A simple sequencing system of complete chloroplast genome using long PCR and NGS in coniferous species

在针叶树种中使用长 PCR 和 NGS 的完整叶绿体基因组的简单测序系统

• 批准号: 25660124
• 负责人: SHIRAISHI Susumu
• 金额: $ 2.5万
• 依托单位: Kyushu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• 财政年份: 2013
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2013-04-01 至 2014-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-25660124/
• 关键词: 葉緑体ゲノム; ゲノム解析; 針葉樹; マツ科; ヒノキ科; 分子進化; 植物

Two simple complete-sequencing systems of chloroplast genome were constructed for Coniferophyta species. One was the sequencing system using a next generation sequencer (NGS), and long PCRs designed with the arrangement information of the highly conserved regions among genera. The other was the system using the next generation sequencing of the geneme DNA extracted from crude chloroplast fraction of the leaf and bioinformatics. It could be possible to decode the chloroplast genome completely in a lot of coniferous species by using either of these two sequencing systems.

构建了叶绿体基因组的两个简单的完整测序系统。其中一个是使用下一代测序仪（NGS）的测序系统，而长PCR则使用属中高度保守区域的布置信息设计。另一个是使用从叶子和生物信息学的粗叶绿体馏分中提取的基因DNA的下一代测序的系统。通过使用这两个测序系统中的任何一个，都可以在许多针叶性物种中完全解码叶绿体基因组。

项目成果

ヒノキ葉緑体ゲノム解読に向けた効率的手法の開発

开发解码柏树叶绿体基因组的有效方法

• 发表时间: 2013
• 作者: Naoto Kamata;Yuko Takeuchi;柳原尚貴,後藤栄治,田村美帆,渡辺敦史
• 通讯作者: 柳原尚貴,後藤栄治,田村美帆,渡辺敦史