基于ZFN/phiC31系统的新型基因打靶技术的建立(果蝇)

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项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号:
    31171278
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    60.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    C0607.基因组学
  • 结题年份:
    2015
  • 批准年份:
    2011
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2012-01-01 至2015-12-31

项目摘要

多细胞模式生物果蝇因清晰的遗传背景、高度保守的功能基因、强大的遗传调整性使其在现代生物医学研究中始终处于十分重要的位置。传统的果蝇基因打靶技术(gene targeting)通过定向改变遗传信息而广泛应用于基因功能研究、人类疾病动物模型研制等。然而,基于ends-in/ends-out的传统基因打靶技术因耗时、耗力且需专业技术人员操作而使用受到限制。本项目拟改进传统打靶技术,通过建立基于果蝇胚胎细胞锌指酶筛选技术(ZFN)在靶基因位点附近产生DNA双链断口而诱导同源重组,快速融入phiC31重组酶介导的attP/B位点;随后通过phiC31重组技术(参考: Gao et al., 2008 PNAS;Choi et al., 2009 Science)定向引入基因敲除、特异性位点突变、GFP标签等。此项目将建立快速、高效、简捷的基因打靶新方法,为建立果蝇全基因组位点打靶提供理论与实践依据。

结项摘要

多细胞模式生物果蝇因其具有清晰的遗传背景和强大的遗传可调整性,一直是作为生物医学研究的重要模式生物之一。而定向突变体果蝇的获成为至关重要。目前,国际上关于果蝇基因打靶的方法,主要是整合了传统的ends-in/ends-out技术与phiC31重组酶介导的特异性DNA交换而引入突变位。这些方法需耗费大量人力和时间(一般要6-8个月),且需专业技术人员操作,限制了果蝇作为模式生物在其它生物领域的应用。近来,锌指酶技术(ZFN: zinc-finger nuclease)和Cas9(CRISPR-associated gene)已经开始应用于生物的基因组修饰与调整。其基本原理都是在特异性的基因靶位点进行切割产生一个DNA双链碎片(DSB),利用DSB可以进行同源重组或非同源末端连接方式引入突变。我们可以通过产生DSB快速融入外源DNA片段包括phiC31重组酶位点。随后通过phiC31介导的特异性DNA重组技术引入各种突变,方便功能基因组学的研究。主要研究内容:(1)靶位点的设计;(2)构建果蝇胚胎细胞双荧光素酶的检测报告系统。通过建立这一系统以方便进行基因内DSB产生的效率进行检测,其适用所有基因打靶效率的快速检测;(3)胚胎注射Cas9信使RNA和gRNA 测试Cas9的效率;(4)构建在果蝇生殖细胞中表达Cas9的品系并测试其效率;(5)结合Gal4/UAS系统,利用Cas9在特定的组织中突变目的基因;(6)通过同源重组,利用Cas9/phiC31敲除目的基因并敲入“att”位点以方便后面rescue实验。重要结果和关键数据(1)利用细菌双荧光报告系统,第一次检测到Cas9/gRNA具有对DNA具有切割活性,表明这一技术可用于基因打靶。(2)利用在生殖细胞中表达Cas9的品系,我们测试的每个基因也都有突变。(3)Cas9结合Gal4/UAS系统,我们实现了果蝇眼睛,翅膀,睾丸和卵巢等特定组织的基因突变。(4)通过同源重组,我们实现了敲除目的基因的同时敲入“att”位点,并利用该位点成功实现了原位rescue实验。科学意义:结合最新技术CRISPR与phiC31的重组技术,可快速的获得果蝇突变体,在敲除目的基因的同时,可以通过同源重组引入目的元件,使之前复杂耗时的基因打靶变的极为简单方便,一般两代1个月即可获得定向突变体。

项目成果

期刊论文数量(5)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Highly efficient genome modifications mediated by CRISPR / Cas9 in Drosophila
果蝇中 CRISPR/Cas9 介导的高效基因组修饰
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2013
  • 期刊:
    Genetics
  • 影响因子:
    3.3
  • 作者:
    B Zhang;YS Rong;R Jiao;G Gao
  • 通讯作者:
    G Gao
CRISPR/Cas9 mediates efficient conditional mutagenesis in Drosophila.
CRISPR/Cas9 在果蝇中介导有效的条件诱变。
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2014
  • 期刊:
    G3 (Bethesda)
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    Ren; Menda;Long; Li;Zhang; Xuedi;Gao; Guanjun
  • 通讯作者:
    Guanjun
Heritable Genome Editing with CRISPR/Cas9 in the Silkworm, Bombyx mori
使用 CRISPR/Cas9 对家蚕进行遗传基因组编辑
  • DOI:
    10.1371/journal.pone.0101210
  • 发表时间:
    2014
  • 期刊:
    PLos One
  • 影响因子:
    3.7
  • 作者:
    Wei W;Xin H;Roy B;Dai J;Miao Y;Gao G
  • 通讯作者:
    Gao G
TALEN or Cas9-Rapid, Efficient and Specific Choices for Genome Modifications
TALEN 或 Cas9——基因组修饰的快速、高效、特异性选择
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2013
  • 期刊:
    Journal of Genetics and Genomics
  • 影响因子:
    5.9
  • 作者:
    Yu; Zhongsheng;Zhang; Bo;Gao; Guanjun;Jiao; Renjie
  • 通讯作者:
    Renjie
Efficient Gene Knock-out and Knock-in with Transgenic Cas9 in Drosophila
利用转基因 Cas9 在果蝇中进行高效基因敲除和敲入
  • DOI:
    10.1534/g3.114.010496
  • 发表时间:
    2014-03-21
  • 期刊:
    Genes Genomes Genetics
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    Xue Z;Ren M;Wu M;Dai J;Rong YS;Gao G
  • 通讯作者:
    Gao G

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课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

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          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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