データ並列論理言語によるゲノム情報データベースシステムの開発

使用数据并行逻辑语言开发基因组信息数据库系统

基本信息

批准号：
05254209
负责人：
松田秀雄
金额：
$ 1.28万
依托单位：
Kobe University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
1993
资助国家：
日本
起止时间：
1993 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-05254209/
关键词：
データベース論理型言語並列処理ゲノム情報処理

项目摘要

組換えDNA技術を初めとするバイオテクノロジのめざましい発展により,あらゆる生物のゲノムに関する情報が,GenBank,EMBL,DDBJ,PIR等により,急速に蓄積されつつある.しかし,これらのデータベースではゲノム情報はユーザには平坦なテキスト・データの形式で提供され,しかもその形式は統一されておらずデータベースごとに異なっていた.また,検索機能も配列データの相同性サーチなどに限定されていた.そこで,本研究では,以下の手順でゲノム情報データベースシステムの開発を行なった.1.データ並列論理型言語を設計し,その処理系をイーサネットで結合されたワークステーション・クラスタ上での実現.2.1.の言語を使って,各種のデータベースの情報を統合化したゲノム情報データベースシステムの開発.論理型言語は,述語論理に基礎を置く高度の記述能力を有しており,これを使って,オブジェクト指向のアプローチによりデータ表現の問題を解決した.さらに,膨大な容量を持つゲノム情報に対応するため,データ主体の並列処理方式であるデータ並列処理を論理型言語に導入することにより検索効率の向上を目指した.データ並列論理型言語の処理系の実現では,以前に開発したOR並列Prolog処理系を用いた.開発されたデータベースシステムにより,相同性サーチを行なったところ,大幅な処理時間の短縮が得られ,その有効性が示された.今後は,さらに多くの解析ツールを組み込んで,データベースと統合することにより,検索と解析の一体化したより高度なデータベースシステムの開発を目指していく.

随着生物技术的显着发展，包括重组DNA技术，有关所有生物体的基因组的信息正在通过GenBank，EMBL，DDBJ，PIR等迅速积累。但是，在这些数据库中，基因组信息以平面数据的形式向用户提供，并且格式并不均匀和不同的数据库。此外，搜索功能仅限于序列数据的同源搜索。因此，在这项研究中，我们使用以下过程开发了一个基因组信息数据库系统：1。设计数据并行逻辑语言，并在处理系统集群中与以太网结合的工作站群集中实现它。 2.1。基因组信息数据库，该数据库使用2.1的语言整合来自各个数据库的信息。のです。英语：S-Systems的开发。逻辑语言具有基于谓词逻辑的较高的写作能力，使用此问题，使用以对象为导向的方法解决了数据表示问题。此外，为了适应具有巨大能力的基因组信息，我们旨在通过引入数据并行处理（一种数据主体的并行处理方法）来提高搜索效率，这是数据主体的并行处理方法。在实现数据并行逻辑语言处理系统时，我们使用了先前开发或并行的序言处理系统。开发的数据库系统用于执行同源性搜索，该搜索大大缩短了处理时间，并显示了其有效性。将来，我们将合并更多的分析工具，并将它们与数据库集成在一起，以开发更高级的数据库系统，以集成搜索和分析。