がん遺伝子のコンピュ-タ解析と機能及び進化の推定

癌症基因的计算机分析以及功能和进化的估计

基本信息

批准号：
02151042
负责人：
宮田隆
金额：
$ 7.04万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Cancer Research
财政年份：
1990
资助国家：
日本
起止时间：
1990 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-02151042/
关键词：
遺伝子族分子系統樹ホモロジ-探査がん遺伝子 AIDSウイルス進化

项目摘要

(1)src族、ras族、Gタンパク質族、GーProteinーCoupled Receptor族などのがん関連遺伝子族のメンバ-を整理・分類し、そこから新しい、機能、構造、進化に関する情報を得る目的で、それぞれの遺伝子族について、メンバ-の分子系統樹を推定した。その結果、以下のことが明らかになった:(イ)推定された系統樹上、異なる機能を持つメンバ-は異なるクラスタ-(系統樹における枝のかたまり)に属する。(ロ)異なるクラスタ-は脊椎動物と無脊椎動物の分岐を目安に、客観的に区別出来る。(ハ)同一機能を持ち、異なる組織で特異的に発現しているメンバ-は同一クラスタ-に族する。これらの結果は以下の点について、新しい情報となると期待される。(i)分子系統樹から機能の推定が可能となる。最近既知遺伝子族メンバ-のコンセンサス配列をプロ-ブにして、PCR法で新しいメンバ-を単離する方法がさかんに行なわれているが、新たに単離されたメンバ-が分子系統樹上、どのクラスタ-に属するか、で機能の推定が出来る。(ii)こうした解析から、分子進化学上の重要なテ-マである「表現形レベルの進化と分子進化の関係」を解明する糸口が得られるものと期待される。(2)既存の分子系統樹推定法より高い精度を持ち、かつ推定された系統樹の信頼性を定量的にチェックし得る新しい方法の開発に成功した。(3)新しい遺伝子族メンバ-を同定するための新しいコンピュ-タ法を開発した:メンバ-のアラインメントから、保存領域のアミノ酸頻度を算出し、この情報をもとに相同な配列をデ-タベ-ス中に探査すると、従来の方法より高い感度で相同な配列が検出出来る。(4)種々のヒト及びサルのAIDSウイルスを分子系統樹を利用して系統分類した結果、HIVの起源に関する推定を行なうことができた。

（1）组织和分类与癌症相关的遗传部落的成员，例如SRC，RAS，G蛋白，G蛋白相关的受体，并从中获得有关新功能，结构和进化的信息每个基因部落，我们估计了分子树。结果，已经揭示了以下内容：（a）在估计的系统树上具有不同功能的成员属于不同的群集（系统树中的分支分支）。（b）客观地将不同的集群与脊椎动物和无脊椎动物之间的分支区分开。（c）具有相同功能并且在不同组织中特定表达的成员是同一群集的强制性。这些结果预计将是以下几点的新信息。（i）可以从分子树中估算该功能。最近，成员成员成员成员的共识顺序已被用作专业人员，以及隔离新成员的方法 - 新成员 - 但新隔离的成员 - 是一个分子系统树。（ii）从这些分析中，可以预期阐明“表达型进化与分子进化之间的关系”的线索，这在分子进化科学中很重要。（2）成功开发了一种比现有分子系统树估计方法更高准确性的新方法，并且可以定量检查估计的全身树可靠性。（3）开发了一种新的计算方法来识别一个新的基因成员 - 根据成员的比对计算存储区域的氨基酸频率，并基于此信息 - 如果您在SU期间探索，则可以检测到数组比常规方法更高的灵敏度。（4）由于使用分子系统树对各种人和猴子进行全身分类，可以估计HIV的起源。