最新多角的オミックス解析を用いた慢性活動性EBV感染症の病態解析研究

利用最新多组学分析进行慢性活动性EBV感染的病理分析研究

基本信息

批准号：
22K07211
负责人：
加藤格
金额：
$ 2.75万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K07211/
关键词：
CAEBV オミックス解析シングルセル解析

项目摘要

今回、CAEBVの発症メカニズムを明らかにするため、CAEBV-NK型患者27名を対象に、メチル化アレイ解析、RNAシーケンス、全ゲノムまたはエクソームシーケンスを実施した。さらには10x genomics社が提供しているシングルセル解析プラットフォームであるChromiumシステムを用いて、シングルセルレベルでのEBV感染細胞の同定を試みた。CAEBV-NK型は、コントロール（伝染性単核球症：n=4、健康なボランティア：n=2）と比較して、CpGアイランドDNAの高メチル化が特徴的であった。特に、3分の1の患者（n=9）は、CpGアイランドメチル化表現型（CIMP）と呼ばれる、より広範囲なメチル化過剰表現を示し、いくつかの癌抑制因子の転写サイレンシングを有していた。変異解析の結果、CIMP陽性患者はCIMP陰性患者よりもはるかに高い腫瘍変異負荷を持っていた（1例あたりの変異数は40.25対5.75、p<0.0001）。さらに、本コホートで病勢進行により死亡した患者はすべてCIMP陽性であった（4/9、44.4％）。特に、そのうちの2人はARID1Aのナンセンス変異を、残りの2人はPD-L1の構造変異を有していた。T型とNK型の両方を含むCAEBV患者40人の拡大コホートに対するターゲットディープシーケンスでも、ARID1Aのナンセンス変異またはPD-L1の構造変異を有する2例が追加的に同定された。興味深いことに、これらの患者はすべて疾患増悪のため死亡していた。またシングルセル解析においては、3994細胞が解析され、1379細胞で構成されるクラスターが、遺伝子と表面抗原の発現パターンからNK細胞と同定された。EBER1が高発現した細胞はいずれもNK細胞に認められ、684細胞(NK細胞中の49.6%)で構成されるクラスターを形成していた。

在这项研究中，在27名CAEBV-NK患者中进行了甲基化阵列分析，RNA测序，整个基因组或外显子组测序。此外，我们尝试使用Chromium System（由10X基因组提供的单细胞分析平台）在单细胞水平上鉴定EBV感染的细胞。与对照组相比，CAEBV-NK类型的特征是CpG岛DNA的高甲基化（传染性单核细胞增多：n = 4，健康志愿者：n = 2）。特别是，三分之一的患者（n = 9）表现出更广泛的甲基化过表达，称为CpG岛甲基化表型（CIMP），并具有几种癌症抑制剂的转录沉默。突变分析表明，CIMP阳性患者的肿瘤突变负担比CIMP阴性患者高得多（40.25 vs. 5.75例，p <0.0001）。此外，所有在该队列中死于疾病进展的患者均为CIMP阳性（4/9，44.4％）。特别是，其中两个在ARID1A中有胡说八道突变，而另外两个在PD-L1中具有结构突变。在目标深度测序中，还发现了两种抗ariD1a或PD-L1结构突变的其他病例，包括40名CAEBV患者，包括T和NK类型。有趣的是，所有这些患者都因疾病加剧而死亡。在单细胞分析中，分析了3994个细胞，并根据基因和表面抗原的表达模式将由1379个细胞组成的簇鉴定为NK细胞。在NK细胞中发现了所有具有高EBER1表达的细胞，形成了由684个细胞（49.6％的NK细胞）组成的簇。