Evaluating the role of cis-regulatory tandem DNA repeats in human disease and evolution

评估顺式调控串联 DNA 重复序列在人类疾病和进化中的作用

• 批准号: 21H02460
• 负责人: ウォルツェン クヌート
• 金额: $ 11.15万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21H02460/
• 关键词: DNAリピート; ゲノム編集; CRISPR-Cas9; iPS細胞; レポーターアッセイ; ゲノム解析; ヒトiPS細胞

Using our dataset, we aimed to construct a lentivirus-based reporter assay library for evaluating the activity of enhancers and their polymorphic deletion variants. We surmised that construction of VNTRs in a lentirival vector would face limitations of DNA element size and possible instability due to the repetitive nature of the elements. We therefore developed alternative approaches to measure gene-regulatory properties of VNTRs in a high-throughput manner based on epigenome editing and precision gene editing of endogenous VNTRs. For these purposes, we prepared iPS cell lines for CRISPRi and a protocol for controlling VNTR copy number. In revision, we expect MPRA screens to be performed using minimal cCRE elements identified within VNTR sequences.

使用我们的数据集，我们的目的是构建一个基于慢病毒的报告基因检测文库，用于评估增强子及其多态性缺失变体的活性。我们推测，在慢病毒载体中构建 VNTR 将面临 DNA 元件大小的限制，并且由于元件的重复性质可能导致不稳定。因此，我们开发了基于表观基因组编辑和内源性 VNTR 精确基因编辑的替代方法，以高通量方式测量 VNTR 的基因调控特性。为此，我们准备了用于 CRISPRi 的 iPS 细胞系和用于控制 VNTR 拷贝数的方案。在修订中，我们期望使用 VNTR 序列中识别的最少 cCRE 元件来执行 MPRA 筛选。

项目成果

A comparative analysis of DNA double strand break repair predictors for template-less precision gene editing

用于无模板精准基因编辑的 DNA 双链断裂修复预测因子的比较分析

• 发表时间: 2022
• 作者: Gabriel Felipe Martinez

Modeling genetic and infectious disease using Gene Editing and iPS Cell technologies

使用基因编辑和 iPS 细胞技术对遗传和传染病进行建模

• 发表时间: 2022
• 作者: Knut Woltjen

Total control of the human genome by reprogramming and precision editing

通过重编程和精确编辑全面控制人类基因组

• 发表时间: 2022
• 作者: Knut Woltjen

Deploying MENdel MMEJ prediction for the efficient generation of frameshift deletions and disease modeling in human induced pluripotent stem cells

部署 MENdel MMEJ 预测以在人类诱导多能干细胞中有效生成移码缺失和疾病模型

• 发表时间: 2022
• 作者: Gabriel Felipe Martinez

ヒトiPS細胞における精密なゲノム編集技術

人类iPS细胞精准基因组编辑技术

• 发表时间: 2022
• 作者: Knut Woltjen