異分野科学データベースからの大量情報統合技術の開発

开发整合跨学科科学数据库中的大量信息的技术

• 批准号: 18049053
• 负责人: 松田 秀雄
• 金额: $ 2.24万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18049053/
• 关键词: データグリッド; 情報検索; 情報システム; 大規模ファイルシステム; 異種データベース

いくつかの科学の分野で、データの激烈な増大と多様化により、その解析に極めて多くの計算時間や記憶領域などの資源が費やされていることから、本研究では、データの急激な増大に耐えうるスケーラブルなデータ処理基盤を構築することを目的として、広域に分散した多数のデータ資源を一箇所にデータを転送して集約するのではなく、そのままの位置において仮想的に統合された共有ファイルシステムとしてまとめることで、アクセスできる方式を開発した。本方式では、ファイルはグリッド上でグローバルな名前での管理が可能なファイルシステムに格納している。さらに、データアクセスのパターンに応じて、複数のデータベースにまたがるワークフローを作成し、ワークフローをもとにデータ解析を行うことで、従来のWeb上でのデータベース検索インターフェースでは困難だった、多数のデータベースにまたがるデータアクセスのワークフローをベースとした、データ解析処理の方式を開発した。データベース間の、データの表現形式や用語の違いなどは、個別のデータベースごとにデータの持つ意味情報を格納したメタデータで管理し、このメタデータにより複数のデータベースにまたがる半自動的なデータの関連付けを行った。以上の方式に基づくシステムを開発し、公開されているWebサービスを使って実際に情報統合を行ったところ、特に大量のデータ転送を必要とするワークフローにおいて、個別にWebサービスを呼び出して結果を集約する従来の方式と比べて、全体のデータ転送量の削減と処理時間の短縮が見られ、本方式の有効性が確認できた。

在这项研究中，由于数据的强烈增加和多样化，数据在科学领域迅速增加，这是其分析中的大量计算时间和记忆领域。可以承受的基础架构，在广泛区域中分发的大量数据资源并未在一个地方转移和合并，但实际上是在同一位置集成的。 。在此方法中，该文件存储在可以在网格上使用全局名称管理的文件系统中。此外，通过创建一个跨越多个数据库的工作流程，并基于数据访问模式分析数据，对于传统网络上的许多数据库搜索接口很困难。数据访问。数据库，数据表达式格式和术语等方面的差异，管理每个数据库的数据的含义信息，并且该元数据与跨多个数据库的半职业数据相关联。当我们根据上述方法开发系统，并使用已发布的Web服务实际集成了信息时，我们将单独的Web服务在需要大量数据传输的工作流程中分别调用。并减少了处理时间，并确认了该方法的有效性。

项目成果

Inference of Transcriptional Regulatory Networks using CAGE Transcriptome Dataset of Mus musculus

使用小家鼠 CAGE 转录组数据集推断转录调控网络

• 发表时间: 2006
• 期刊: Proceedings of World Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering (CD-ROM)
• 作者: K.Taki;Y.Takenaka;H.Matsuda
• 通讯作者: H.Matsuda

遺伝子発現プロファイルを用いた遺伝子制御ネットワーク推定のためのバイクラスタリングの応用

使用基因表达谱估计基因调控网络双聚类的应用

• 发表时间: 2006
• 期刊: 情報処理学会論文誌 : 数理モデル化と応用 47・15
• 作者: 瀧浩平;竹中要一;松田秀雄
• 通讯作者: 松田秀雄

A Method for Exploring Tissue-Specific Functions based on Information Content of Gene Ontology Terms using CAGE Tags

使用CAGE标签基于基因本体术语信息内容探索组织特异性功能的方法

• 发表时间: 2006
• 期刊: Proceedings of World Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering (CD-ROM)
• 作者: S.Maekawa;A.Matsumoto;Y.Takenaka;H.Matsuda
• 通讯作者: H.Matsuda

Extraction of Functionally Similar Bioinformatics Workflows

功能相似的生物信息学工作流程的提取

• 发表时间: 2006
• 期刊: Proceedings of International Workshop on Dstibute Applications, Web Services, Tools and GRID Infrastructures for Bioinformatics 6
• 作者: J.Seo;S.Seno;Y.Takenaka;H.Matsuda
• 通讯作者: H.Matsuda

Retrieving functionally similar bioinformatics workflows using TF-IDF filtering

使用 TF-IDF 过滤检索功能相似的生物信息学工作流程

• 发表时间: 2007
• 期刊: IPSJ Transactions on Bioinformatics 48 (SIG5)
• 作者: Seo;J.;(Matsuda;H.)
• 通讯作者: H.)