Integrated Approcahes to Find Hox-regulated DNA Elements

寻找 Hox 调控 DNA 元件的综合方法

基本信息

  • 批准号:
    6910479
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 41.4万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
  • 财政年份:
    2005
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    2005-04-01 至 2009-03-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

DESCRIPTION (provided by applicant): The goal of this collaborative project is to identify transcriptional regulatory elements in the Drosophila melanogaster genome that are directly regulated by the Hox family of homeodomain proteins. To accomplish this goal, three experimental steps will be carried out. In the first, state-of-the art gene expression profiling methods will be used to analyze gene expression differences in embryos containing Hox gene mutations. The genotypes that will be used for gene profiling analysis incorporate redundant pain/vise comparisons to increase the probability that bona fide Hox-regulated genes will be identified. The second step will be to use one of two methods -- DamID or chromatin immunoprecipitation (ChIP) - to determine which genes in the Drosophila genome are directly bound by Hox proteins in vivo. Combined with the first step, these experiments will allow the identification of direct Hox target genes on a genome-wide scale. The third step in this analysis will be to use computational approaches to identify cis-regulatory elements that are shared between subsets of the directly regulated Hox target genes. Computationally-identified regulatory elements will be confirmed experimentally, both by in vitro protein-DNA binding experiments and by in vivo reporter gene analysis. Once these methods are worked out, they will be applicable to a wide variety of problems in biology.
描述(由申请人提供):该合作项目的目标是鉴定果蝇基因组中由同源域蛋白 Hox 家族直接调控的转录调控元件。为了实现这一目标,将进行三个实验步骤。首先,最先进的基因表达谱方法将用于分析含有 Hox 基因突变的胚胎中的基因表达差异。将用于基因图谱分析的基因型包含冗余的疼痛/虎钳比较,以增加识别真正的 Hox 调节基因的可能性。第二步是使用 DamID 或染色质免疫沉淀 (ChIP) 两种方法之一来确定果蝇基因组中的哪些基因在体内直接与 Hox 蛋白结合。与第一步相结合,这些实验将能够在全基因组范围内鉴定直接的 Hox 靶基因。该分析的第三步是使用计算方法来识别直接调控的 Hox 靶基因子集之间共享的顺式调控元件。计算确定的调控元件将通过体外蛋白质-DNA 结合实验和体内报告基因分析进行实验确认。一旦这些方法被制定出来,它们将适用于解决生物学中的各种问题。

项目成果

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