植物新型萜类合成酶基因的功能和进化

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项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号:
    31370329
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    78.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    C0204.水分和营养物质的运输与代谢
  • 结题年份:
    2017
  • 批准年份:
    2013
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2014-01-01 至2017-12-31

项目摘要

Terpenoids is the largest class of secondary metabolites made by plant, they have important physiological and ecological functions as well as medicinal values. Terpene synthase(TPS) is the key enzyme for the biosynthesis of terpenoids, and it is hot that understanding the molecular basis of the vast diversification of TPS in plant. We investigated TPS in Selaginella moellendorfii species, which belongs to nonseed vascular in plant phylogeny. Except for the discovery of seed plant type of terpene synthase gene(pTPS), we firstly reported a novel type of terpene synthase gene(mTPS) in Selaginella moellendorfii species, which we designated as new TPS. Now it is unclear that what is the distribution of this type of mTPS. Four representative plant species including Anthoceros punctatus, Lycopodiastrum casuarinoides, Isoetes sinensis and Pteridium aquilinum var. latiusculum, were choosen in order to further understand the function and evolutionary origin of the mTPS. Firstly mTPS will be systematically predicted and validated by integrating data from known plant transcriptome and new data from this project. Then, methods including in vitro enzyme activity analysis, protein homologous modeling, point mutation and GC-MS analysis will be integrated to clarify the biochemical and biological function of mTPS. Finally, comparative genomics and molecular evolution methods will be also applied, so that the function and evolution of mTPS will be elucidated. The discovery of mTPS provides evidence for further exploring the diversification of physiological and biochemical function and possibility of multiple origin of TPS.
萜类是植物次生代谢物中种类最多的一类,它们具有重要的生理生态功能和药用价值。萜类合成酶(TPS)是萜类合成的关键酶,对其产物多样性的分子基础探究一直是植物次生代谢领域的研究热点。除发现植物型萜类合成酶(pTPS)基因外,我们在非种子维管植物江南卷柏中还首次报道了植物新型萜类合成酶(mTPS)基因,目前尚不清楚这类mTPS基因是否也存在于其它植物中。 为了深入理解mTPS基因的功能和进化起源,本项目以处于进化重要位置的角苔、藤石松、中华水韭和蕨等四种代表性植物为研究对象,首先整合现有的和自建的转录组数据,进行mTPS基因的生物信息学分析和实验鉴定。然后利用酶活分析,蛋白同源建模,点突变及气质联用等方法,进行mTPS基因的生化和生物学功能分析。最后通过比较基因组学和分子进化方法提出mTPS基因的功能和进化。mTPS基因的发现,为探索TPS的生理生化功能的多样性及进化起源的多元性提供了理论依据。

结项摘要

萜类是植物次生代谢物中种类最多的一类,它们具有重要的生理生态功能和药用价值。萜类合成酶(TPS)是萜类合成的关键酶,对其产物多样性的分子基础探究一直是植物次生代谢领域的研究热点。除发现植物型萜类合成酶(pTPS)基因外,我们在非种子维管植物江南卷柏中还首次报道了植物新型萜类合成酶(mTPS)基因。为了探究mTPS基因是否也存在于其它非种子植物中,本项目以处于进化重要位置的代表性苔藓和蕨类植物为研究对象,首先通过转录组数据的整合与分析,获得22个mTPS基因。然后对13个mTPS 基因(7个苔藓mTPS和6个蕨类mTPS)进行体外酶活、蛋白同源建模、点突变以及气质联用等分析,获得苔藓和蕨类植物中这13个mTPS的功能。最后通过比较基因组学和分子进化方法,提出mTPS 基因的进化起源。在此项目的基础上,申请到国家自然科学基金面上项目一项,发表SCI论文三篇,核心论文两篇,实现了预期的研究目标。

项目成果

期刊论文数量(5)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
中粒咖啡萜类合成酶基因家族的生物信息学分析
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2016
  • 期刊:
    植物学报
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    程甜;魏强;李广林
  • 通讯作者:
    李广林
细菌萜类合成酶的生物信息学分析
  • DOI:
    10.13344/j.microbiol.china.140983
  • 发表时间:
    2015
  • 期刊:
    微生物学通报
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    程甜;郝志强;魏强;李广林
  • 通讯作者:
    李广林
Genome-wide identification, functional and evolutionary analysis of terpene synthases in pineapple
菠萝萜烯合酶的全基因组鉴定、功能和进化分析
  • DOI:
    10.1016/j.compbiolchem.2017.05.010
  • 发表时间:
    2017-10-01
  • 期刊:
    COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY
  • 影响因子:
    3.1
  • 作者:
    Chen, Xiaoe;Yang, Wei;Li, Guanglin
  • 通讯作者:
    Li, Guanglin
Genome-wide identification, characterization and evolutionary analysis of long intergenic noncoding RNAs in cucumber.
黄瓜长基因间非编码 RNA 的全基因组鉴定、表征和进化分析
  • DOI:
    10.1371/journal.pone.0121800
  • 发表时间:
    2015
  • 期刊:
    PloS one
  • 影响因子:
    3.7
  • 作者:
    Hao Z;Fan C;Cheng T;Su Y;Wei Q;Li G
  • 通讯作者:
    Li G
Genome-wide identification and functional analysis of lincRNAs acting as miRNA targets or decoys in maize.
玉米中作为 miRNA 靶标或诱饵的 lincRNA 的全基因组鉴定和功能分析
  • DOI:
    10.1186/s12864-015-2024-0
  • 发表时间:
    2015-10-15
  • 期刊:
    BMC genomics
  • 影响因子:
    4.4
  • 作者:
    Fan C;Hao Z;Yan J;Li G
  • 通讯作者:
    Li G

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    --
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  • 发表时间:
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  • 作者:
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  • 通讯作者:
    李广林

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课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

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          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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