Platform for Advanced Genome Science

先进基因组科学平台

基本信息

批准号：
22H04925
负责人：
黒川顕
金额：
$ 4948.57万
依托单位：
National Institute of Genetics
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (platforms for Advanced Technologies and Research Resources)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2028-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

①総括支援活動では支援課題の公募を実施し生命系のほぼ全分科から合計323の応募がありそのうち171課題を採択した。今年度の応募数は、同じく年1回公募だった第1期先進ゲノム支援の2019年度と概ね同様であったが、支援内容の精査や上限額の設定により、採択率が53%となり先進ゲノム支援として初めて50%超を実現した。拡大班会議を開催し235名の被支援者および支援班員が一同に会してゲノムをキーワードに異分野研究交流を進めた。情報解析講習会として初級者編（参加者148名）、中級者編（参加者240名）を開催した。②大規模配列解析拠点ネットワーク支援活動においては、1)長鎖シーケンシングのためにSequel IIe、2)空間的オミックス解析のためにXenium を導入し、それらの試行や条件検討、技術支援者の訓練も進め、支援で提供できるようにした。染色体レベルの高精度ゲノム配列決定（遺伝研）、空間的遺伝子発現解析（東大新領域）、近縁菌株が集積した試料からの高精度MAGの構築（九大）等を進めた。③情報解析支援活動においては、スパコン（遺伝研、東大医科研ヒトゲノム解析センター、東大情報基盤センター、東工大TSUBAME、産総研、京大化研、かずさDNA研等）を活用するとともに、利用量や占有の必要性に応じ、各機関や研究室の計算機を使用して支援を進めた。今年度は東工大に大規模メモリサーバを導入し、ロングリードアセンブル技術の高度化を進めドラフトゲノム解析支援を加速した。超高速相同性検索ソフトウェアPZLAST、微生物ゲノムアノテーションパイプライン DFAST（遺伝研）、ロングリードシミュレータPBSIM3（東大）、細胞運命分岐点を探索するための深層生成モデル VICDYF等の高度技術開発（名大）を進めた。

（1）在一般支持活动中，进行了支持问题的公开呼吁，几乎来自生命系统的几乎所有部门都应用了323个申请，其中采用了171项任务。今年的申请次数与2019年大致相同，该申请也对第一阶段的基因组支持开放，该支持也向公众开放，但由于对支持内容的审查，采用率为53％并首次将上限设置为支撑。举行了扩大的小组会议，235名支持者和支持小组成员共同开会，以促进不同的研究领域作为关键字。作为信息分析研讨会，举行了初学者（148名参与者）和中级版（240名参与者）。（2）在大型阵列分析基础网络支持活动中，1）续集IIE，用于长链测序，2）引入了空间omix分析的Xenium，用于空间omix分析，测试和检查条件，对技术支持者的培训，我们还可以提供它支持。染色体水平的高精确基因组阵列决策（基因引擎），空间基因表达分析（东京大学的新地区），由亲密菌株积累的样品的高精确型杂志（Kyushu University）的构建是晋升。（3）在信息分析支持活动中，我们将利用Spacon（遗传机构，东京大学医学研究所，尼总校分析中心，东京大学信息基础设施中心，东京理工学院TSUBAME，索坦小队，京都大学DNA等），并使用并占用了必要性。今年，向东京理工学院介绍了一台大规模的存储器服务器，通过促进长芦苇组装技术的复杂性，基因组分析支持草案得到了加速。 Ultra -High -Sped同源搜索软件PZLAST，微生物基因组氧化管道DFAST（遗传引擎），Long -Lead -Lead Simulator PBSIM3（Tokyo University），高层技术开发（著名大学），例如Deep Generation Model，用于探索Cell Fate Branch Branch Branch Branch Branch Branch Branch Branch Branch Branch Branch Branch我继续进行。

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

The level of bottleneck experienced by endangered green turtles

濒临灭绝的绿海龟所经历的瓶颈程度

DOI：
发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
0
作者：
Tomoko Hamabata;Satomi Kondo;Kazunari Kameda;Takuya Fukuoka;Katsufumi Sato;Makoto Terauchi;Hideki Noguchi;Masakado Kawata
通讯作者：
Masakado Kawata

<i>De novo</i> transgenerational inheritance of male rat hyperactivity by rotenone

鱼藤酮对雄性大鼠多动症的<i>从头</i>跨代遗传

DOI：
10.2131/fts.9.111
发表时间：
2022
期刊：
Fundamental Toxicological Sciences
影响因子：
0
作者：
Nemoto Tomomi;Otomo Kohei;Ishii Hirokazu;Takahashi Taiga;Tsutsumi Motosuke;Yamaguchi Kazushi;Toyooka Kiminori;Masami Ishido
通讯作者：
Masami Ishido

Deep single-cell transcriptome atlas of Drosophila gastrula

果蝇原肠胚深层单细胞转录组图谱