がん遺伝子のコンピュータ解析と機能及び進化の推定

癌症基因的计算机分析以及功能和进化的估计

基本信息

批准号：
01010044
负责人：
宮田隆
金额：
$ 7.81万
依托单位：
Kyushu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Cancer Research
财政年份：
1989
资助国家：
日本
起止时间：
1989 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

(1)昨年度に引き続き、タンパク質配列のデータベースの拡充が計られ、総計約2500程のタンパク質がコンピュータファイルに格納された。これらの配列は主に最近発表されたデータであること、および入力ミスを防ぐため、2度づつ入力され、チェックされている、などが特徴であり、NBRFのデータベースに結合して、ホモロジー探査に利用された。(2)ホモロジー探査のためのコンピュータ法には、広い領域のホモロジーを検出するドットマトリックス法と、強く保存された数アミノ酸の配列(モチーフ)をデータベース中に探査する、局所探査法があるが、後者の方法がほぼ実用段階に入った。この方法は高速でデータが処理出来ることから、将来データベース中の配列の増加にも対応出来る。この方法を応用して、サイトメガロウイルス中にG-protein-coupledセプター(ロドプシン)族と相同な配列を2つ見つけることに成功した。さらにマラリアの抗原にDNA結合タンパク質と相同な配列を見い出した。(3)新しい分子系統樹の推定法が開発され、実用化した。この方法は既存の系統樹推定法中、最も信頼度の高い最尤法を、タンパク質配列データへも応用出来るように改良したものである。(4)src族に見られるように、最近多数の遺伝子間にホモロジーが検出されている。こうした遺伝子族を整理・分類し、そこから新しい情報を得るために、分子系統樹による分類を試みてきた。src族、ras族に加え、今年度は特にシグナル伝達系に関与する遺伝子族、すなわちロドプシン族、Gータンパク質族、イオンポンプ(ATPase)族、イオンチャネル族、ニコチン性アセチルコリンレセプター族の分子系統樹が解析され、遺伝子重複による機能的分化は脊椎/無脊椎動物の分岐前に起こり、その後各系統で独立に組織あるいは細胞特異的に発現する遺伝子の分化が起こる、ことが明らかになった。この結果は、機能の推定に利用出来るものと期待される。

（1）从去年开始，扩展了蛋白质序列的数据库，并将约2500种蛋白质存储在计算机文件中。这些阵列主要发表，并以输入为特征，并检查两次以防止输入错误，并将其粘合到NBRF数据库并使用。（2）同源探索的计算机方法包括一种局部探索方法，该方法探索了DOT矩阵方法，该方法检测到广泛的区域中的同源性，并在数据库中探索了强烈存储的氨基酸序列（主题）。实用阶段。该方法可以高速处理并可以处理数据，因此它也可以响应将来数据库中阵列的增加。使用这种方法，我们成功地从现场Megalo病毒期间从G蛋白偶联（Rodopsin）部落中找到了两种布置。此外，我们在疟疾抗原中发现了DNA键蛋白的一项。（3）开发了新分子树的估计并将其用于实际用途。此方法已得到改进，以便可以将最可靠的最大似然方法应用于现有系统树估计方法中的蛋白质序列数据。（4）如SRC中所见，最近在许多基因中检测到同源性。为了组织和分类这些遗传部落并从中获得新信息，我们尝试通过分子树进行分类。除SRC和RAS人士外，今年，特别是在信号系统中涉及的生殖器中，Rodopsin，G -Tampa Pak，Aeon Pumps，Aeon通道，Nicotine acetylcolin受体，分子系统，很明显，基因重复引起的功能分化发生在脊柱/无脊椎动物的分支之前，然后在每个系统中独立或细胞特异性的基因分化。预计该结果将可用来估计功能。