Project 1: Targeted sequencing and clinicopathology to evaluate primary melanoma molecular subtypes and outcomes

项目 1:通过靶向测序和临床病理学评估原发性黑色素瘤分子亚型和结果

基本信息

项目摘要

Abstract In this study, we will identify somatic tumor mutations, CNVs and a melanoma immune profile in relationship to survival in order to identify patients with poor prognosis among AJCC TNM Stages IIA-IIIB and eventually distinguish which patients may profit from adjuvant therapies and save lives. Our hypothesis is that primary melanomas will have molecular and clinical features that will allow the prognostic stratification of melanoma tumors among these patients. The current survival rate of individuals diagnosed at these stages ranges from 22 – 82%. There is little understanding of which patients will progress and which will not based on stage. The ultimate intent of this project is to provide information to translate to the clinic to personalize care. Currently, there is a dearth of studies in the melanoma field looking at epidemiology/genomic factors and melanoma survival in order to identify, confirm and develop such biomarkers. We have brought together nine cohorts of melanoma patients of 1,000 individuals and their tumors, half who have died from melanoma within five years (median survival, 2.4 years) and half who have lived for at least five years (median follow up 8.5 years). Patients will be frequency matched for stage. Data will be randomly divided into a training set of 660 tumors and a validation set of 340 tumors, equally divided by poor and good prognosis. All patients have been treated using standard-of-care surgery; they have adequate tumor tissue, germline DNA and clinical, pathologic and demographic information recorded. Project 1 will use targeted next generation sequencing of clinically actionable mutations and CNV’s in order to develop subgroups of patients. Secondly, we will evaluate a melanoma immune profile, CD3/CD8/FOXP3 slides stained with immunofluorescence and PD1-PDL1 axis chromogenic staining, to compare to a strong pathologic variable associated with survival, tumor infiltrating lymphoctyes (TILs). We will also evaluate ratios of CD8:FOXP3 and CD8:PD-L1 as prognostic. The melanoma immune profile may be more quantitative and reproducible than TIL score and we will determine this in this large study. Finally, our strong multidisciplinary team of clinicians, biostatisticians, laboratory scientists and epidemiologists will help to develop new strategies and new information to understand molecular factors associated with prognosis in melanoma. Specifically, it will help to identify which individuals are likely to have a poor prognosis and potentially identify these for new adjuvant therapy and closer surveillance.
抽象的 在这项研究中,我们将确定与与之相关的体细胞肿瘤突变,CNV和黑色素瘤免疫特征 生存是为了确定AJCC TNM阶段IIA-IIIB的预后不良的患者,最终 区分哪些患者可以从适应疗法中获利并挽救生命。我们的假设是主要 黑色素瘤将具有分子和临床特征,将允许黑色素瘤的预后分层 这些患者中的肿瘤。当前在这些阶段诊断的个人的生存率从 22 - 82%。几乎没有了解哪些患者会进展,哪些不会基于阶段。这 该项目的最终意图是提供信息,以转化为诊所以个性化护理。 目前,在黑色素瘤领域的研究死亡,研究流行病学/基因组因素和 黑色素瘤的生存是为了识别,确认和发展此类生物标志物。我们把九个 1,000名患者及其肿瘤的黑色素瘤患者的同伴,一半死于黑色素瘤 五年(中位生存期,2。4年)和一半,他们至少居住了五年(中位随访8.5 年)。患者将与阶段相匹配。数据将随机分为660的培训集 肿瘤和340个肿瘤的验证集,同样由较差和良好的预后分开。所有患者曾经 使用护理标准手术治疗;它们具有足够的肿瘤组织,种系DNA和临床, 记录了病理和人口统计信息。 项目1将使用针对性的临床可行突变和CNV的下一代测序,以便为了 发展患者的亚组。其次,我们将评估黑色素瘤免疫轮廓,CD3/CD8/FOXP3 用免疫荧光和PD1-PDL1轴成色色染色染色的载玻片,以比较强 与存活,肿瘤浸润淋巴细胞(TILS)相关的病理变量。我们还将评估比率 CD8:FOXP3和CD8:PD-L1作为预后。黑色素瘤免疫特征可能更定量,并且 比TIL评分可再现,我们将在这项大​​型研究中确定这一点。 最后,我们的临床医生,生物统计学家,实验室科学家和流行病学家的强大多学科团队 将有助于制定新的策略和新信息,以了解与 黑色素瘤的预后。具体来说,它将有助于确定哪些人可能的预后不佳 并有可能确定这些用于新的调整疗法和更仔细的监视。

项目成果

期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

MARIANNE BERWICK其他文献

MARIANNE BERWICK的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

{{ truncateString('MARIANNE BERWICK', 18)}}的其他基金

Integration of Clinical and Molecular Biomarkers for Melanoma Survival
黑色素瘤生存的临床和分子生物标志物的整合
  • 批准号:
    10413854
  • 财政年份:
    2017
  • 资助金额:
    $ 32.81万
  • 项目类别:
Integration of Clinical and Molecular Biomarkers for Melanoma Survival
黑色素瘤生存的临床和分子生物标志物的整合
  • 批准号:
    10411067
  • 财政年份:
    2017
  • 资助金额:
    $ 32.81万
  • 项目类别:
CORE 1: Administrative
核心 1:行政
  • 批准号:
    10493855
  • 财政年份:
    2017
  • 资助金额:
    $ 32.81万
  • 项目类别:
Integration of Clinical and Molecular Biomarkers for Melanoma Survival
黑色素瘤生存的临床和分子生物标志物的整合
  • 批准号:
    9278471
  • 财政年份:
    2017
  • 资助金额:
    $ 32.81万
  • 项目类别:
Project 1: Targeted sequencing and clinicopathology to evaluate primary melanoma molecular subtypes and outcomes
项目 1:通过靶向测序和临床病理学评估原发性黑色素瘤分子亚型和结果
  • 批准号:
    10268362
  • 财政年份:
    2017
  • 资助金额:
    $ 32.81万
  • 项目类别:
Integration of Clinical and Molecular Biomarkers for Melanoma Survival
黑色素瘤生存的临床和分子生物标志物的整合
  • 批准号:
    10188447
  • 财政年份:
    2017
  • 资助金额:
    $ 32.81万
  • 项目类别:
Sex Differences in Methylome Alterations and Mutational Burden in Early Stage Melanoma
早期黑色素瘤甲基化改变和突变负担的性别差异
  • 批准号:
    10063456
  • 财政年份:
    2017
  • 资助金额:
    $ 32.81万
  • 项目类别:
Program Integration and Management
项目整合与管理
  • 批准号:
    10188448
  • 财政年份:
    2017
  • 资助金额:
    $ 32.81万
  • 项目类别:
CORE 1: Administrative
核心 1:行政
  • 批准号:
    10188453
  • 财政年份:
    2017
  • 资助金额:
    $ 32.81万
  • 项目类别:
Program Integration and Management
项目整合与管理
  • 批准号:
    10268361
  • 财政年份:
    2017
  • 资助金额:
    $ 32.81万
  • 项目类别:

相似国自然基金

基于磁共振APT成像的乳腺癌新辅助治疗敏感性预测研究
  • 批准号:
    82302153
  • 批准年份:
    2023
  • 资助金额:
    30 万元
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
机器学习辅助按需设计多酶活性纳米酶用于糖尿病足溃疡治疗研究
  • 批准号:
    32371465
  • 批准年份:
    2023
  • 资助金额:
    50 万元
  • 项目类别:
    面上项目
基于多时序CT影像与病理WSI的非小细胞肺癌新辅助免疫治疗疗效预测研究
  • 批准号:
    82360356
  • 批准年份:
    2023
  • 资助金额:
    32 万元
  • 项目类别:
    地区科学基金项目
基于深度学习和肿瘤-免疫-间质生物模型的肿瘤药物联合治疗疗效预测和辅助决策研究
  • 批准号:
    72374119
  • 批准年份:
    2023
  • 资助金额:
    40 万元
  • 项目类别:
    面上项目
类病毒结构纳米载体辅助A型肉毒毒素膀胱内递送治疗膀胱过度活动症的设计和应用研究
  • 批准号:
    82300874
  • 批准年份:
    2023
  • 资助金额:
    30.00 万元
  • 项目类别:
    青年科学基金项目

相似海外基金

Develop Conditionally Armored CAR Macrophage Therapy for Pancreatic Cancer
开发针对胰腺癌的条件装甲 CAR 巨噬细胞疗法
  • 批准号:
    10710883
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 32.81万
  • 项目类别:
Immunomodulatory biomaterial to enhancing T-cell responses to triple negative breast cancer
免疫调节生物材料可增强 T 细胞对三阴性乳腺癌的反应
  • 批准号:
    10699815
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 32.81万
  • 项目类别:
Development of contrast agents to facilitate image-guided surgery
开发造影剂以促进图像引导手术
  • 批准号:
    10810184
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 32.81万
  • 项目类别:
Validation of the joint-homing and drug delivery attributes of novel peptides in a mouse arthritis model
在小鼠关节炎模型中验证新型肽的关节归巢和药物递送特性
  • 批准号:
    10589192
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 32.81万
  • 项目类别:
Targeting the HMGB1-TLR5 pathway to prevent senescence-induced metastasis in breast cancer.
靶向 HMGB1-TLR5 通路预防乳腺癌衰老诱导的转移。
  • 批准号:
    10599637
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 32.81万
  • 项目类别:
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了