Target resequencing of SETD1A, a strong candidate gene for schizophrenia with exome-wide significance, using the next generation sequencer

使用下一代测序仪对 SETD1A（具有全外显子组意义的精神分裂症强候选基因）进行靶向重测序

基本信息

批准号：
15H06867
负责人：
高田篤
金额：
$ 1万
依托单位：
Institute of Physical and Chemical Research
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
财政年份：
2015
资助国家：
日本
起止时间：
2015-08-28 至 2016-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-15H06867/
关键词：
統合失調症デノボ変異クロマチン

项目摘要

Molecular inversion probeを用いて、ゲノム中のターゲット領域を濃縮するためのプロトコルについて検討を行った後、日本人統合失調症ケースコントロールサンプルを用いて、SETD1Aのターゲットシーケンシングを行っている。現在までに約2,000サンプルからデータを取得しており、現在データ解析を進めている。その中で、先行論文（Takata et al., Neuron 2014）で報告したスプライスサイト変異（c.4582-2_4582-1 del2）と、全く同一の変異を有する症例を一人同定した。この変異については、最近の報告（Singh et al., Nature Neuroscience 2016）でも複数の患者で同定されており、そのアレル頻度が極めて低いことを鑑みると、人種を超えて生じるRecurrent de novo mutationである可能性が高いと考えられる。また健常対象者では、現在までに機能喪失型の変異を認めていない。c.4582-2_4582-1 del2変異を有する症例の追跡は、Informed consentの内容から行うことができなかったため、De novo変異であることを確認するための両親のゲノムを用いた解析等は行うことができていない。平成28年度の本研究に対する科研費は、他の研究計画の採択にともなって返上予定であるが、理化学研究所のチーム研究費などを用いて、研究の完遂を目指したい。

在研究了使用分子倒置探针富集基因组中目标区域的方案后，我们正在使用日本精神分裂症病例对照样本对 SETD1A 进行靶向测序。迄今为止，已经从大约2000个样本中获得了数据，目前正在进行数据分析。其中，我们鉴定出一例具有剪接位点突变（c.4582-2_4582-1 del2），该突变与之前论文（Takata et al.）报道的剪接位点突变（c.4582-2_4582-1 del2）完全相同。等人，神经元 2014）。最近的一份报告（Singh 等人，Nature Neuroscience 2016）在多个患者中发现了这种突变，考虑到其等位基因频率极低，它是一种跨种族发生的复发性从头突变。高可能性。此外，迄今为止，在健康受试者中尚未观察到功能丧失突变。 c.4582-2_4582-1 由于知情同意的内容，无法追踪 del2 突变的病例，因此尚未完成使用父母基因组来确认其是否为新生突变的分析。。虽然2016财年这项研究的科学研究补助金计划在通过另一个研究计划时退还，但我们希望利用RIKEN的团队研究资金来完成这项研究。