The single and same cell 3D atlas of epigenome and transcriptome of the lower urinary tract
下尿路表观基因组和转录组的单细胞同细胞3D图谱
基本信息
- 批准号:10494214
- 负责人:
- 金额:$ 46.05万
- 依托单位:
- 依托单位国家:美国
- 项目类别:
- 财政年份:2021
- 资助国家:美国
- 起止时间:2021-09-30 至 2026-07-31
- 项目状态:未结题
- 来源:
- 关键词:3-DimensionalAnatomyAreaAtlasesBirthBladderCase StudyCell NucleusCellsCloaca ChamberCollectionCommunitiesComplexCongenital AbnormalityDataData SetDevelopmentDevelopmental ProcessDigital LibrariesDiseaseDorsalEmbryoGene Expression ProfileGenerationsGenesGenitalGenitaliaGenitourinary systemGlassGoalsGraphHindgutHistologyHumanImageJointsLifeLocationLower urinary tractMapsMesenchymeMolecularMolecular ProfilingMusOrganPlayReportingResearchResolutionResourcesRoleSeriesSignaling MoleculeSliceSlideSpottingsStructureStructure of umbilical arteryTechnologyTimeTissue-Specific Gene ExpressionTissuesUreterUrethraUrinary tractVascular Systembasebladder trigonecell typedensitydesigndigitalepigenomeepigenomicsimprovedinnovationinnovative technologiesmolecular markermultiple omicsnovelresponsetranscription factortranscriptometranscriptomicsurogenital tractvirtualvirtual human
项目摘要
In response to RFA-DK-20-013 “GenitoUrinary Development Molecular Anatomy Project (GUDMAP) - Atlas
Projects”, this proposal aims “to generate data to visualize the developing urinary tract, to identify new functional
and anatomical domains, and cell types”. The embryonic hindgut or cloaca progresses from a single hollow
organ to two separate entities – the urinary tract and anorectal tract. The urinary tract further differentiates into
the bladder rostrally and the genital urethra caudally. Guided by tissue-specific gene expression patterns, we
show that several selected transcription factors and signaling molecules are critical for urinary tract development
and, are responsible for some of the most complex human birth defects. However, these low-throughput and
isolated case studies offer limited information; and it is difficult integrate these findings to discern gene-gene and
gene-cell relationships in development and in disease. Resources including spatial annotation of all genes in all
cells are needed. Using innovative technologies including single cell Multi-omics and Spatial Transcriptome, this
application aims to 1) create a series of digital libraries from all cells of mouse lower urinary tract, in which every
cell is annotated based on its' own transcriptomic and epigenomic profiles; 2) generate ultrahigh-density tissue-
specific spatial transcriptomic map of the lower urinary tract; and 3) display spatial transcriptome at near single
cell resolution onto the 3D digitalized mouse and human embryos. These resources will serve the research
community to establish a comprehensive understanding of urinary tract development, including but not limited to
cloaca septation and urinary tract differentiation.
响应RFA-DK-20-013“泌尿生殖发展分子解剖项目(GUDMAP) - 地图集
该建议的旨在“生成数据以可视化开发的尿路,以识别新功能
和解剖域和细胞类型”。胚胎后肠或泄殖腔从单个空心发展
器官到两个独立的实体 - 尿路和厌食区。尿道进一步区分了
膀胱的膀胱和生殖器尿道尾。在组织特异性基因表达模式的指导下,我们
表明几个选定的转录因子和信号分子对于尿路发展至关重要
并且,负责一些最复杂的人类出生缺陷。但是,这些低通量和
孤立的案例研究提供有限的信息;很难将这些发现融合到识别基因 - 基因和
基因 - 细胞在发育和疾病中的关系。所有基因的空间注释在内的资源
需要细胞。使用包括单细胞多词和空间转录组在内的创新技术,此
应用程序的目的是1)从鼠标下尿路的所有细胞中创建一系列数字库,其中每个细胞
细胞根据其自身的转录组和表观基因组谱进行注释; 2)产生超高密度组织
下尿路的特定空间转录组图; 3)显示空间转录组接近单一
细胞分辨率在3D数字化小鼠和人类胚胎上。这些资源将为研究服务
社区建立对尿路发展的全面理解,包括但不限于
泄殖腔分隔和尿路分化。
项目成果
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专著数量(0)
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