病原性データベースの構築およびゲノム全遺伝子の相互比較による相関解析

通过基因组中所有基因的相互比较构建致病性数据库并进行相关性分析

基本信息

批准号：
15013236
负责人：
黒川顕
金额：
$ 1.66万
依托单位：
Osaka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2003
资助国家：
日本
起止时间：
2003 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-15013236/
关键词：
病原性データベース比較ゲノム

项目摘要

本研究は,病原性という表現型により細菌を分類し,それら表現型に寄与する遺伝子群を全遺伝子の網羅的解析により抽出しようとするものである.具体的には,入手できる全遺伝子を対象とするのではなく,まず第一段階として同属同種異株として5株のゲノム全配列が得られるA群レンサ球菌をターゲットとし,遺伝子の保存性,特異性にとどまらず,tRNA,遺伝子間領域にいたる多岐にわたるデータをバイオインフォマティクスの手法と分子進化学的手法を駆使することで,徹底的に比較解析をおこなった.その結果,全遺伝子の約81%の遺伝子が保存しており,各株に特異的な遺伝子群が,ゲノム中に取り込まれているファージに集中している,ヒアルロン酸分解酵素などの遺伝子であることが明らかとなった.分子進化学的解析からは,付着に関する遺伝子において,保存されている遺伝子群とは異なり株間で多様化が生じていることが明らかとなった.さらに,Synteny解析により,SSI-1株において,一部のファージ領域の相同性により、ゲノムレベルでのアレンジメントが生じていこることが明らかとなった.これらの情報は申請者が構築した細菌ゲノムのサーバーにて公開されている.また各株にお串ける病原性との相関解析から,劇症型の疾病が,これら特異的な遺伝子群と関係があることが示唆できた.さらに,ファージの相同性を原因とするゲノムレベルのリアレンジメントによりそれら遺伝子群が構造単位で組換わることも,本病原菌における劇症株の出現と何らかの関係があることも示唆できた.また,病原性データベースに関しては,特徴的な病原性に関するデータベースは作成完了し,平成15年度の合同班会議にて発表した.しかしながら,文献から抽出した全情報をデータベース化しようと試みたものの,非常に多くの表現型から構成される点,および病原性という曖昧な定義が原因で,効率の良いデータベース作成が困難であった.現在,血便という病原性に関与している3型分泌装直に焦点を絞った解析にて論文を執筆中である.

这项研究是通过致病性的表达类型对细菌进行分类，并通过对所有基因进行全面分析提取对这些表达类型的基因组。获得与相同相同的基因组的整个基因组，不仅在保存和特异性中，而且在tRNA中，遗传区域都可以通过使用bioginphomatics和分子方法进行了多种数据。彻底进行比较分析的进化技术。与保留的基因组合成纳入基因组，很明显，由于某些噬菌体序列，在基因组水平上，SSI-1股票在股票之间进行了多样化。这些信息已在申请人建立的细菌基因组的服务器上发布。此外，还可以通过噬菌体引起的基因组级反应在结构单位中重组这些基因。完成了，尽管我们试图将所有信息从文献中提取到数据库中，但在2003年的联合小组会议上宣布，由于大量数量，很难创建一个有效的数据库表达和模糊的致病性定义。