がん遺伝子のコンピュータ解析と機能及び進化の推定

癌症基因的计算机分析以及功能和进化的估计

基本信息

批准号：
63010048
负责人：
宮田隆
金额：
$ 7.04万
依托单位：
Kyushu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Cancer Research
财政年份：
1988
资助国家：
日本
起止时间：
1988 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

1)DNA及びタンパク質のデータベースの拡充が続行され、総数1600種の配列がコンピュータファイルに入力された。入力ミスを防止するため同一の配列を二度入力してチェックしたので、このデーターベースは正確度の点で良質である。また最近報告されたデータを中心に入力しているため、Gen Bank及びNBRFデーターベースの補充にもなっている。2)最近src・rasなどのがん遺伝子に相同な配列を持つ遺伝子が多数同定され、多数のメンバーから成る遺伝子族が形成されていることが明らかになった。これらの遺伝子族を整理・分類し、新しい情報を得る目的で、分子系統樹法に基づくがん遺伝子族の解析を試みた。その結果、類似の機能を持つメンバーは系統樹の上でクラスターを組むことが明らかになった。この結果は分子系統樹が機能の分類に役立つこと、および系統樹から機能の推定が可能であることを示唆している。特にras族を含むGTP-結合たんぱく質(G-protein)族について詳細な解析を行った結果、G-protein族は機能的に異なる7つのsubfamilyに分類でき、それぞれ原核生物と真核生物の分岐以前に遺伝子重複によって機能分化したことが明らかになった。このことは各subfamilyに属する遺伝子が少なくとも1つ原核生物に存在することを示唆する。大腸菌で同定されているras(era)は哺乳類のrasに対応しないこと、また各subfamilyに特異的保存配列が決定出来た、など今後の実験に有用な情報が分子系統樹に基づく解析から得られた。3)分子系統樹の有益性が確認できたが、より精度の高い系統樹作成法の開発も同時に進められた。開発された系統樹作成法の最大の特徴は、推定した系統樹の信頼性が確率で定量的に判定できる点にある。4)HlVをはじめ、がん関連ウイルスの表面抗原を推定するためのコンピュータ法の開発が試みられた。この方法は表面抗原のアミノ酸置換えバターンの解析に基づいた方法であり、HlVに応用された。

1）DNA和蛋白质的数据库继续继续，并在计算机文件中输入了1600个序列。该数据库在准确性方面很好，因为输入了两次相同的序列以防止输入错误。此外，由于输入了最近报道的数据，因此它还补充了Gen Bank和NBRF数据库。 2）最近，已经确定了许多具有一系列癌症基因的基因，例如SRC和RAS，并且已经揭示了由许多成员组成的基因部落。为了组织和分类这些基因部落并获得新信息，我们试图根据分子Systy树法分析癌症基因部落。结果，揭示了具有相似功能的成员会在系列树上形成群集。该结果表明分子树对功能分类有用，并且可以从系统中估算功能。特别是，由于包含RAS部落的GTP结合蛋白（G蛋白）部落的详细分析，G蛋白部落可以分为七个亚家族，每个子家族都在原发性和e BRAINC很明显该功能通过遗传复制起作用。这表明原始生物中至少存在一个属于亚科的基因。 RAS（ERA）由大肠杆菌鉴定出来，不支持哺乳动物Ras，并且每个亚科都有一个特定的保留序列，这对于将来的实验很有用，可以基于分子系统树来获得。 3）尽管确认了分子树的益处，但也促进了更准确的系统树创造方法的发展。开发的系统树创建方法的最大特征是可以用概率定量确定估计的系统树的可靠性。 4）开发计算机方法以估计包括HLV在内的癌症相关病毒的表面抗原。该方法基于对表面抗原的氨基酸替代BATAN的分析，并应用于HLV。