Effects of environmental pollution and stress on gene expression profiles in Baltic salmons

环境污染和应激对波罗的海鲑鱼基因表达谱的影响

• 批准号: 17F17731
• 负责人: 岩田 久人
• 金额: $ 1.47万
• 依托单位: Ehime University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2017
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2017-07-26 至 2019-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17F17731/
• 关键词: タイセイヨウサケ; 難分解性有機汚染物質; トランスクリプトーム; プロテオーム

本研究の目的は、バルト海の３海域で採取したタイセイヨウサケ個体群を対象に、環境汚染物質蓄積濃度やその他環境因子（水温・溶存酸素濃度・採取年）・生物学的因子（人工孵化・野生・年齢・体重・系群・栄養段階・餌生物種）がサケのトランスクリプトーム・プロテオームに与える影響を評価することである。具体的には、以下の４点に焦点を絞って解析することを計画した。１）サケ肝臓に蓄積するPCBを含む難分解性有機汚染物質を質量分析計で定性・定量する。２）次世代シーケンサーを使用して、サケ肝臓における各遺伝子のmRNA発現量を網羅的に測定する。３）飛行時間型タンデム質量分析計を用いて、サケ肝臓におけるタンパク質発現量を網羅的に測定する。４）上記１）－３）のデータに加え、研究分担者がこれまで測定してきた環境因子や生物学的因子を併せて主成分分析をおこない、交絡因子の影響を最小限にして各因子の影響を評価する。今年度は、飛行時間型タンデム質量分析計を用いて、サケ肝臓におけるタンパク質発現量（プロテオーム発現プロファイル）を網羅的に測定した。その結果、３海域間でプロテオーム発現プロファイルに違いが認められた。さらに、前年度解析したサケ肝臓のトランスクリプトーム発現プロファイルと併せてcoinertia分析を実施したところ、両データセットの類似性を確認した。さらに、環境因子（環境汚染物質濃度・水温・採取年）や生物学的因子（人工孵化・野生・系群）を併せて主成分分析をおこなった結果、サケ肝臓のスクリプトーム・プロテオーム発現量は主として難分解性有機汚染物質濃度に影響されていることが明らかとなった。

这项研究的目的是评估环境污染物的积累浓度和其他环境因素（水温，溶解的氧气浓度，收集年份）以及生物学因素（人工孵化，野生，野生，年龄，体重，体重，全身性群体，营养阶段和食物种类）对鲑鱼的转录组和蛋白质组对三个地区的人口中的鲑鱼转录组和蛋白质组对三个地区的人口中的人口。具体来说，我们计划专注于以下四个点。 1）使用质谱仪（包括在鲑鱼肝脏中积累的PCB）进行定性和定量进行定量。 2）使用下一代序列仪全面测量鲑鱼肝脏中每个基因的mRNA表达水平。 3）使用飞行时间串联质谱仪全面测量鲑鱼肝脏中的蛋白质表达水平。 4）除了上面的1）-3）外，还分析了主要组成部分与迄今为止研究人员衡量的环境和生物学因素一起分析，并通过最大程度地降低混杂因素的影响来评估每个因素的影响。今年，使用飞行时间串联质谱仪对鲑鱼肝脏中的蛋白质表达水平（蛋白质组表达谱）进行了全面测量。结果，在三个水域之间观察到蛋白质组表达谱的差异。此外，与去年分析的鲑鱼肝转录组表达谱一起进行了共同分析，证实了两个数据集之间的相似性。此外，我们使用环境因素（环境污染物浓度，水温，收集年份）和生物学因素（人造孵化，野生和全身性组）进行了主要成分分析，发现鲑鱼肝脏中素质组和蛋白质组的表达主要受到不利有机污染物的浓度的影响。

项目成果

Differences in POPs and transcriptomes of wild and hatchery-reared baltic salmons

野生和孵化场饲养的波罗的海鲑鱼持久性有机污染物和转录组的差异

• 发表时间: 2018
• 作者: Kanerva;M.;Nguyen;M. T.;Kunisue;T.;Amvuori;K.;Iwata;H.
• 通讯作者: H.