ゲノムレベルでの遺伝子機能情報の統合化

在基因组水平整合基因功能信息

基本信息

批准号：
13208013
负责人：
松田秀雄
金额：
$ 20.74万
依托单位：
Osaka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2001
资助国家：
日本
起止时间：
2001 至 2004
项目状态：
已结题

项目摘要

今年度は、次の研究を行った。・従来の遺伝子の機能注釈付けでは、その多くがデータベースの相同性検索やHMMなどで表現されたモチーフのサーチなど、データベース中の個々のデータとの1対1の個別比較の結果に基づいていたため、得られたスコアが有意かそうでないかの判定が困難であった。そこで、本研究では、ゲノムレベルで遺伝子機能情報を統合化するため、まず配列データ全体を相同性に基づくクラスタリングによりクラスタに分類し、各クラスタから相互の相同性のもとになっている領域をグラフ理論に基づく方法で探索した後、既存のデータベースにモチーフとして登録されているものを除くことで、新規モチーフを求めた。同じモチーフを持つ配列同士を同じファミリと見なすことにより、機能注釈付けをファミリ全体で行うことができる。理研ゲノム科学総合研究センターにて配列決定されたマウス完全長cDNA配列(配列数約60,000個)に本手法を適用した結果、16個の新規モチーフが得られ、そのうちの10個については機能注釈付けに使えることがわかった。・理研ゲノム科学総合研究センターにて作製されたマウスcDNAマイクロアレイ(cDNA数約40,000個)により得られた、マウスの種々の発生時期や臓器での遺伝子の発現データのデータベースを開発するとともに、発現データのクラスタリングにより種々の発生時期や臓器特異性、代謝パスウェイに関与している一群の遺伝子を明らかにした。

今年，我们进行了以下研究。・在传统的基因功能注释中，其中许多是基于与数据库中的单个数据进行比较的结果，例如数据库的同源搜索以及对HMM代表的搜索确定分数是否显着。因此，在这项研究中，为了在基因组水平上整合遗传功能信息，首先将整个数组数据基于同源性分类，并且每个群集下方的区域基于互连。基于图理论的基于基于图理论的方法，寻求了一个新的主题，不包括在现有数据库中注册为主题的方法。通过考虑具有与同一家族相同的主题的安排，可以在整个家庭中执行功能注释。由于将此方法应用于Riken Genome Science Research Center确定的小鼠完整长度cDNA序列（约60,000个阵列），因此获得了16个新基序，其中添加了其中10个。它可以使用。・在Riken Genome Science Research Center中创建的小鼠cDNA微层（约40,000个cDNA）获得的各种小鼠的数据库和基因表达数据。穿过。