肺腺癌におけるドライバー遺伝子変異ごとの核異型と細胞像の特徴の解明

肺腺癌各驱动基因突变的核异型性和细胞图像特征的阐明

基本信息

批准号：
20K17738
负责人：
小林さやか
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Gunma University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20K17738/
关键词：
肺腺癌細胞株 RNA抽出 micro RNA EGFR遺伝子変異 KRAS遺伝子変異フォイルゲン染色エメリンの免疫染色ラミンAの免疫染色画像解析核所見の連続変数データ各種種蛋白発現の陽性率ラミンB1の免疫染色臨床病理学的所見各種蛋白発現の陽性率核の形状変化ドライバー遺伝子異常

项目摘要

本研究の目的は、肺腺癌組織切除検体から遺伝子異常を検索し、遺伝子異常ごとの核の形状の特徴を画像解析手法によって明らかにすることである。補助事業期間延長承認申請および昨年度の研究実施状況報告書の研究の推進方策では、令和4年度前半にホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）ブロックからのDNA抽出、EGFR, KRAS遺伝子の変異部位を遺伝子増幅させ、その増幅産物から塩基配列を決定させ、両遺伝子の変異配列の有無を検索する計画であった。しかしEGFR, KRAS遺伝子変異の有無をある種のmicro RNAの発現量により予測することが可能であるという論文を発見し、当初計画の手技は比較的煩雑で時間も長く要することから、当初の手技ではなくmicro RNAによる両遺伝子変異の予測によって対象症例を変異群と非変異群に分類し画像解析結果の対比を行うこととした。そこで、まず当研究室が所有する肺腺癌細胞株9株のうち、EGFR, KRAS変異が不明である7株についてRNA抽出し、シークエンスの受託サービスにより両遺伝子変異の有無を検索した。これにより変異状態が不明であった細胞株の変異状態が明らかとなり、これらの細胞株を用いてmicro RNAの発現量が両遺伝子変異状態を反映しているか確認できるため意義深い。またこれらの細胞株を用いてmicro RNAの抽出法も検討し決定した。そして現在、両遺伝子の変異状態が明らかとなった細胞においてmiR-1253, 504, 26a-5p, 21, 594-5p, 594-3pの発現量を検索している。これらのmicro RNAの候補は、EGFR、KRAS遺伝子の変異状態を反映している可能性があるため、細胞株で両遺伝子の変異状態を反映していることが確認できれば、FFPEブロックを対象とした両遺伝子変異の検索の結果に信頼性が増すため意義深い。

本研究的目的是寻找肺腺癌组织切除标本中的遗传异常，并利用图像分析技术阐明每种遗传异常的核形状特征。去年研究实施情况报告中申请延长补贴项目期限和研究促进措施包括从令和四号上半年的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）块中提取DNA，以及对突变位点进行基因鉴定。计划是扩增基因，确定扩增产物的核苷酸序列，并寻找这两个基因中是否存在突变序列。然而，在发现一篇论文指出可以根据某些micro RNA的表达水平来预测EGFR和KRAS基因突变的存在或不存在后，原本计划的程序相对复杂且耗时较长，所以我们改为决定根据微小RNA对目标病例两个基因突变的预测，将目标病例分为突变组和非突变组，并比较图像分析结果。因此，我们首先从我们实验室拥有的9个肺腺癌细胞系中的7个中提取RNA，其中EGFR和KRAS突变未知，并使用测序服务搜索这两个基因是否存在突变。这很重要，因为它阐明了突变状态未知的细胞系的突变状态，并使我们能够利用这些细胞系来确认micro RNA的表达水平是否反映了两个基因的突变状态。我们还研究并确定了使用这些细胞系提取 micro RNA 的方法。目前，我们正在寻找 miR-1253、504、26a-5p、21、594-5p 和 594-3p 在已揭示这两个基因突变状态的细胞中的表达水平。这些微小RNA候选物可能反映了EGFR和KRAS基因的突变状态，因此如果确认它们反映了细胞系中这两个基因的突变状态，则有可能针对FFPE块，这一点意义重大，因为它增加了。两种基因突变搜索结果的可靠性。