アミノ酸残基レベルの相互作用プロファイルを用いたタンパク質間相互作用予測法の開発

使用氨基酸残基水平的相互作用谱开发蛋白质-蛋白质相互作用预测方法

基本信息

批准号：
15K00407
负责人：
内古閑伸之
金额：
$ 2.91万
依托单位：
Tokyo Institute of Technology (2017)Chuo University (2015-2016)
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2015
资助国家：
日本
起止时间：
2015-04-01 至 2018-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

「相互作用ネットワーク解析による検証」を昨年度に引き続き、細胞走化性に関するタンパク質群について解析を行った。常在菌であるE.coliについてはすでに、MEGADOCKをもちいた網羅的タンパク質間相互作用予測を行い、従来のドッキングソフトウェアによる結果を比較した。さらに、極地的な環境に生息する高度好熱菌であるT.maritimaは、常在菌であるE.coliと異なるタンパク質群による細胞走化性ネットワークを形成している。これらのタンパク質相互作用部位の違いを相互作用プロファイル法を用いて解析した。この解析は「3.相互作用の探索空間の解析」の課題と関連していて、E.coliとT.maritimaの細菌走化性に関するタンパク質群における網羅的ドッキングによるタンパク質相互作用部位の探索結果を解析し、日本生物物理学会においてポスター発表を行い、インド工科大学マドラス校におけるシンポジウムで講演を行った。また、「相互作用プロファイルに基づいたドッキングツールの開発」について、昨年度にRe-dockingを実行するために必要な3つのステップ「1)初回ドッキング、2)相互作用プロファイルを用いたクラスタ解析による相互作用部位の特定、3)再ドッキング」を一括実行するためのソフトウェアを開発した。引き続き、ソースコードの公開と論文執筆の準備を行っている。「配列データベースへのインターフェース開発」については、既知のタンパク質間相互作用プロファイルに関連するアミノ酸残基の部分配列についてデータベースで関連配列を収集し、考察を行った。

去年，分析了有关细胞运行特性的蛋白质组的“相互作用网络分析验证”。本地细菌（E.Coli）已经被巨型库克（Megadock）预测，并与全面的蛋白质相互作用进行了比较，并比较了常规对接软件的结果。此外，一种生活在极端环境中的高度疗法的热细菌T.Maritima在与常驻细菌E.Coli的不同蛋白质组中形成了一个细胞的网络。使用相互作用曲线方法分析了这些蛋白质相互作用位点的差异。该分析与“ 3。勘探空间探索空间分析”的问题有关，并探索蛋白质互连位点，因为e.coli和T.Maritima的全面对接组。生物物理社会和在印度科技大学的研讨会上进行了讲座。此外，关于“基于交互配置文件开发对接工具的开发”，使用群集分析使用交互配置文件进行重新划分所需的三个步骤，我们已经开发了用于识别动作站点的软件，3）重新拨号。他继续发布源代码并准备撰写论文。关于“与阵列数据库的界面发展”，我们在与已知蛋白质相互作用谱相关的氨基酸残基的部分排列中收集并考虑了相关的布置。