全長cDNAとChIPを用いた熱帯熱マラリア原虫の転写因子と結合塩基配列の解析

使用全长 cDNA 和 ChIP 分析恶性疟原虫转录因子和结合碱基序列

基本信息

批准号：
16013213
负责人：
渡辺純一
金额：
$ 4.48万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16013213/
关键词：
マラリア原虫転写因子発現制御

项目摘要

我々は、熱帯熱マラリア原虫(Plasmodium falciparum)の転写因子の解析を行う目的で、原虫のTATA binding protein(TBP)に対するペプチド抗体を作成し、それを用いて、赤内型培養原虫からChIP(chromatin immunoprecipitation)によって結合塩基配列をプルダウンし、多数のTBP結合配列の網羅的シークエンス決定を計画した。マラリア原虫のTBPは、ヒトなどのTBPを相同性が30%と低く、これまでに、ペプチド抗体の作製に成功した。しかし、ChIPが難航し、種々の条件検討を行った末、年度末にようやく実験条件の設定が可能となった。なお、同時期に、比較生物学的アプローチによって転写因子の結合配列を解明する目的で、マラリア原虫と近縁のトキソプラズマ原虫(Toxoplasma gondii)のタキゾイト原虫を材料として、オリゴキャップ法によって全長cDNAライブラリを作製した。多数の5'端シークエンスを決定し、トキソプラズマ原虫のゲノムシークエンスと比較、転写開始点の位置を示すデータベースを作成した(http://fullmal.ims.u-tokyo.ac.jp)。マラリア原虫は、AT比が80%であるのに対し、トキソプラズマ原虫では、35%と低い。この両者の転写開始点付近の塩基配列の比較は、共通する転写開始点結合配列の発見につながる貴重なデータになるものと期待された。

我们创建了用于分析热带热疟疾（疟原虫）的转录因子的主要昆虫TATA结合蛋白（TBP）的肽抗体，并将其用于从红色-in -in -In -type培养物中的芯片。结合碱基序列以对许多TBP结合序列进行综合序列确定。疟疾原生动物TBP对人类等TBP的同源性较低，并成功地产生了肽抗体。但是，芯片很困难，在检查了各种条件之后，最终可以在年底设置实验条件。同时，为了通过比较生物学方法阐明转录因子的合并序列，基于托克斯帕氏菌（Toxoplasma gondii（Toxoplasma gondii）的出租车原生动物）的寡核cap方法的寡核cap，这些方法接近疟疾和Oligo Cap方法。 A large 5-end sequence has been determined, and a database has been created (http://fullmal.ims.u-tokyo.ac.jp) compared to the genomic sequence of Toxoplasma raw insects and the position of the transfer starting point （http://fullmal.ims.u-tokyo.ac.jp）。疟疾原生动物高达80％，而弓形虫生蠕虫为35％。预计两者传递点附近的基本序列的比较是导致发现共同传递起始点结合序列的有价值数据。