysisを行ない、ペプチドとの結合に影響しないRNA上の切断位置を解析している。

在这项研究中，我们认为可以根据RNA和肽之间形式的互补性传输序列信息，并试图在肽模板上关联和凝结特定的RNA序列。作为模型反应构建的框架，使用了与人免疫缺陷病毒（HIV）REV蛋白的RNA结合结构域以及Rev反应元件（RRE）的复合物的复合物。我们还研究了一种人工肽（RSG-1.2），该肽比REV肽更强烈地结合RRE。首先，制备了RNA片段，其中将RRE在几个特定位置上裂解，并且当这些RNA片段与REV和RSG-1.2的复合形成通过凝胶转移检查时，仅在RSG-1.2的情况下才确认RNA片段的形成。因此，当使用化学冷凝剂EDAC在RSG-1.2肽存在的情况下进行RNA片段缩合反应时，未发现肽对肽的凝结反应促进。接下来，通过消除连接两个RNA片段的茎区域的互补性，在没有肽的情况下反应的效率显着降低，从而提高了反应的特异性（在存在或不存在肽的情况下反应效率的百分比）。目前，正在改进底物的设计，以促进较大肽的冷凝反应。具体而言，我们正在研究在茎区域中剩余的哑铃形RRE在两个位置切割的底物的缩合反应。我们还研究了基于牛免疫缺陷病毒（BIV）Tarrna和BIV Tat肽之间的复合物的反应。此外，为了确定RNA上的偶联，进行了循环置换分析，以分析RNA上不影响与肽结合的RNA上的裂解位置。