STRUCTURAL BASIS OF ECO RI ENDONUCLEASE SPECIFICITY

ECO RI 核酸内切酶特异性的结构基础

基本信息

项目摘要

The ultimate goals of this research are to elucidate molecular mechanisms of sequence-specific DNA-protein interactions as well as address broad issues of enzyme-substrate recognition and the molecular basis of specificity. This project proposes to continue structure-function analysis of Eco RI endonuclease, a restriction enzyme that recognizes the hexanucleotide GAATTC. This proposal combines X-ray crystallography and molecular dynamics calculations into a coordinated, structure-based effort to understand the relationship between structure and function in Eco RI endonuclease. The primary goals are: 1. To investigate Eco RI endonuclease-DNA complexes where the DNA contains base analog substitutions that perturb specific contacts between the protein and the DNA, e.g. by deleting or modifying individual moieties on the DNA. Both X-ray crystallography and molecular dynamics methods would be employed. 2. To similarly investigate Eco RI endonuclease-DNA complexes where the protein contains site-directed mutations that alter specific protein-DNA contacts. Both X-ray crystallography and molecular dynamics methods would be employed. 3. The investigate the structural basis for the known differences in binding energy caused by substitutions in the base-pairs immediately flanking the Eco RI site. Both X-ray crystallography and molecular dynamics methods would be employed. 4. To investigate the structural basis of sequence discrimination in Eco RI endonuclease by determining structures containing miscongnate or Eco RI sequences.
这项研究的最终目标是阐明序列特异性DNA-蛋白相互作用的分子机制,并解决酶 - 基底识别的广泛问题和特异性的分子基础。 该项目建议继续对ECO RI核酸内切酶进行结构功能分析,该核酸内切酶是一种识别六核苷酸GAATTC的限制酶。该建议将X射线晶体学和分子动力学计算结合在一起,以理解生态RI核酸内切酶中结构与功能之间的关系的协调,结构的努力。 主要目标是:1。研究ECO RI核酸内切酶-DNA复合物,其中DNA包含碱性模拟取代,这些取代均匀,例如蛋白质与DNA之间的特定接触,例如通过删除或修改DNA上的单个部分。 X射线晶体学和分子动力学方法都将采用。 2。要类似地研究Eco RI核酸内切酶-DNA复合物,其中蛋白质包含改变特定蛋白DNA接触的位置定向突变。 X射线晶体学和分子动力学方法都将采用。 3。研究了由基本对替换引起的结合能差异的结构基础,立即在Eco RI位点侧面。 X射线晶体学和分子动力学方法都将采用。 4。通过确定包含不一致或生态RI序列的结构,研究生态核酸内切酶中序列歧视的结构基础。

项目成果

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